Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 CLASRP-201ENST00000221455 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
SKA3Q8IX90 FGFBP3-201ENST00000311575 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
SKA3Q8IX90 FCER2-201ENST00000346664 1596 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
SKA3Q8IX90 FCER2-205ENST00000597921 1560 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
SKA3Q8IX90 UMOD-201ENST00000302509 2477 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
SKA3Q8IX90 EDC3-214ENST00000568176 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
SKA3Q8IX90 RREB1-201ENST00000334984 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
SKA3Q8IX90 AL355987.1-201ENST00000435202 2420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
SKA3Q8IX90 TACSTD2-201ENST00000371225 2351 ntAPPRIS P1 BASIC16.28■□□□□ 0.2
SKA3Q8IX90 NFATC4-228ENST00000556759 2025 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
SKA3Q8IX90 SLC16A13-201ENST00000308027 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
SKA3Q8IX90 CD19-206ENST00000567541 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
SKA3Q8IX90 KLHL17-201ENST00000338591 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
SKA3Q8IX90 URI1-202ENST00000392271 3444 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
SKA3Q8IX90 GMDS-208ENST00000530927 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
SKA3Q8IX90 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
SKA3Q8IX90 SERPINH1-215ENST00000533603 2299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
SKA3Q8IX90 ISYNA1-206ENST00000578963 1691 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
SKA3Q8IX90 DLK1-202ENST00000341267 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
SKA3Q8IX90 GRIN3B-201ENST00000234389 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
SKA3Q8IX90 MAP4K4-205ENST00000350878 7640 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
SKA3Q8IX90 IGFALS-202ENST00000415638 2136 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
SKA3Q8IX90 PCDHB18P-201ENST00000524813 2368 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
SKA3Q8IX90 KCNH1-210ENST00000640044 1818 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
SKA3Q8IX90 GRM2-204ENST00000442933 2064 ntTSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
SKA3Q8IX90 EXOC3L2-201ENST00000252482 1230 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
SKA3Q8IX90 AC113347.1-201ENST00000413321 391 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
SKA3Q8IX90 AL137013.1-201ENST00000432946 1228 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
SKA3Q8IX90 ATP5G1P1-201ENST00000448724 379 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
SKA3Q8IX90 AC104596.1-202ENST00000507486 759 ntTSL 3 BASIC16.27■□□□□ 0.2
SKA3Q8IX90 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
SKA3Q8IX90 DEDD2-209ENST00000598727 1037 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
SKA3Q8IX90 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
SKA3Q8IX90 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
SKA3Q8IX90 AC141257.4-201ENST00000634557 245 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
SKA3Q8IX90 AC136944.6-201ENST00000634818 245 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
SKA3Q8IX90 C22orf39-205ENST00000542103 1523 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
SKA3Q8IX90 PNKP-224ENST00000631020 1545 ntTSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
SKA3Q8IX90 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
SKA3Q8IX90 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
SKA3Q8IX90 MAN1B1-207ENST00000535144 2296 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
SKA3Q8IX90 SYNM-204ENST00000594047 6407 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 SARAF-214ENST00000545648 1976 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 PDXK-219ENST00000621478 1967 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 ETV7-202ENST00000340181 1719 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 MSANTD1-201ENST00000438480 2922 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 KCNA7-201ENST00000221444 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 DUS1L-202ENST00000354321 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 OGFOD3-202ENST00000329197 1652 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 GTF2H4-202ENST00000376316 1673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 FAM182B-201ENST00000376403 1681 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 SNX27-203ENST00000368843 7197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 HOXB1-202ENST00000577092 1414 ntBASIC16.27■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 AC008878.3-201ENST00000617428 4964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 NARFL-201ENST00000251588 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 CTSA-201ENST00000191018 1898 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 ZGPAT-202ENST00000355969 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 PDE9A-206ENST00000380328 1875 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 SH3BP2-202ENST00000435136 2318 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 MCCC1-201ENST00000265594 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 PALM3-201ENST00000340790 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 IMP3-201ENST00000314852 2028 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 AL031658.1-201ENST00000449519 2013 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 MICU3-201ENST00000318063 3992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 LANCL3-201ENST00000378619 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 SCD5-201ENST00000273908 1995 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 NTRK1-203ENST00000392302 2609 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 GAS7-210ENST00000579158 1528 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 CSNK2A2-201ENST00000262506 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 QSOX2-201ENST00000358701 4530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 EPB41L2-211ENST00000525271 2568 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 STX11-201ENST00000367568 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 ZNF846-205ENST00000588267 1943 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 UPK3B-201ENST00000257632 1296 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 BUD23-201ENST00000265758 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 GPR6-201ENST00000275169 1089 ntAPPRIS P1 BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 SCGB3A1-201ENST00000292641 521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 BAD-201ENST00000309032 929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 TERF1P1-201ENST00000311003 1181 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 COMMD1-201ENST00000311832 911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 AC138028.1-201ENST00000333666 2137 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 TSPY8-202ENST00000383000 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 TSPY2-202ENST00000383042 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 AC005521.1-201ENST00000393351 872 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 MCF2L-207ENST00000397024 490 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 TSPY3-201ENST00000424594 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 AC037459.1-202ENST00000430850 531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 TSPY10-202ENST00000444056 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 AC007563.2-201ENST00000447289 552 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 AC013402.1-201ENST00000456999 561 ntTSL 4 BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 GCHFR-202ENST00000558467 785 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 CMTM3-210ENST00000565666 769 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 P4HB-223ENST00000576390 439 ntTSL 4 BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 AC112497.1-201ENST00000624824 639 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 AC009477.2-201ENST00000635976 171 ntAPPRIS P1 BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 RNF187-203ENST00000639044 708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 ZNF668-202ENST00000394983 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 ANXA3-201ENST00000264908 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 NAPRT-202ENST00000426292 1654 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 AC020763.4-201ENST00000623414 4170 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.7 ms