Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 NMRK1-203ENST00000376811 2050 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 ZDHHC20-201ENST00000320220 1351 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 PCSK5-202ENST00000376767 2845 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 ACSM2A-201ENST00000219054 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 OSTM1-201ENST00000193322 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 BEGAIN-202ENST00000443071 2744 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 MRPL52-201ENST00000311892 1042 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 HCLS1-201ENST00000314583 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 LCE4A-202ENST00000368777 672 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 TMA7-201ENST00000438607 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 TAF6-211ENST00000453269 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 CD81-212ENST00000526072 1172 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 CYB561D2-210ENST00000607121 1004 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 AL157888.1-201ENST00000631930 593 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 ANKRD36-207ENST00000639293 1168 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 FAM53A-205ENST00000472884 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 SPNS1-204ENST00000352260 1948 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 CLN8-211ENST00000636934 1790 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 GSEC-201ENST00000626810 2289 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 LONRF1-208ENST00000533751 3043 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 HBEGF-201ENST00000230990 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 SLC5A10-203ENST00000395645 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 PSPC1-201ENST00000338910 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 RGMB-AS1-201ENST00000498871 1903 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 GUCA2B-201ENST00000372581 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 BEX3-204ENST00000372645 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 MLLT10-205ENST00000377100 1136 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 TMPOP1-202ENST00000424642 1267 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 AC003075.1-204ENST00000433005 540 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 CDKN2AIPNL-202ENST00000458198 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 RPL26L1-205ENST00000519974 695 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 LINC00599-204ENST00000521242 716 ntTSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 MIR3917-201ENST00000580971 93 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 UQCR11-201ENST00000585671 753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 WNK2-204ENST00000427277 6108 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 MAFF-207ENST00000538999 2365 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 KCNN4-209ENST00000615047 2029 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 DPAGT1-203ENST00000409993 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 RPH3A-203ENST00000543106 2581 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 ERCC2-205ENST00000485403 1538 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 ZNF114-206ENST00000600687 1742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 CAMKK2-207ENST00000404169 2116 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 SNX11-201ENST00000359238 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 GCSH-208ENST00000639169 2537 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 DNM1-211ENST00000627061 2724 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 NPLOC4-201ENST00000331134 4415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 CD248-201ENST00000311330 2558 ntAPPRIS P1 BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 CAB39-202ENST00000409788 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 GAREM2-201ENST00000401533 4161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 RAPGEF5-203ENST00000405243 2800 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 CYB561D2-201ENST00000232508 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 TNNC1-201ENST00000232975 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 DMKN-208ENST00000424570 1293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 WDR45-218ENST00000473974 1077 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 FIS1-207ENST00000474120 915 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 AC009185.1-201ENST00000517634 911 ntTSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 REEP1-207ENST00000535845 1196 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 AC015961.2-201ENST00000589281 701 ntTSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 AC009102.3-201ENST00000623118 1491 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 PPP2R2C-206ENST00000507294 1667 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 PRPF39-201ENST00000355765 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 GJB6-204ENST00000400066 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 RIMKLB-202ENST00000357529 5830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 SLC39A7-201ENST00000374675 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 AKAP17A-201ENST00000313871 3204 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 RNF146-201ENST00000309649 2624 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 EEF1D-205ENST00000442189 2207 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 DENND2A-201ENST00000275884 3735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 GALNT13-201ENST00000392825 5536 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 CTNNBL1-204ENST00000405275 2076 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 CCDC17-209ENST00000528266 2181 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 ICAM4-202ENST00000380770 1211 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 MIR149-201ENST00000384879 89 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 AK4P3-201ENST00000418260 669 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 ABHD14B-208ENST00000525795 980 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 ULK4P3-205ENST00000568486 1158 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 ELAC2-212ENST00000578071 579 ntTSL 4 BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 MAP3K14-AS1-202ENST00000585351 893 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 AC011498.2-201ENST00000588798 540 ntTSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 ZNF534-205ENST00000617900 1085 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 AL031432.5-201ENST00000641059 760 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 LINC00634-201ENST00000381348 1510 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 AC060780.1-201ENST00000635600 1782 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 CASD1-201ENST00000297273 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 ESPNP-201ENST00000270691 2015 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 WIPF1-206ENST00000409891 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 MBD3-201ENST00000156825 5518 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 PPP1R7-201ENST00000234038 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 IFNAR2-204ENST00000382264 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 IRAK3-202ENST00000457197 1853 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 AL360181.3-201ENST00000468317 1605 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 TXNRD3-202ENST00000523403 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 RIMBP3C-201ENST00000331505 5475 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 MAP3K7CL-206ENST00000399928 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 LRP1-204ENST00000553277 1693 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 PPFIA1-202ENST00000389547 4133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 SLC47A2-201ENST00000325411 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
VPS54Q9P1Q0 TCTN1-225ENST00000551590 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.7 ms