Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 OBSL1-203ENST00000373876 5503 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 LYNX1-204ENST00000614491 4708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 LRWD1-201ENST00000292616 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 RTN4-201ENST00000317610 2333 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 P2RY6-212ENST00000618468 2431 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 AOC3-204ENST00000591562 2522 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 RHOT1-202ENST00000354266 2919 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 NDUFA10-202ENST00000307300 1313 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 VPS37D-202ENST00000451519 1303 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 AC093627.4-201ENST00000484550 5008 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 KIF16B-206ENST00000636835 5109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 WDR45-205ENST00000376358 1432 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 SEPT2-203ENST00000391971 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 TMEM106C-202ENST00000429772 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 KBTBD2-201ENST00000304056 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 CENPT-215ENST00000564817 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 TTC3-203ENST00000399010 2115 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 TLE3-226ENST00000627388 5742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 RSAD1-201ENST00000258955 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 AURKAIP1-202ENST00000338338 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 TBC1D7-205ENST00000379307 1084 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 MTG1-205ENST00000477902 1283 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 NAPSB-203ENST00000531692 561 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 NAA38-203ENST00000575071 553 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 AC004771.4-201ENST00000576752 474 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 MIR3180-1-201ENST00000580374 94 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 MIR3180-3-201ENST00000584616 94 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 CHMP2A-208ENST00000601220 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 REXO2-220ENST00000611665 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 CD24-206ENST00000620405 586 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 AGPAT2-201ENST00000371694 1391 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 AGPAT2-205ENST00000538402 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 HDAC11-221ENST00000522202 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 AC093525.10-201ENST00000625130 1569 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 LYPD3-201ENST00000244333 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 AL691447.2-201ENST00000454869 2162 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 PLPBP-201ENST00000328195 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 MIB2-203ENST00000378712 2890 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 FOXL2-201ENST00000330315 2917 ntAPPRIS P1 BASIC21.55■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 LARGE2-202ENST00000401752 2516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 PSPC1-206ENST00000619300 2013 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 SEMA6C-210ENST00000621728 1918 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 MED15P9-202ENST00000427638 1841 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 ARAP1-AS2-201ENST00000500163 1824 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 UBXN2A-201ENST00000309033 6066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 AIRE-201ENST00000291582 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 NAGPA-AS1-202ENST00000632058 2265 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 SHANK3-203ENST00000445220 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 SLC26A11-212ENST00000572725 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 PBK-203ENST00000522944 1499 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 SLC27A3-214ENST00000624995 2413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 EFCAB2-203ENST00000366523 1233 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 MRPL43-205ENST00000370234 798 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 MPIG6B-205ENST00000375810 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 CYHR1-203ENST00000424149 1162 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 SSR4P1-202ENST00000429427 967 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 SDCBP-204ENST00000447182 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 GSTZ1-218ENST00000557053 580 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 HOXB8-203ENST00000576562 743 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 AL121672.3-201ENST00000608644 468 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 LITAF-220ENST00000620789 692 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 MYC-201ENST00000259523 2042 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 FAM57A-201ENST00000301324 2013 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 PRKCI-201ENST00000295797 4950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 KRT8P50-201ENST00000562022 1438 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 ZSWIM5-201ENST00000359600 5819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 DTNBP1-203ENST00000355917 1359 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 TSPY22P-201ENST00000427496 604 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 TTTY14-203ENST00000447937 920 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 MHENCR-202ENST00000449500 801 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 GPX4-210ENST00000611653 793 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 CNTNAP3B-203ENST00000377561 5379 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 JAM2-202ENST00000400532 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 ERVK13-1-203ENST00000564340 1449 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 DGKI-202ENST00000424189 4163 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 ARFRP1-207ENST00000612157 1698 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 DIP2A-203ENST00000435722 2760 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 CDHR5-201ENST00000349570 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 ADAM33-202ENST00000356518 3677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 PACRGL-203ENST00000444671 1720 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 OGFOD2-207ENST00000536150 1956 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 ANKRD13D-201ENST00000308440 2219 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 GLYCTK-201ENST00000305690 1371 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 RBL2-201ENST00000262133 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 STMN4-202ENST00000350889 2288 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 MEPCE-202ENST00000414441 2261 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 APBB1IP-201ENST00000356785 1513 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 POU4F3-201ENST00000230732 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 S100A11-201ENST00000271638 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 SLC50A1-201ENST00000303343 1137 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 KCNK7-202ENST00000342202 1283 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 SPATA22-202ENST00000355380 1216 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 ATP5J-203ENST00000400090 647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 PVRIG2P-201ENST00000435460 978 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 KRT8P26-201ENST00000534154 1276 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 AC026471.3-201ENST00000565137 578 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
NUP88Q99567 ANAPC11-217ENST00000579978 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.9 ms