Protein–RNA interactions for Protein: P02549

SPTA1, Spectrin alpha chain, erythrocytic 1, humanhuman

Predictions only

Length 2,419 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SPTA1P02549 MRPL28-201ENST00000199706 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 UPK3A-202ENST00000396082 627 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 ZGLP1-201ENST00000403352 1028 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 AP005019.1-201ENST00000545254 664 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 DDX51-202ENST00000397333 4718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 MSL1-202ENST00000398532 4707 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 KHDC1-202ENST00000370384 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 ADGRL1-202ENST00000361434 5610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 PLCB2-201ENST00000260402 4616 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 BMS1P4-202ENST00000584747 1716 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 C11orf49-201ENST00000278460 1645 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 AC023830.1-201ENST00000569678 1543 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 MRPL53-201ENST00000258105 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 SMOX-204ENST00000346595 982 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 TMEM213-202ENST00000413208 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 CNN2P11-201ENST00000429351 262 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 LINC02387-201ENST00000541749 868 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 LHX5-AS1-201ENST00000551357 522 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 AC013356.2-201ENST00000559730 729 ntTSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 RGMB-AS1-201ENST00000498871 1903 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 CREBBP-201ENST00000262367 10803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 SLC12A4-202ENST00000422611 4670 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 IGF2-207ENST00000434045 1583 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 PFDN6-201ENST00000374606 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 PNKD-204ENST00000436005 978 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 AC119403.1-201ENST00000520090 776 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 AC016590.1-204ENST00000586442 813 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 ARHGAP8-201ENST00000336963 1487 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 BTG3-202ENST00000348354 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 C21orf58-205ENST00000397683 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 NECTIN3-211ENST00000493615 1876 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 FNDC8-201ENST00000158009 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 RHOV-201ENST00000220507 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 TPD52-211ENST00000519303 1594 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 ICAM4-202ENST00000380770 1211 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 ZNF655-215ENST00000440391 1198 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 AC136604.3-201ENST00000508188 429 ntTSL 3 BASIC16.66■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 MSRA-206ENST00000521209 814 ntTSL 3 BASIC16.66■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 MTDHP3-201ENST00000594186 672 ntBASIC16.66■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 AL596442.2-201ENST00000610240 980 ntBASIC16.66■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 B4GALT2-201ENST00000309519 2004 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 IFNL4-204ENST00000634967 1493 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 TMEM216-201ENST00000334888 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 CBR1-205ENST00000530908 1924 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 TTC3-203ENST00000399010 2115 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 CXorf58-201ENST00000379211 1752 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 FGFR2-208ENST00000360144 3001 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 LMNB2-201ENST00000325327 4671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 MRGPRF-202ENST00000320913 705 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 PDHA1-203ENST00000379805 734 ntTSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 PRORY-201ENST00000382764 878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 LEF1-AS1-201ENST00000436413 1045 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 ICAM2-203ENST00000449662 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 HS6ST1P1-201ENST00000481504 1234 ntBASIC16.66■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 SPCS2P1-201ENST00000561636 679 ntBASIC16.66■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 FCGRT-210ENST00000596975 1054 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 PPP5C-202ENST00000391919 1929 ntTSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 RRS1-201ENST00000320270 1706 ntAPPRIS P1 BASIC16.66■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 CYP2F1-201ENST00000331105 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 GMPR-201ENST00000259727 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 ACTR5-201ENST00000243903 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 PRRT1-201ENST00000211413 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 PDZD7-201ENST00000370215 2032 ntTSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 SFT2D1-201ENST00000361731 1079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 FAM19A5-204ENST00000406880 833 ntTSL 3 BASIC16.65■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 RNASE10-202ENST00000430083 1172 ntTSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 LINC00237-202ENST00000455890 1220 ntTSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 FGFR3P6-201ENST00000457012 610 ntBASIC16.65■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 AC092118.1-202ENST00000568697 718 ntTSL 3 BASIC16.65■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 AC004130.1-202ENST00000603156 666 ntTSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 DUSP8-202ENST00000397374 4480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 HNRNPDL-210ENST00000630827 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 AHCYL1-202ENST00000369799 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
SPTA1P02549 HIKESHI-207ENST00000533986 1694 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.6 ms