Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 STXBP2-203ENST00000441779 1914 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 FGD5-201ENST00000285046 5720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 PHKA1-201ENST00000339490 6121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 ETV2-203ENST00000402764 1487 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 ENSA-205ENST00000361532 792 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 SAPCD2P4-201ENST00000424595 1171 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 REPIN1-210ENST00000482680 1029 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 YAP1-209ENST00000537274 5350 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 TMC6-203ENST00000392467 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 SLC39A5-201ENST00000266980 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 TADA3-201ENST00000301964 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 APCDD1-201ENST00000355285 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 VPS26B-202ENST00000525095 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 IAH1-202ENST00000470914 2137 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 INO80E-207ENST00000563197 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 ADGRB2-202ENST00000373658 5414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 ZNF512B-201ENST00000369888 5919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 DAG1-201ENST00000308775 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 SEC61A2-201ENST00000298428 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 TMPRSS9-205ENST00000613480 2568 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 CACNA1A-215ENST00000635727 7536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 CCDC157-201ENST00000338306 3001 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 TRABD-201ENST00000303434 2329 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 GGT3P-201ENST00000412448 2340 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 FAM118A-202ENST00000405673 1612 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 TBC1D3P2-202ENST00000577902 1649 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 SYNE4-202ENST00000340477 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 PHOSPHO2-201ENST00000359744 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 PMEPA1-204ENST00000395814 800 ntTSL 3 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 FAM86C2P-201ENST00000525180 435 ntTSL 4 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 CD177P1-201ENST00000606252 935 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 AC008622.2-201ENST00000617006 1229 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 CBL-204ENST00000634840 4813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 AC063977.6-201ENST00000600074 1763 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 ATP10A-201ENST00000356865 6680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 GSEC-201ENST00000626810 2289 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 SPAST-202ENST00000345662 5116 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 ASPM-201ENST00000294732 6132 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 MZF1-206ENST00000599369 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 TDP2-202ENST00000378198 2071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 PIP4K2C-202ENST00000422156 1558 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 GPC2-201ENST00000292377 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 LENG8-202ENST00000376514 5146 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 ENTPD6-209ENST00000433259 2654 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 LRRC43-201ENST00000339777 2028 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 LRRC23-207ENST00000433346 1387 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 LGI4-201ENST00000310123 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 IMMP2L-202ENST00000405709 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 PLK3-201ENST00000372201 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 TICAM1-202ENST00000621756 1650 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 AC142086.1-202ENST00000398669 1839 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 SLC6A17-201ENST00000331565 6427 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 CACNA1A-201ENST00000360228 8627 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 IDUA-210ENST00000514224 2130 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 SRI-203ENST00000419179 1307 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 PCBP4-210ENST00000471622 1784 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 ACYP2-203ENST00000406041 1913 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 CROCC2-201ENST00000443866 5382 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 MRPL15-201ENST00000260102 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 DUSP23-203ENST00000368109 729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 KHDC1-202ENST00000370384 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 IGHV3-73-201ENST00000390636 437 ntAPPRIS P1 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 LINC01122-201ENST00000422723 675 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 MROH1-202ENST00000423230 1712 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 AC003982.1-201ENST00000477404 484 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 MYLKP1-201ENST00000509077 1580 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 C2CD2L-205ENST00000528586 2320 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 NDUFS3-212ENST00000534208 583 ntTSL 4 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 ADORA1-208ENST00000618295 862 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 EFHC1-206ENST00000635760 2030 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 GTF2IP4-202ENST00000544802 3609 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 TRIM73-201ENST00000323819 1358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 AC096733.2-201ENST00000609937 1394 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 FARP1-242ENST00000627049 5103 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 AL590648.2-201ENST00000427949 2225 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 BEGAIN-211ENST00000637646 2911 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 TDRKH-207ENST00000458431 2768 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 APBB1-210ENST00000530885 1626 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 MINOS1-NBL1-204ENST00000602662 1623 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 IFNLR1-202ENST00000327575 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 TMEM191C-214ENST00000621561 1337 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 SENP5-201ENST00000323460 6308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 USP7-201ENST00000344836 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 NOV-201ENST00000259526 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 GBGT1-203ENST00000372040 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 TMEM234-203ENST00000373593 1411 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 C1QBP-201ENST00000225698 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 RBCK1-213ENST00000475269 1200 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 WDR86-AS1-203ENST00000480632 704 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 AC093752.1-201ENST00000511950 605 ntTSL 4 BASIC18.52■□□□□ 0.56
VPS39Q96JC1 KRT18P41-201ENST00000518924 1277 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.8 ms