Protein–RNA interactions for Protein: Q96DZ5

CLIP3, CAP-Gly domain-containing linker protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP3Q96DZ5 PRR14-203ENST00000542965 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 PLCG1-201ENST00000244007 5285 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 PAQR6-201ENST00000292291 1908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 SLC35F3-202ENST00000366618 2891 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 CDHR4-201ENST00000343366 1188 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 GRAMD4P1-201ENST00000435181 1110 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 C16orf91-201ENST00000442039 978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 AL162457.2-201ENST00000447909 937 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 FAM86EP-206ENST00000510506 987 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 CD81-212ENST00000526072 1172 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 KCTD10-211ENST00000540411 866 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 PLIN5-201ENST00000381848 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 GDF10-201ENST00000580279 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 LMTK2-201ENST00000297293 8946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 AGAP2-AS1-201ENST00000542466 1500 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 HTR1E-201ENST00000305344 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 CEP85L-205ENST00000419517 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 AC020916.1-201ENST00000587762 1774 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 PDZD7-201ENST00000370215 2032 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 CSNK2A2-201ENST00000262506 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 ZNF385C-205ENST00000618554 2596 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 ATXN2-227ENST00000616825 4575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 CALM3-201ENST00000291295 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 LIMS2-204ENST00000409286 1678 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 GPR83-202ENST00000539203 1909 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 SEMA3C-201ENST00000265361 5174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 ZNF324B-202ENST00000545523 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 ISOC2-203ENST00000438389 1566 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 SMAD7-201ENST00000262158 3087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 CHTOP-202ENST00000368687 1094 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 ZMYM5-203ENST00000382907 1092 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 LINC00599-204ENST00000521242 716 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 VENTXP5-201ENST00000523979 775 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 AC127526.4-201ENST00000527970 983 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 AC027682.5-201ENST00000567122 530 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 SPINK2-207ENST00000631082 392 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 CCDC106-201ENST00000308964 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 FUCA1-201ENST00000374479 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 ILDR2-203ENST00000469934 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 ETNK2-202ENST00000367201 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 AKIRIN2-201ENST00000257787 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 OTOP3-201ENST00000328801 2363 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 ARID3A-201ENST00000263620 5941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 CNTNAP3-204ENST00000377656 4986 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 LRPPRC-202ENST00000409659 1610 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 SLC23A3-201ENST00000295738 2037 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 RCC2P3-201ENST00000418112 1537 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 AC140125.2-201ENST00000502515 1517 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 ZHX3-212ENST00000558993 1528 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 ZIC1-201ENST00000282928 5241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 PSMD3-201ENST00000264639 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 RNF169-201ENST00000299563 7823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 FEM1AP3-201ENST00000403722 1741 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 DUT-202ENST00000455976 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 BCL2L10-201ENST00000260442 1249 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 SLC6A18-201ENST00000324642 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 ISCA1-202ENST00000326094 1264 ntTSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 SDCBP2-203ENST00000381808 1261 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 AANAT-202ENST00000392492 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 SPDYE15P-201ENST00000424157 909 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 DMKN-208ENST00000424570 1293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 SPAG16-207ENST00000432529 1250 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 AF186192.2-201ENST00000524514 423 ntTSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 NEK7-207ENST00000538004 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 AC011773.3-202ENST00000549291 790 ntTSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 ATP5D-207ENST00000591660 637 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 MARK4-211ENST00000622871 1147 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 PCDHA4-201ENST00000378125 2328 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 TDRP-201ENST00000324079 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 COL9A3-201ENST00000343916 2485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 PPM1B-201ENST00000282412 2606 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 SCARF2-203ENST00000623402 3248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 PLBD2-201ENST00000280800 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 CLSTN1-202ENST00000377298 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 FBXL7-202ENST00000504595 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 ARHGAP22-210ENST00000477708 1951 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 NDUFA10-203ENST00000404554 1557 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 RAI1-201ENST00000353383 7662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 C6orf132-201ENST00000341865 6210 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 CTBP2-202ENST00000334808 2130 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 TMEM176A-210ENST00000484928 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 DDX59-201ENST00000331314 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 SPAG16-204ENST00000413312 2258 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 ALDH3B1-206ENST00000615463 1300 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 KRT14-201ENST00000167586 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 NUDT17-201ENST00000334513 1473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 AC005332.7-201ENST00000614046 2005 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 WIPF1-206ENST00000409891 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 GTPBP2-202ENST00000307126 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
CLIP3Q96DZ5 IRX1P1-201ENST00000438849 1838 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.1 ms