Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 FAM9A-202ENST00000543214 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 KREMEN2-201ENST00000303746 2326 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 ALDH2-202ENST00000416293 1572 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 FOXP3-206ENST00000557224 1371 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 SLC22A18-203ENST00000380574 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 LYPD3-201ENST00000244333 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 AC008429.1-203ENST00000518894 548 ntTSL 4 BASIC22.43■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 COX5A-204ENST00000567270 579 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 CRB3-204ENST00000600229 1078 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 KRT18P28-201ENST00000453838 1332 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 PODXL2-201ENST00000342480 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 P2RY6-209ENST00000540342 1611 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 ZNF843-203ENST00000618063 1765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 ZNF517-202ENST00000525105 1383 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 SUSD1-203ENST00000374264 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 CAMK1D-201ENST00000378845 1578 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 APCDD1L-AS1-201ENST00000420279 555 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 DARS-AS1-203ENST00000438432 768 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 PLA2G12A-202ENST00000502283 1189 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 PXN-AS1-201ENST00000535200 1170 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 TNFRSF13B-203ENST00000579315 600 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 AC008105.3-202ENST00000585471 1077 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 NKAPP1-205ENST00000585790 367 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 AXIN2-208ENST00000611991 1019 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 AC079776.2-201ENST00000641154 1609 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 GPX3-209ENST00000614343 1478 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 RIIAD1-201ENST00000326413 1772 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 TCF20-203ENST00000404876 1058 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 AL669831.5-202ENST00000457084 566 ntTSL 4 BASIC22.42■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 KLK12-203ENST00000525263 1077 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 SPRYD7-204ENST00000613924 2285 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 LY6E-207ENST00000520466 1419 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 PIH1D1-201ENST00000262265 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 COX20P2-201ENST00000452636 358 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 MIMT1-202ENST00000599641 1290 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 RNPS1-219ENST00000566397 1685 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 PRR23B-201ENST00000329447 1896 ntAPPRIS P1 BASIC22.41■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 SYNE4-201ENST00000324444 1354 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 PORCN-205ENST00000367574 1368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 PORCN-214ENST00000537758 1371 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 DVL3-203ENST00000431765 2294 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 IKBKG-214ENST00000618670 2069 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 CLEC1B-201ENST00000298527 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 AC068472.1-201ENST00000474589 881 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 SWI5-205ENST00000495313 466 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 TMEM220-203ENST00000578345 559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 AC008403.2-204ENST00000600650 1006 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 CBY1-211ENST00000619293 1118 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 PHLDB3-201ENST00000292140 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 BEAN1-202ENST00000536005 1988 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 FEM1AP3-201ENST00000403722 1741 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 TMED3-201ENST00000299705 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 IRX1P1-201ENST00000438849 1838 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 CRADD-201ENST00000332896 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 MFSD13A-202ENST00000369931 823 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 MIR149-201ENST00000384879 89 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 RPL28-205ENST00000558131 444 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 GUCA1A-202ENST00000372958 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 MYC-205ENST00000524013 2150 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 BDKRB2-201ENST00000539359 1600 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 C12orf42-201ENST00000378113 1513 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 ACOT2-204ENST00000613168 1553 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 KRT18P2-201ENST00000447938 1258 ntBASIC22.39■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 KRT13-201ENST00000246635 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
BRCA1P38398 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 ANGPTL4-201ENST00000301455 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 ACTL6B-201ENST00000160382 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 HOXD10-201ENST00000249501 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 ELMOD1-202ENST00000443271 1990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 FP475955.4-201ENST00000623131 1990 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 DBNL-217ENST00000468694 2068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 NFYC-AS1-201ENST00000606277 1687 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 PHF19-201ENST00000312189 836 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 AL645939.2-201ENST00000427340 991 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 ZNF436-AS1-203ENST00000454117 997 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 LINC02199-203ENST00000510229 496 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 L2HGDH-206ENST00000555610 804 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 SMIM22-210ENST00000615471 928 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 NAPRT-203ENST00000435154 1877 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
BRCA1P38398 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 73.1 ms