Protein–RNA interactions for Protein: P34897

SHMT2, Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial, humanhuman

Predictions only

Length 504 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT2P34897 ISOC2-201ENST00000085068 1122 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 WAC-205ENST00000375664 5924 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 PKP3-201ENST00000331563 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 PTPA-201ENST00000337738 2845 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 TAL1-202ENST00000371884 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 CNOT6-201ENST00000261951 6176 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 FGFR1-203ENST00000341462 6054 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 KCTD15-202ENST00000430256 2555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 DCBLD2-201ENST00000326840 6122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 GBGT1-208ENST00000540636 1934 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 SEPT8-216ENST00000620483 4335 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 CSNK2A2-201ENST00000262506 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 C7orf49-202ENST00000424142 1738 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 MAPKAPK3-208ENST00000621469 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 CCK-202ENST00000396169 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 PTTG1IP-204ENST00000445724 2497 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 THAP12-201ENST00000260045 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 TAX1BP3-201ENST00000225525 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 TRIM47-201ENST00000254816 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 SLC29A2-201ENST00000311161 2262 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 OPA3-202ENST00000323060 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 HAGHL-203ENST00000389703 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 CASD1-201ENST00000297273 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 HRAS-201ENST00000311189 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 CD7-201ENST00000312648 1281 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 UNG-202ENST00000336865 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 RNF152P1-201ENST00000397754 604 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 GRAMD4P1-201ENST00000435181 1110 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 ZNF487-202ENST00000437590 2111 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 ELP6-205ENST00000439305 880 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 MAP3K13-213ENST00000454237 526 ntTSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 AC107464.1-203ENST00000468356 2120 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 AC019068.1-202ENST00000483218 768 ntTSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 DUX4L26-201ENST00000489078 1255 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 AL049597.2-201ENST00000565575 961 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 AC027796.4-201ENST00000575741 874 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 AL023973.1-201ENST00000624619 620 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 AC006333.2-201ENST00000607957 2099 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 ATRIP-201ENST00000320211 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 P2RY6-208ENST00000540124 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 TLE3-226ENST00000627388 5742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 PNPO-201ENST00000225573 2256 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 FBLN1-201ENST00000262722 2251 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 SH2B1-202ENST00000337120 6043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 WIPI1-202ENST00000546360 1575 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 ABO-203ENST00000611156 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 AC140125.2-201ENST00000502515 1517 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 AC087457.1-201ENST00000503496 2727 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 ZNF395-211ENST00000523202 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 LRP3-201ENST00000253193 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 NEUROD2-201ENST00000302584 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 KRT8P7-201ENST00000533003 1432 ntBASIC18.08■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 ACTG1-201ENST00000331925 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 PLK3-201ENST00000372201 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 SPSB4-201ENST00000310546 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 BEGAIN-211ENST00000637646 2911 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.49
SHMT2P34897 KCNH1-210ENST00000640044 1818 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SHMT2P34897 PRDM14-201ENST00000276594 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SHMT2P34897 AC093620.1-201ENST00000342963 583 ntTSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SHMT2P34897 MED4-202ENST00000378586 931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SHMT2P34897 AC007731.5-201ENST00000429594 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SHMT2P34897 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SHMT2P34897 AC103564.1-201ENST00000437330 562 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SHMT2P34897 WDR45-218ENST00000473974 1077 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SHMT2P34897 EHMT1-211ENST00000482340 691 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SHMT2P34897 MRPL46-202ENST00000558531 1002 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SHMT2P34897 RASSF1-201ENST00000327761 1757 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SHMT2P34897 KRCC1-201ENST00000347055 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SHMT2P34897 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SHMT2P34897 PHLDA1-202ENST00000602540 5741 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SHMT2P34897 PODN-203ENST00000395871 2744 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SHMT2P34897 MAFG-202ENST00000392366 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SHMT2P34897 AC034236.2-201ENST00000606662 1610 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
SHMT2P34897 MFSD1-201ENST00000264266 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SHMT2P34897 SIGLEC14-201ENST00000360844 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SHMT2P34897 IL10RB-201ENST00000290200 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SHMT2P34897 ZBTB8A-201ENST00000316459 1943 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SHMT2P34897 SPNS1-204ENST00000352260 1948 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SHMT2P34897 NUMBL-202ENST00000540131 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SHMT2P34897 GCDH-216ENST00000591470 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SHMT2P34897 PCDH1-201ENST00000287008 4793 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SHMT2P34897 PJA1-202ENST00000374571 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SHMT2P34897 MCRS1-202ENST00000357123 1428 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SHMT2P34897 DNAJC28-204ENST00000617313 2237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SHMT2P34897 AC068446.2-201ENST00000500487 2165 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SHMT2P34897 MEN1-205ENST00000377316 2868 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SHMT2P34897 TMEM160-201ENST00000253047 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SHMT2P34897 PAX3-201ENST00000258387 958 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SHMT2P34897 LCE3C-201ENST00000333881 425 ntAPPRIS P1 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SHMT2P34897 C6orf48-206ENST00000375641 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SHMT2P34897 SUV39H2-204ENST00000378325 1292 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SHMT2P34897 MIEN1-201ENST00000394231 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SHMT2P34897 AL161452.1-201ENST00000415062 1117 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SHMT2P34897 CT47A4-201ENST00000415858 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SHMT2P34897 CT47A9-201ENST00000417256 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SHMT2P34897 CT47A6-201ENST00000419194 1298 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SHMT2P34897 CT47A10-201ENST00000430448 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SHMT2P34897 CT47A5-201ENST00000439466 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.4 ms