Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 BEX4-201ENST00000372691 1066 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 ACP6-203ENST00000487562 1258 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 FICD-205ENST00000552758 603 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 PDCD2L-203ENST00000587065 492 ntTSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 ZNF554-204ENST00000591265 1148 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 AC104692.2-201ENST00000603054 253 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 SIDT2-217ENST00000532062 2143 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 AL499627.1-201ENST00000569373 2188 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 GUCA1A-202ENST00000372958 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC22.97■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 RNPS1-219ENST00000566397 1685 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 OGFOD2-201ENST00000228922 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 NARF-204ENST00000390006 1766 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 CTBP2-214ENST00000531469 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 MSC-201ENST00000325509 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 LDLRAD4-211ENST00000587757 2171 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 PRMT2-201ENST00000291705 1011 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 DYNLL1-203ENST00000392509 814 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 FAM41C-202ENST00000432963 504 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 DMKN-215ENST00000451297 1111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 EMBP1-201ENST00000458200 901 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 LINC00595-207ENST00000476909 792 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 CCDC61-201ENST00000536603 1282 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 AL512357.1-201ENST00000557687 518 ntTSL 4 BASIC22.96■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 ANAPC11-204ENST00000571024 668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 ANAPC11-218ENST00000582222 523 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 AC008738.3-201ENST00000589932 659 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 ASF1B-205ENST00000592798 769 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 CCNC-219ENST00000627680 896 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 EYA2-210ENST00000611592 2612 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 NSUN5P1-202ENST00000421140 1535 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 NSUN5P2-203ENST00000457352 1529 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 TIMM8A-201ENST00000372902 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 RGS3-202ENST00000342620 1714 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 FAM129C-201ENST00000332386 2222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.27
TRIM28Q13263 CMTM1-204ENST00000336328 606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 COL9A3-201ENST00000343916 2485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 CKLF-202ENST00000345436 571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 MRPL43-208ENST00000370242 884 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 IGF2-207ENST00000434045 1583 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 STYXL1-208ENST00000451157 1570 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 PDCD6-207ENST00000509581 1156 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 C6orf141-206ENST00000529246 1450 ntAPPRIS P1 BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 CMTM1-213ENST00000529506 581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 HEXDC-203ENST00000577944 1820 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 AC011840.4-201ENST00000578471 627 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 SEPT9-246ENST00000592951 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 MIMT1-202ENST00000599641 1290 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 AC008878.4-201ENST00000602083 293 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 SAMD11-216ENST00000620200 1874 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 MYBPH-201ENST00000255416 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 CELF6-204ENST00000543764 1676 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 CRYL1-202ENST00000382812 1581 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 CCS-201ENST00000310190 942 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 C1QC-203ENST00000374640 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 CYCS-202ENST00000409409 974 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 MRPL28-203ENST00000429738 310 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 VENTXP7-201ENST00000475503 772 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 RBM14-RBM4-203ENST00000500635 829 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 ABR-204ENST00000543210 1049 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 ABR-217ENST00000572441 563 ntTSL 4 BASIC22.94■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 AC099336.1-202ENST00000602961 463 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 NDUFA6-204ENST00000617763 1183 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 AOC3-204ENST00000591562 2522 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 FIBCD1-201ENST00000372337 1868 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 AC129492.1-201ENST00000399413 1804 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 NIFK-201ENST00000285814 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 LDHAL6A-202ENST00000396213 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 UNC5CL-202ENST00000373164 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 PCDHA4-201ENST00000378125 2328 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 MXD3-202ENST00000427908 2269 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 IL17RC-215ENST00000455057 2244 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 PITX2-203ENST00000355080 2100 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 TCTN1-223ENST00000550703 2149 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 TSPAN17-202ENST00000310032 2550 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 TPM1-203ENST00000317516 738 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 MRPL43-203ENST00000318364 1010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 MRPL43-204ENST00000342071 894 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 GYG2P1-201ENST00000357871 623 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 ARMC12-202ENST00000373866 1254 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 CDKN1C-201ENST00000380725 1220 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 TP53TG1-202ENST00000416560 710 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 AC093585.1-201ENST00000425183 428 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 KRT16P4-201ENST00000453883 522 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 MIR3936HG-202ENST00000457998 733 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 LINC02199-203ENST00000510229 496 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 AK2-210ENST00000548033 936 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 TPM1-218ENST00000559281 851 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 GPR35-201ENST00000319838 2249 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 CCDC50-202ENST00000392456 2454 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
TRIM28Q13263 PLA2G7-201ENST00000274793 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
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