Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 SMIM4-202ENST00000476842 522 ntTSL 4 BASIC20.39■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 AC027117.2-201ENST00000522768 510 ntTSL 3 BASIC20.39■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 CCL3-204ENST00000613922 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 SLC26A1-205ENST00000622731 1057 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 KLRG2-201ENST00000340940 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 TP73-202ENST00000354437 2140 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 IKBKG-207ENST00000611071 2103 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 RAB11FIP4-201ENST00000394744 1968 ntTSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 MCIDAS-201ENST00000513312 1736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 SLC11A2-208ENST00000546743 1740 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 PIF1-202ENST00000333425 2278 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 ACY1-201ENST00000404366 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 TMEM216-201ENST00000334888 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 HNRNPDL-210ENST00000630827 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 SUSD4-203ENST00000344029 1056 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 PIGU-202ENST00000374820 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 TMEM128-202ENST00000382753 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 DNAJB3-201ENST00000446806 729 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 AC007364.1-201ENST00000449714 1022 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 AC025162.1-201ENST00000554022 565 ntTSL 4 BASIC20.38■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 Z83851.2-201ENST00000609564 659 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 LINC00623-201ENST00000613486 486 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 ANKRD20A8P-203ENST00000641373 517 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC20.38■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 ETV7-204ENST00000373738 1570 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 MAP7D2-203ENST00000443379 2476 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 FZR1-202ENST00000395095 1491 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 LINC01521-201ENST00000504184 1943 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 MMP28-201ENST00000605424 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 BACE1-204ENST00000445823 1408 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 MSANTD3-201ENST00000374885 786 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 ICAM4-202ENST00000380770 1211 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 FAM99B-201ENST00000382166 1067 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 CLDN7-202ENST00000397317 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 ROMO1-205ENST00000397416 288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 RBM14-RBM4-203ENST00000500635 829 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 AC008610.1-201ENST00000504573 393 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 AC012640.2-201ENST00000561606 901 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 AC026336.2-201ENST00000563922 763 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 AC040169.1-201ENST00000565382 521 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 COQ7-208ENST00000568985 714 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 MIR3687-2-201ENST00000577708 61 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 SELENOM-210ENST00000611680 689 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 MIR3687-1-201ENST00000614492 61 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 AC134684.3-201ENST00000641758 218 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 SLC2A14-214ENST00000542505 1650 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 KREMEN2-201ENST00000303746 2326 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 FAM217A-208ENST00000639338 1929 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 GMPR-201ENST00000259727 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 AGER-205ENST00000375069 1538 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 Z82202.1-201ENST00000623446 1880 ntBASIC20.37■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 ARFRP1-210ENST00000614942 2554 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 AC112777.1-201ENST00000540175 1423 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 SYT15-201ENST00000374321 1369 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 SAE1-203ENST00000413379 2313 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 HSP90B1-210ENST00000614327 1338 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 NEU4-201ENST00000325935 2288 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 HLA-J-201ENST00000462773 1622 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 PRRT1-201ENST00000211413 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 BOLA1-202ENST00000369152 859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 TEX30-206ENST00000376032 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 RPS2P1-201ENST00000434010 821 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 MCF2L-AS1-201ENST00000446789 712 ntTSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 SART3-203ENST00000546611 1184 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 MCRIP1-211ENST00000576679 751 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 LINC01956-202ENST00000584273 612 ntTSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 STX10-204ENST00000587230 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 H3F3B-206ENST00000587560 551 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 KIF22-203ENST00000561482 2505 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 ISOC2-203ENST00000438389 1566 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 FYTTD1-205ENST00000424384 1758 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 MRGPRF-AS1-201ENST00000538407 1490 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 FBXL16-203ENST00000562563 2257 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 INTS4P1-201ENST00000438455 1935 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 GUCA1A-205ENST00000541991 1921 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 FAM237A-203ENST00000543490 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL6A1P12109 KLHL14-201ENST00000358095 1884 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.7 ms