Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 AC018445.3-201ENST00000624177 1945 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 FKBP3-201ENST00000216330 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 ERVK13-1-203ENST00000564340 1449 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 DMRT2-201ENST00000259622 2459 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 GCOM1-202ENST00000380569 1846 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 C2orf81-201ENST00000290390 2227 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 AGPAT5-201ENST00000285518 3685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 NDUFA10-202ENST00000307300 1313 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 HMCES-201ENST00000383463 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 KLF13-201ENST00000307145 6825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 AL365232.1-201ENST00000423730 1636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 CRMP1-201ENST00000324989 3146 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 AL691447.2-201ENST00000454869 2162 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 AP5S1-202ENST00000379567 1791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 SEMA3B-202ENST00000418576 1765 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 ZNF346-201ENST00000358149 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 PTPRN2-204ENST00000404321 1374 ntTSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 TMPRSS5-201ENST00000299882 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 GAS2L1-208ENST00000616432 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 PRELID3A-203ENST00000587735 1694 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 PGAM1-201ENST00000334828 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 AC013268.5-201ENST00000454928 1959 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 AP2S1-202ENST00000352203 793 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 TSPY8-203ENST00000383005 435 ntTSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 RPUSD3-201ENST00000383820 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 ING5-202ENST00000406941 946 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 CYHR1-203ENST00000424149 1162 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 MHENCR-202ENST00000449500 801 ntTSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 MTG1-205ENST00000477902 1283 ntTSL 3 BASIC17.94■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 ACP6-203ENST00000487562 1258 ntTSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 C14orf144-201ENST00000553757 537 ntTSL 4 BASIC17.94■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 MIR3652-201ENST00000579335 131 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 PRR29-207ENST00000580752 458 ntTSL 3 BASIC17.94■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 AP2S1-204ENST00000597020 707 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 AC010240.3-201ENST00000607688 395 ntBASIC17.94■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 CADM1-222ENST00000616271 1246 ntTSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 ARID3C-201ENST00000378909 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.94■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 RNF212-202ENST00000382968 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 ERCC2-203ENST00000391944 2334 ntTSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 CHID1-203ENST00000436108 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 MARK2-203ENST00000377810 4560 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 PDCD10-201ENST00000392750 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 PCDH1-201ENST00000287008 4793 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.94■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 SYNM-204ENST00000594047 6407 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.94■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 PMEPA1-202ENST00000341744 4845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 E4F1-201ENST00000301727 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 WAC-205ENST00000375664 5924 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 FER1L4-211ENST00000616283 1818 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 AC012615.6-201ENST00000593201 1697 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 ZFYVE21-202ENST00000311141 1383 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 DLG3-202ENST00000374355 5074 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 KCNQ5-203ENST00000355635 6623 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 ATXN7L2-202ENST00000369870 2318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 PTOV1-AS1-201ENST00000596521 2155 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 KANSL1L-203ENST00000418791 3562 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 AC008878.3-201ENST00000617428 4964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 IL4I1-202ENST00000391826 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 ERLIN2-202ENST00000335171 1742 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 UBTF-203ENST00000393606 2683 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 FOXN3-214ENST00000557258 2692 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 NFATC2IP-201ENST00000320805 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 KRT8P7-201ENST00000533003 1432 ntBASIC17.93■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 ELK1-202ENST00000343894 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 MIR662-201ENST00000384847 95 ntBASIC17.93■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 ATP5J-203ENST00000400090 647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 ZNF706-206ENST00000519744 785 ntTSL 3 BASIC17.93■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 ABHD17A-204ENST00000590661 1079 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 EBLN3P-205ENST00000629870 958 ntTSL 3 BASIC17.93■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 AC006333.2-201ENST00000607957 2099 ntBASIC17.93■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 AP2M1-201ENST00000292807 1931 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 GUCA1A-205ENST00000541991 1921 ntTSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 AL360181.3-201ENST00000468317 1605 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 IMPDH1-214ENST00000496200 2283 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 CENPT-215ENST00000564817 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 FXYD6-211ENST00000539526 2132 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 AMACR-205ENST00000426255 1316 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 MEF2B-201ENST00000409224 1683 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 AC120498.9-201ENST00000339021 3867 ntBASIC17.93■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 SLC16A3-221ENST00000617373 2048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.93■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 LINC00634-201ENST00000381348 1510 ntTSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC17.93■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 RELA-202ENST00000406246 2700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 AGO3-202ENST00000324350 1726 ntTSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 EDNRA-206ENST00000511804 1569 ntTSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 TEPSIN-213ENST00000637944 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 HOXB1-202ENST00000577092 1414 ntBASIC17.92■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 KMT5B-203ENST00000401547 2666 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 PAFAH1B2-202ENST00000419197 2517 ntTSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 FAM239A-202ENST00000438107 2155 ntTSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 SMPD1-203ENST00000527275 2188 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 FAM213B-204ENST00000419916 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 AURKAIP1-202ENST00000338338 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 S100A14-201ENST00000344616 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 CXCL12-204ENST00000395793 665 ntTSL 5 BASIC17.92■□□□□ 0.46
USP53Q70EK8 KRT8P26-201ENST00000534154 1276 ntBASIC17.92■□□□□ 0.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.9 ms