Protein–RNA interactions for Protein: P49711

CTCF, Transcriptional repressor CTCF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CTCFP49711 HNRNPDL-210ENST00000630827 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CTCFP49711 FNDC8-201ENST00000158009 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CTCFP49711 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CTCFP49711 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CTCFP49711 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CTCFP49711 FGF16-201ENST00000439435 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CTCFP49711 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
CTCFP49711 EEF1A2-202ENST00000298049 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CTCFP49711 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CTCFP49711 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CTCFP49711 SEMA3B-202ENST00000418576 1765 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CTCFP49711 TXNRD3-205ENST00000640797 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CTCFP49711 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CTCFP49711 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CTCFP49711 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CTCFP49711 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CTCFP49711 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CTCFP49711 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CTCFP49711 TM2D1-201ENST00000294613 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CTCFP49711 CDC26-201ENST00000374206 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CTCFP49711 C1QC-203ENST00000374640 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CTCFP49711 SNHG11-205ENST00000421599 1046 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CTCFP49711 MCCD1P2-201ENST00000423228 335 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
CTCFP49711 AL359747.1-201ENST00000442370 536 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CTCFP49711 NCBP2-AS1-201ENST00000447775 562 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CTCFP49711 AC012363.1-201ENST00000455707 575 ntTSL 4 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CTCFP49711 AP005019.1-201ENST00000545254 664 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CTCFP49711 PAM16-208ENST00000573553 722 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CTCFP49711 TNFRSF13B-203ENST00000579315 600 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CTCFP49711 TM2D1-212ENST00000606498 969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CTCFP49711 MALAT1-215ENST00000619449 794 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CTCFP49711 AL662799.1-201ENST00000630418 496 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CTCFP49711 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CTCFP49711 PLAUR-203ENST00000340093 1548 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CTCFP49711 RUVBL2-211ENST00000601968 1641 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CTCFP49711 KCNK4-202ENST00000422670 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CTCFP49711 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CTCFP49711 P2RY11-201ENST00000321826 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CTCFP49711 PLIN2-201ENST00000276914 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CTCFP49711 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CTCFP49711 SDF4-201ENST00000263741 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CTCFP49711 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CTCFP49711 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CTCFP49711 ISLR2-202ENST00000419208 2306 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CTCFP49711 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CTCFP49711 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CTCFP49711 MED16-201ENST00000269814 1199 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CTCFP49711 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CTCFP49711 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CTCFP49711 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CTCFP49711 SYT15-201ENST00000374321 1369 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CTCFP49711 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CTCFP49711 RER1-202ENST00000378512 1404 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CTCFP49711 NDUFAF6-203ENST00000396124 1798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CTCFP49711 AL353692.3-201ENST00000407031 1396 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
CTCFP49711 ACVRL1-202ENST00000419526 1356 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CTCFP49711 CRCP-205ENST00000431089 942 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CTCFP49711 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CTCFP49711 PCMT1-205ENST00000464889 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CTCFP49711 AL133375.1-201ENST00000500590 980 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CTCFP49711 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CTCFP49711 TSFM-208ENST00000543727 651 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CTCFP49711 LINC01956-202ENST00000584273 612 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CTCFP49711 TEN1-204ENST00000588202 862 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CTCFP49711 PRELID3A-208ENST00000590956 777 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CTCFP49711 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CTCFP49711 TREX1-205ENST00000625293 1783 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
CTCFP49711 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CTCFP49711 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CTCFP49711 AF228730.6-201ENST00000641497 218 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
CTCFP49711 AC084121.3-201ENST00000641716 218 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
CTCFP49711 AC105233.6-201ENST00000642093 218 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
CTCFP49711 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CTCFP49711 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CTCFP49711 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CTCFP49711 MICU2-201ENST00000382374 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CTCFP49711 C18orf32-201ENST00000318240 1128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CTCFP49711 TMEM179B-201ENST00000333449 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CTCFP49711 TOR3A-201ENST00000352445 1182 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CTCFP49711 HCCS-203ENST00000380763 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CTCFP49711 LINC00029-202ENST00000414668 1117 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CTCFP49711 AC104135.1-201ENST00000418001 763 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CTCFP49711 AL162231.1-204ENST00000423809 477 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CTCFP49711 ICAM2-203ENST00000449662 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CTCFP49711 AC091182.1-202ENST00000518765 713 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CTCFP49711 MCRIP1-211ENST00000576679 751 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CTCFP49711 TIMM13-202ENST00000591871 631 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CTCFP49711 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CTCFP49711 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CTCFP49711 KCNK12-201ENST00000327876 6227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CTCFP49711 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CTCFP49711 PDE9A-206ENST00000380328 1875 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CTCFP49711 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CTCFP49711 KCNIP4-205ENST00000382152 1767 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CTCFP49711 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CTCFP49711 SMYD2-201ENST00000366957 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CTCFP49711 PTGES2-201ENST00000277462 1614 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CTCFP49711 WDR18-202ENST00000585809 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CTCFP49711 AC020661.1-201ENST00000503052 1584 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CTCFP49711 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.9 ms