Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 TSSC4-201ENST00000333256 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 TCERG1L-201ENST00000368642 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 SMARCD2-212ENST00000613943 2342 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 METTL5-207ENST00000410097 1370 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 IMMP2L-207ENST00000452895 833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 SEC1P-202ENST00000473944 940 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 AP003396.1-201ENST00000501918 507 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 AC051649.1-201ENST00000509204 330 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 GPHA2-202ENST00000532246 466 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 IFI27L1-206ENST00000554562 571 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 PTGIR-204ENST00000596260 1009 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 AC112497.1-201ENST00000624824 639 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 NDUFAB1-201ENST00000007516 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 TM9SF1-203ENST00000524835 1938 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 HAPLN4-201ENST00000291481 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 GMPPA-203ENST00000358215 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 IRX1P1-201ENST00000438849 1838 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 AC005082.1-201ENST00000413042 2259 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 HAUS4-218ENST00000555986 1626 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 ADAP1-216ENST00000539900 2178 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 NPTX1-201ENST00000306773 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 PTGER3-202ENST00000351052 1404 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 AC020763.4-201ENST00000623414 4170 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 RELB-202ENST00000505236 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 CDHR1-201ENST00000332904 2694 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 AL109659.2-201ENST00000606809 1674 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 MARC2-202ENST00000366913 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 SPSB4-201ENST00000310546 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 AC008556.1-201ENST00000610908 2040 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 UBQLN4P1-201ENST00000461599 1801 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 SH2B3-201ENST00000341259 5406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 C20orf196-201ENST00000303142 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 C21orf2-201ENST00000325223 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 LINC01534-202ENST00000433232 554 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 AC013402.1-201ENST00000456999 561 ntTSL 4 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 HELT-202ENST00000505610 846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 AC069148.1-201ENST00000608741 768 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 TBC1D9B-220ENST00000630103 303 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 ZNF419-205ENST00000424930 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 NOM1-201ENST00000275820 6077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 TMEM250-201ENST00000418388 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 ZNF324B-202ENST00000545523 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 PCDHB14-202ENST00000624896 2367 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 AC104581.1-201ENST00000324348 2852 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 GPR83-202ENST00000539203 1909 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 AP5S1-203ENST00000379573 1848 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 TMPRSS5-201ENST00000299882 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 CORO1B-201ENST00000341356 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 AHRR-204ENST00000506456 2350 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 HNRNPD-201ENST00000313899 3033 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 TMEM104-202ENST00000417024 1781 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 CT47A4-201ENST00000415858 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 CT47A9-201ENST00000417256 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 CT47A6-201ENST00000419194 1298 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 CT47A10-201ENST00000430448 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 TRIM73-203ENST00000437796 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 CT47A5-201ENST00000439466 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 CT47A3-201ENST00000441330 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 CT47A8-201ENST00000457977 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 CT47A2-201ENST00000458218 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 AC022424.1-201ENST00000512155 889 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 AC087623.2-201ENST00000528407 534 ntTSL 4 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 RTN4-201ENST00000317610 2333 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 STIM2-202ENST00000465503 3613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 ST3GAL3-204ENST00000335430 1805 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 HNRNPUL1-203ENST00000378215 2864 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 ARMC6-202ENST00000392335 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRERF1Q96PN7 B3GNT9-201ENST00000449549 2917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 SLC27A3-204ENST00000368661 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 SLC27A3-214ENST00000624995 2413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 MARK2-209ENST00000509502 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 UPP1-201ENST00000331803 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 FAM50A-202ENST00000393600 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 FAM228B-210ENST00000615575 1357 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 GAS7-210ENST00000579158 1528 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 NRXN1-208ENST00000405472 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 ST3GAL3-206ENST00000351035 2377 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 SHROOM1-202ENST00000378676 2352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 OSR2-201ENST00000297565 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 LINC01586-201ENST00000506090 1840 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 HSD17B10-201ENST00000168216 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 PMEPA1-204ENST00000395814 800 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 CRELD2-204ENST00000407217 1230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 PLPP5-202ENST00000422581 853 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 AC016582.2-201ENST00000591908 446 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 LINC01785-201ENST00000598042 1112 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 NDUFV2-AS1-203ENST00000608008 779 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 AK3-202ENST00000381809 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 MAFG-202ENST00000392366 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 ZACN-201ENST00000334586 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 EIF3J-201ENST00000261868 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRERF1Q96PN7 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
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