Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 UMOD-201ENST00000302509 2477 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 YPEL3-202ENST00000398841 1588 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 GGT6-202ENST00000381550 2145 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 NEFHP1-201ENST00000412845 2629 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 PTPRK-218ENST00000525459 1722 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 TFF3-204ENST00000518498 1109 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 CLDN7-204ENST00000571881 735 ntTSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 AC010463.1-201ENST00000596542 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 AC024243.1-201ENST00000609234 778 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 AL732292.2-201ENST00000609649 430 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 ARMC6-220ENST00000546344 1814 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 TH-203ENST00000352909 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 ZNF768-202ENST00000562803 1999 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 RASSF7-205ENST00000454668 1450 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 UBTF-202ENST00000343638 4684 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 GAREM2-201ENST00000401533 4161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 NDOR1-203ENST00000427047 2315 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 IFRD1-201ENST00000005558 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 ADPGK-201ENST00000311669 2557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 SLC25A20-201ENST00000319017 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 STRA8-201ENST00000275764 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 KCNK7-202ENST00000342202 1283 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 ABHD17A-204ENST00000590661 1079 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 PRKRA-203ENST00000432031 1344 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 ZNF211-204ENST00000347302 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 AL162741.1-201ENST00000565563 1558 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 INTS10-201ENST00000397977 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 LRRC20-205ENST00000395010 2959 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 AC007040.2-201ENST00000606025 4170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 AP2S1-202ENST00000352203 793 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 DYDC2-206ENST00000444807 1173 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 RPL26L1-205ENST00000519974 695 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 AP2S1-204ENST00000597020 707 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 AL157888.1-201ENST00000631930 593 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 SRSF1-208ENST00000584773 1317 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 ACTL6B-201ENST00000160382 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 CCDC88B-202ENST00000356786 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 CYP2D7-201ENST00000358097 1655 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 FAM187A-202ENST00000412523 1748 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 HGFAC-204ENST00000511533 2016 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 IDUA-201ENST00000247933 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 FA2H-201ENST00000219368 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 AK3-202ENST00000381809 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 RGS9BP-201ENST00000334176 2894 ntAPPRIS P1 BASIC15.93■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 PRPF39-201ENST00000355765 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 CWH43-201ENST00000226432 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 SLC23A3-201ENST00000295738 2037 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 FUCA1-201ENST00000374479 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 PAQR6-201ENST00000292291 1908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 GCOM1-202ENST00000380569 1846 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 KRT13-202ENST00000336861 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 SKP2-208ENST00000546211 1589 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 SMARCC2-203ENST00000394023 4271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 HAAO-201ENST00000294973 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 CDHR4-201ENST00000343366 1188 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 MED4-202ENST00000378586 931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 AL603832.1-201ENST00000421943 449 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 RNF126P1-202ENST00000569893 925 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 TMIGD2-202ENST00000595645 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 SMARCD1-201ENST00000381513 3237 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC15.92■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 SARAF-214ENST00000545648 1976 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 ENTPD8-204ENST00000472938 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 CD19-206ENST00000567541 1707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 PVRIG-201ENST00000317271 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 BDKRB1-202ENST00000553356 1526 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 ATP11C-203ENST00000370557 6924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 MIR4300HG-201ENST00000500502 1397 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 MAFG-201ENST00000357736 5040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 PGAP3-206ENST00000579146 2220 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 CENPX-201ENST00000306704 751 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 FAM206A-201ENST00000322940 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 Metazoa_SRP.28-201ENST00000366402 260 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 AL161452.1-201ENST00000415062 1117 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 AP003396.1-201ENST00000501918 507 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 RPL28-210ENST00000560583 1204 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 AC092119.3-201ENST00000612618 583 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 IFNL4-202ENST00000616270 1132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 TMEM250-201ENST00000418388 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 CFAP100-203ENST00000505024 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 JPH2-201ENST00000342272 1923 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 CARD10-202ENST00000403299 4113 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 IP6K1-204ENST00000468463 1815 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 ETV7-202ENST00000340181 1719 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 RND1-201ENST00000309739 1681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 MARK1-203ENST00000402574 5273 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 KCNK4-205ENST00000538767 1389 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 PAFAH1B3-201ENST00000262890 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 TBC1D7-202ENST00000356436 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 HIST1H2AI-201ENST00000358739 503 ntAPPRIS P1 BASIC15.91■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 TBC1D7-204ENST00000379300 1276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 CT47A4-201ENST00000415858 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
USF3Q68DE3 CT47A9-201ENST00000417256 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.8 ms