Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 SLX1B-201ENST00000330181 1165 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 CCK-201ENST00000334681 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 ICAM4-201ENST00000340992 1176 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 ATP5D-207ENST00000591660 637 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 AC022154.1-201ENST00000600303 766 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 SETMAR-206ENST00000430981 1671 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 MAFF-206ENST00000538320 2458 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 DPP10-203ENST00000393147 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 FAM90A1-201ENST00000307435 2342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 AP1AR-202ENST00000309703 2337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 C22orf39-205ENST00000542103 1523 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 CSPG5-202ENST00000383738 4161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 ARRB1-201ENST00000360025 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 PSTPIP1-203ENST00000558012 1896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 KLHL17-201ENST00000338591 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 TRPM4-213ENST00000599628 1829 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 PRR5-201ENST00000006251 1767 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 HACE1-202ENST00000369125 3102 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 CDX1-202ENST00000616154 1343 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 GLYCTK-202ENST00000436784 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 ATRIP-201ENST00000320211 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 DGCR6L-201ENST00000248879 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 CFL1-201ENST00000308162 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 SLC25A48-202ENST00000412661 1148 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 SLC25A48-204ENST00000433282 1111 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 KLHL40-201ENST00000287777 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 TH-205ENST00000381175 1898 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 ACVR1C-201ENST00000243349 8994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 CDCA7L-203ENST00000406877 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 COPS7A-215ENST00000543155 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 UMOD-202ENST00000396134 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 COL18A1-202ENST00000355480 5924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 BMP1-202ENST00000306385 4229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 ADK-206ENST00000541550 2222 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 FO681492.1-203ENST00000622861 1362 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 CACNA1A-215ENST00000635727 7536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 ASIC3-202ENST00000349064 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 DYNC1LI2-201ENST00000258198 4515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 PDE6B-202ENST00000429163 2120 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 CPEB2-207ENST00000507071 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 AC090164.3-201ENST00000610780 2143 ntBASIC22.39■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 NEU4-203ENST00000404257 2352 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
VPS53Q5VIR6 SH3BP2-202ENST00000435136 2318 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 CCNJ-202ENST00000403870 2830 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 SIX5-201ENST00000317578 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 BAD-201ENST00000309032 929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 TMEM234-201ENST00000309777 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 ENSA-205ENST00000361532 792 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 CD70-202ENST00000423145 881 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 LINC01534-202ENST00000433232 554 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 MIR3180-5-201ENST00000583743 153 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 RNF187-203ENST00000639044 708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 PHB2-203ENST00000535923 1515 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 AGAP2-AS1-201ENST00000542466 1500 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 AC005082.1-201ENST00000413042 2259 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 PNPLA2-201ENST00000336615 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 FADS1-204ENST00000433932 1690 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 SLC2A11-204ENST00000398356 2388 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 SLC35B2-207ENST00000619636 2063 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 TRIM63-201ENST00000374272 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 VLDLR-AS1-205ENST00000599229 1346 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 ACADS-201ENST00000242592 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 GPR75-201ENST00000394705 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 AC008105.2-201ENST00000420431 579 ntTSL 4 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 LINC01063-201ENST00000441644 348 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 AC007563.2-201ENST00000447289 552 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 CFL2-205ENST00000555765 632 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 TK2-213ENST00000563369 882 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 WWOX-216ENST00000569818 525 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 RABAC1-210ENST00000601891 628 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 PITPNB-211ENST00000634017 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 ISOC2-201ENST00000085068 1122 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 LYPD3-201ENST00000244333 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 TBX20-201ENST00000408931 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 CYR61-201ENST00000451137 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 CNOT6-202ENST00000393356 6303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 NPEPL1-203ENST00000525817 1780 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 WIPI1-202ENST00000546360 1575 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 KCNK4-205ENST00000538767 1389 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 IFFO1-212ENST00000619571 2724 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 TFRC-202ENST00000392396 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 PRRT1-201ENST00000211413 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 EMX2-203ENST00000553456 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 DKK3-202ENST00000396505 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 H1FNT-201ENST00000335017 1300 ntAPPRIS P1 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 PEX16-202ENST00000378750 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 ZNF692-204ENST00000451251 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 NEUROD2-201ENST00000302584 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 FAM212A-201ENST00000333323 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 AC093620.1-201ENST00000342963 583 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 Telomerase-vert.1-201ENST00000363312 438 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 MIR564-202ENST00000385049 94 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
VPS53Q5VIR6 C7orf50-203ENST00000397100 1264 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.7 ms