Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 AL512353.2-201ENST00000448759 1962 ntBASIC18.02■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 TXNRD3-205ENST00000640797 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 RBFOX1-204ENST00000422070 1684 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 DUSP15-209ENST00000486996 1651 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 NFE2-204ENST00000553070 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 ADK-206ENST00000541550 2222 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 GRM2-204ENST00000442933 2064 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 FAM90A1-201ENST00000307435 2342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 PODXL2-201ENST00000342480 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 WIPF1-202ENST00000359761 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 RASD1-201ENST00000225688 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 KTI12-201ENST00000371614 1714 ntAPPRIS P1 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 PLEKHB2-204ENST00000409158 2277 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 ANKS3-202ENST00000446014 2265 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 AKT1S1-207ENST00000391835 3075 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 DACT2-201ENST00000366795 2942 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 CHD1L-204ENST00000431239 2907 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 ACD-203ENST00000602320 1408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 RASSF1-210ENST00000616212 1842 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 PSEN1-203ENST00000394157 1249 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 MCF2L-207ENST00000397024 490 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 LINC01122-201ENST00000422723 675 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 TSPY21P-201ENST00000433481 731 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 AL136307.1-201ENST00000454882 411 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 AL133352.1-203ENST00000557395 1234 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 METRN-205ENST00000568415 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 ZNF326-202ENST00000361911 1538 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 ARID1B-203ENST00000350026 7962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 AC009113.1-201ENST00000570267 2443 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 KIAA1549-201ENST00000422774 6283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 AP001351.1-201ENST00000501397 1865 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 EIF4G3-214ENST00000634879 5325 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 LGALS8-AS1-201ENST00000487567 1457 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 IL6R-208ENST00000622330 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 SEC14L2-215ENST00000617837 2632 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 AC018470.1-201ENST00000624790 3129 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 TMEM79-203ENST00000405535 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 CASC2-205ENST00000454781 2216 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 PCCA-203ENST00000376286 2481 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 MMP9-201ENST00000372330 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 SLC6A9-201ENST00000357730 2168 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 MYC-205ENST00000524013 2150 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 WIZP1-201ENST00000531444 2299 ntBASIC18■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 STIM2-202ENST00000465503 3613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 NCAN-201ENST00000252575 6387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 METTL21A-201ENST00000272839 1210 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC18■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 AC110769.1-201ENST00000420161 815 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 CYB561D2-204ENST00000424512 1212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 TPM4P1-201ENST00000436100 807 ntBASIC18■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 AC004803.1-203ENST00000539259 501 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 AL160286.2-201ENST00000567150 934 ntBASIC18■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 AIPL1-209ENST00000575265 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 ISOC2-201ENST00000085068 1122 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 SLC35E4-201ENST00000343605 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 LGALS9C-209ENST00000581545 1378 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 FAM228B-210ENST00000615575 1357 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 SLC16A13-201ENST00000308027 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 TMEM109-201ENST00000227525 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 RAB4A-205ENST00000618010 2799 ntTSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 MED25-212ENST00000618715 1467 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 IFRD1-201ENST00000005558 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 BCAP29-202ENST00000379117 1946 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 UBE2Q2-208ENST00000569423 2969 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 OGG1-201ENST00000302003 1655 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 NDUFB9-206ENST00000522532 1319 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 EPHX4-201ENST00000370383 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 STRN3-202ENST00000357479 2799 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 EXTL3-201ENST00000220562 6483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 LARGE2-201ENST00000325468 2522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 PHF20L1-209ENST00000395386 6237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 TP53I3-202ENST00000335934 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 MSLN-202ENST00000545450 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 N4BP3-201ENST00000274605 6080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 GPR6-201ENST00000275169 1089 ntAPPRIS P1 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 AC073343.2-203ENST00000366167 564 ntTSL 4 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 AK4P3-201ENST00000418260 669 ntBASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 RARRES2-205ENST00000482669 563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 MFSD4A-206ENST00000489709 1136 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 AC132938.3-201ENST00000579095 357 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 METTL23-204ENST00000586752 904 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 ITPK1-202ENST00000354313 2803 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 SLC2A11-204ENST00000398356 2388 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 SRSF2-202ENST00000359995 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 TAF6-211ENST00000453269 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 AC008764.1-201ENST00000409035 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 LETM2-208ENST00000524874 1459 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 GCSH-201ENST00000315467 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
VPS4AQ9UN37 ESPN-216ENST00000636330 4731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.5 ms