Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 AC079602.3-201ENST00000623931 403 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 NDUFAB1-201ENST00000007516 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 LINC00634-201ENST00000381348 1510 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 AL163051.1-201ENST00000569214 1512 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 FAM160A2-201ENST00000265978 3481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 TEAD2-202ENST00000377214 2440 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 MYC-201ENST00000259523 2042 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 SOX4-201ENST00000244745 5852 ntAPPRIS P1 BASIC18.73■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 WNK1-203ENST00000447667 1902 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 ABCB9-202ENST00000344275 2394 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 MALL-203ENST00000427178 1070 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 AL671277.2-201ENST00000458060 996 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 AC092597.1-201ENST00000487352 616 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 AF250324.1-201ENST00000506276 703 ntTSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 ITPKB-203ENST00000429204 6162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 RNF167-205ENST00000571816 1728 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 SLC6A9-201ENST00000357730 2168 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 TMPRSS5-205ENST00000538955 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 STEAP1B-201ENST00000404369 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 P3H4-201ENST00000355468 2791 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 GUCA1A-201ENST00000053469 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 RAI14-201ENST00000265109 5092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 EHBP1-209ENST00000431489 5076 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 TFAP4-201ENST00000204517 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 TWF1-201ENST00000395510 3045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 ANKDD1B-204ENST00000601380 2569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 ACVR1B-201ENST00000257963 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 NAB2-201ENST00000300131 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 PSMD3-201ENST00000264639 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 DUS1L-202ENST00000354321 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 AC135782.1-201ENST00000537498 2154 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 AC008393.1-201ENST00000499601 1454 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 DPP10-203ENST00000393147 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 MRPS7-204ENST00000579761 1717 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 LSM12-201ENST00000293406 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 HCN1-202ENST00000634658 4738 ntTSL 3 BASIC18.72■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 AL360181.3-201ENST00000468317 1605 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 NARFL-201ENST00000251588 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 SNCB-202ENST00000393693 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 AL031133.1-201ENST00000406807 723 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 AC083849.1-201ENST00000615227 514 ntBASIC18.72■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 EZH2-201ENST00000320356 2639 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 ZNF623-203ENST00000526926 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 NEK2-205ENST00000540251 1318 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 SRRM2-AS1-203ENST00000571305 1344 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 SLC38A10-201ENST00000288439 2708 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 MIB2-203ENST00000378712 2890 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 ZNF398-202ENST00000475153 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 MED25-212ENST00000618715 1467 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 ASZ1-201ENST00000284629 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 PKMYT1-203ENST00000431515 2308 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 LINC00315-201ENST00000441947 2323 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 TNNC1-201ENST00000232975 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 DGUOK-AS1-203ENST00000453103 601 ntTSL 3 BASIC18.71■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 LINC00595-207ENST00000476909 792 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 MOK-234ENST00000524370 1165 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 ELP5-204ENST00000396628 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 STX6-204ENST00000542060 4809 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 PPTC7-201ENST00000354300 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 UROS-202ENST00000368778 1556 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 AC020661.1-201ENST00000503052 1584 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 TBC1D19-201ENST00000264866 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 ZBTB48-202ENST00000377674 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 SLC6A7-203ENST00000524041 2431 ntTSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 CTSA-201ENST00000191018 1898 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 FAM198A-202ENST00000430121 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.71■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 PSTPIP1-203ENST00000558012 1896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 FIP1L1-202ENST00000337488 2198 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 FIP1L1-203ENST00000358575 2180 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 LUC7L-201ENST00000293872 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
LHX3Q9UBR4 WRB-201ENST00000333781 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.58
LHX3Q9UBR4 NRN1-204ENST00000622188 1795 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
LHX3Q9UBR4 TMEM79-203ENST00000405535 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
LHX3Q9UBR4 SENP6-201ENST00000327284 2700 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
LHX3Q9UBR4 COPE-201ENST00000262812 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
LHX3Q9UBR4 HBZP1-201ENST00000354915 429 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
LHX3Q9UBR4 GYG2P1-201ENST00000357871 623 ntTSL 3 BASIC18.7■□□□□ 0.58
LHX3Q9UBR4 COX20-203ENST00000411948 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
LHX3Q9UBR4 INAVA-202ENST00000413687 2197 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
LHX3Q9UBR4 LRCH3-207ENST00000441090 2034 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
LHX3Q9UBR4 SPDYE13P-201ENST00000445314 798 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
LHX3Q9UBR4 HELT-202ENST00000505610 846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
LHX3Q9UBR4 FGF14-AS2-201ENST00000606448 1074 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
LHX3Q9UBR4 SIKE1-201ENST00000060969 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
LHX3Q9UBR4 CADM1-222ENST00000616271 1246 ntTSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
LHX3Q9UBR4 AC092902.2-222ENST00000626312 568 ntTSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
LHX3Q9UBR4 AL772307.1-201ENST00000639363 1066 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
LHX3Q9UBR4 EIF3B-202ENST00000397011 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
LHX3Q9UBR4 SNAP47-202ENST00000366759 2362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.9 ms