Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 APBB1-207ENST00000529519 1442 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 ANKRD13D-201ENST00000308440 2219 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 MPG-203ENST00000397817 1039 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 AC026396.1-201ENST00000419388 421 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 DARS-AS1-202ENST00000419808 772 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 LINC00265-3P-201ENST00000447588 903 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 BRICD5-203ENST00000566018 555 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 TRAF7-205ENST00000567653 666 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 AC011247.3-202ENST00000605062 570 ntTSL 4 BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 AL353801.3-201ENST00000609898 542 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 TYMS-203ENST00000323274 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 MMD2-201ENST00000401401 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 AC233702.3-201ENST00000578656 1387 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 STMN3-201ENST00000370053 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 CDCA4-201ENST00000336219 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 OGFOD2-207ENST00000536150 1956 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 AC116562.4-201ENST00000641316 2276 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 CD320-201ENST00000301458 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 AKR7L-201ENST00000420396 1240 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 LEF1-AS1-201ENST00000436413 1045 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 AC113404.2-201ENST00000507884 177 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 AP000867.3-201ENST00000524675 377 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 RN7SL510P-201ENST00000581311 263 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 LINC01714-202ENST00000635451 896 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 IL34-201ENST00000288098 1607 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 OSMR-202ENST00000502536 1740 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 C16orf59-210ENST00000569496 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 PLEKHA2-206ENST00000521746 2127 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 ACVR1B-205ENST00000541224 1791 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 AC112777.1-201ENST00000540175 1423 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 AP3S1-201ENST00000316788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 ITM2C-204ENST00000409704 1106 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 AL645608.6-201ENST00000418300 402 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 PHGR1-201ENST00000448599 436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 GUSBP12-201ENST00000513727 720 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 AP000721.2-201ENST00000537170 650 ntTSL 4 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 AC011511.2-201ENST00000592893 918 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 NOL12-207ENST00000611699 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 AL592071.1-201ENST00000611956 408 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 ARSA-203ENST00000395619 1824 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 KLC2-204ENST00000394067 2898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 PCGF6-201ENST00000337211 1950 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 TMEM128-201ENST00000254742 1737 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 EIF2B4-210ENST00000493344 1949 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 MUC1-204ENST00000343256 648 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 AC007952.1-201ENST00000399087 553 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 AC007952.2-202ENST00000399093 556 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 IGHV3-47-201ENST00000425060 335 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 RABL2B-209ENST00000435118 1126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 AP005717.1-202ENST00000523563 419 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 AC106017.2-202ENST00000628484 536 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 UROS-202ENST00000368778 1556 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 ESPN-205ENST00000461727 1869 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 GLYCTK-202ENST00000436784 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 SGO1-209ENST00000442720 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 SERPINH1-215ENST00000533603 2299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 MFSD1-219ENST00000622669 2361 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
TRIM28Q13263 AIPL1-209ENST00000575265 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 CORO1B-202ENST00000393893 1931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 FAM110A-201ENST00000246100 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 SLBP-201ENST00000318386 1635 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 RGS11-204ENST00000397770 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 MRPS5-201ENST00000272418 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 MYLKP1-201ENST00000509077 1580 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 AC009102.3-201ENST00000623118 1491 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 KLK12-201ENST00000250351 882 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 C6orf15-201ENST00000259870 1140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 STK32A-AS1-201ENST00000504297 863 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 ZNF688-207ENST00000567855 540 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 AC111152.3-201ENST00000569699 673 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 WDR88-203ENST00000592765 651 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 BCL2L12-210ENST00000611631 1259 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 CEACAM3-208ENST00000630848 1110 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 SDHAP2-201ENST00000455183 2001 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 LAPTM4B-204ENST00000619747 2758 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 GCOM1-202ENST00000380569 1846 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 PRPS1-203ENST00000372428 1748 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 FARSA-202ENST00000423140 1720 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 GOSR2-226ENST00000639287 2367 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 HAUS8-202ENST00000448593 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 USP21-203ENST00000368002 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 CCNA1-202ENST00000440264 1758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 PDIA2-202ENST00000404312 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 YY1AP1-213ENST00000405763 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 ZNF324B-202ENST00000545523 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 NOL3-201ENST00000268605 1394 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 WNT9B-201ENST00000290015 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 PDCD10-201ENST00000392750 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 DCTN3-201ENST00000259632 808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
TRIM28Q13263 INSL3-201ENST00000317306 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
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