Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 APBB1-210ENST00000530885 1626 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 MFSD1-201ENST00000264266 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 SEMA7A-203ENST00000543145 2304 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 CCDC106-201ENST00000308964 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 MAN1B1-207ENST00000535144 2296 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 ZNF12-204ENST00000405858 5051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 GTF2IP1-210ENST00000622829 3605 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 FLYWCH1-201ENST00000253928 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 HEBP2-204ENST00000607197 10014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 ARFIP2-204ENST00000445086 1300 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 KIF16B-206ENST00000636835 5109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 GRM5-201ENST00000305432 4475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 METTL5-201ENST00000260953 1010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 HES7-201ENST00000317814 678 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 NPM3-201ENST00000370110 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 PMEPA1-204ENST00000395814 800 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 HSD11B1L-205ENST00000422535 730 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 CYB561D2-204ENST00000424512 1212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 FAHD2CP-202ENST00000443258 893 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 CCR12P-201ENST00000446203 998 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 AC002467.1-201ENST00000457510 657 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 CA15P1-201ENST00000481698 905 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 PSMD9-208ENST00000542602 516 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 AL929554.1-201ENST00000568665 460 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 RNF165-206ENST00000590330 1049 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 PHOSPHO2-206ENST00000616481 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 PHOSPHO2-208ENST00000617738 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 AL513523.10-201ENST00000623024 1186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 AC083906.6-201ENST00000641366 219 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 AC114490.1-202ENST00000311990 1887 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 ARRB1-201ENST00000360025 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 MAFF-206ENST00000538320 2458 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 DDX42-216ENST00000583590 4148 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 C7orf49-202ENST00000424142 1738 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 ANKS3-202ENST00000446014 2265 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 GLS-202ENST00000338435 4475 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 KRT14-201ENST00000167586 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 SMPD1-203ENST00000527275 2188 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 DNAJC28-201ENST00000314399 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 GPR75-201ENST00000394705 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 IQSEC1-201ENST00000273221 5279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 CD72-201ENST00000259633 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 SNX17-201ENST00000233575 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 COL18A1-202ENST00000355480 5924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 MRPL3-202ENST00000425847 1457 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 SYT8-202ENST00000381968 1424 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 KRT15-203ENST00000393976 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 SPATA6L-207ENST00000475086 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 TMEM110-MUSTN1-202ENST00000504329 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 TRPM4-213ENST00000599628 1829 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 CELF2-217ENST00000638035 1849 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 LIN54-209ENST00000510557 2257 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 SLC35A3-224ENST00000640732 1777 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 RTBDN-201ENST00000322912 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 CHST11-201ENST00000303694 5709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 PKN1-201ENST00000242783 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 AC135782.1-201ENST00000537498 2154 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 DCLK2-207ENST00000635524 2153 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 TOX2-205ENST00000423191 1709 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 ANO7L1-203ENST00000602586 1720 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 COMMD1-201ENST00000311832 911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 TMEM240-201ENST00000378733 718 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 AC005521.1-201ENST00000393351 872 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 MCF2L-207ENST00000397024 490 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 KRTAP5-3-201ENST00000399685 899 ntAPPRIS P1 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 RNF144A-AS1-204ENST00000437589 618 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 SLC25A3P1-201ENST00000443844 931 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 AC126763.1-201ENST00000552015 2118 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 CR769767.2-201ENST00000622735 460 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 PRSS33-201ENST00000293851 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 CD7-206ENST00000583376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 SLC35G2-202ENST00000446465 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 ABCB9-202ENST00000344275 2394 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 HACE1-202ENST00000369125 3102 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 COBL-210ENST00000632460 1941 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 PIF1-205ENST00000559239 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 AP001922.1-201ENST00000499390 1504 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 NEFHP1-201ENST00000412845 2629 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 COQ10B-201ENST00000263960 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 ENTPD8-202ENST00000371506 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 ARSA-203ENST00000395619 1824 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 AATK-203ENST00000417379 5081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 DHRS4-201ENST00000313250 1443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 LINC02028-204ENST00000449350 1419 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 AL031598.1-201ENST00000561511 1773 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 CBX1-202ENST00000393408 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 KRT8-217ENST00000619952 2437 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 NUP50-AS1-201ENST00000426282 2076 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 RBM24-202ENST00000379052 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 MYC-201ENST00000259523 2042 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 AVPR1A-201ENST00000299178 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 OR13J1-201ENST00000377981 1339 ntAPPRIS P1 BASIC15.77■□□□□ 0.12
HOXA4Q00056 KRT18P22-201ENST00000402024 1347 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.3 ms