Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 ELMOD1-206ENST00000531234 1832 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 LBX2-AS1-202ENST00000603175 2083 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 RBX1-201ENST00000216225 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 KRTAP1-1-201ENST00000306271 903 ntAPPRIS P1 BASIC20.51■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 VSTM1-201ENST00000338372 1023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 TSTD1-203ENST00000368024 457 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 RBM17P3-201ENST00000417687 1192 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 NSUN5P1-208ENST00000473960 500 ntTSL 3 BASIC20.51■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 UBE2Q2P1-205ENST00000559871 534 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 SNHG15-206ENST00000580528 1073 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 AC027601.4-201ENST00000611259 610 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 FAM197Y3-203ENST00000618346 717 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 NXNL2-205ENST00000618633 739 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 IQSEC2-210ENST00000639161 936 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 RASSF1-201ENST00000327761 1757 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 AL512380.2-201ENST00000637901 1780 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 STAP2-201ENST00000594605 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 ADAP1-218ENST00000617043 1946 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 FLT3LG-204ENST00000595510 1301 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 TNFSF13-205ENST00000396545 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 KCNN2-208ENST00000631899 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 SARAF-214ENST00000545648 1976 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 COPS7A-222ENST00000626119 1768 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 ZNF667-AS1-201ENST00000585445 1521 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 ZAR1L-201ENST00000345108 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 CLDN14-205ENST00000399139 1231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 HNRNPA1P28-201ENST00000424481 961 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 GPX1P2-201ENST00000429271 606 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 TSPY3-202ENST00000440483 414 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 URGCP-206ENST00000446958 365 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 TMEM9B-AS1-201ENST00000525484 1053 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 PAQR4-204ENST00000574988 869 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 LINC01607-201ENST00000607172 621 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 C6orf48-210ENST00000614363 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 PSMA6-216ENST00000627895 484 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 KATNBL1P6-202ENST00000562413 1466 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 KCNIP4-205ENST00000382152 1767 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 CTNNBL1-201ENST00000361383 1925 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 AP5S1-203ENST00000379573 1848 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 ZNF7-201ENST00000325217 592 ntTSL 4 BASIC20.49■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 CSF3-203ENST00000394148 622 ntTSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 LBH-204ENST00000406087 559 ntTSL 4 BASIC20.49■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 IMP4-203ENST00000409935 958 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 PCAT6-201ENST00000417262 748 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 THAP5-204ENST00000438865 868 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 RPS27L-204ENST00000455271 923 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 HFE-210ENST00000470149 1123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 MRPL52-210ENST00000555345 895 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 BEAN1-203ENST00000561796 1078 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 RLN3-202ENST00000585987 541 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 AL356488.2-201ENST00000602755 427 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 AC005258.1-201ENST00000621615 1268 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 AC104109.2-201ENST00000602919 1418 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 LRPPRC-202ENST00000409659 1610 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 WNT7B-204ENST00000410089 2202 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 NTRK3-206ENST00000540489 2145 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 CYP51A1P1-201ENST00000492267 1507 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 PAN3-AS1-201ENST00000563843 1351 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 PCED1A-201ENST00000356872 1706 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 FAM189B-201ENST00000350210 2379 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 HSPB1-201ENST00000248553 909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 DPY30-201ENST00000295066 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 RPS2P28-201ENST00000314255 741 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 DPY30-202ENST00000342166 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 POMC-203ENST00000395826 959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 RCN1P2-201ENST00000398357 915 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 C21orf33-205ENST00000427803 1077 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 NCBP2-AS1-201ENST00000447775 562 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 NMU-202ENST00000505262 693 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 PP7080-203ENST00000510604 859 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 AC013356.2-201ENST00000559730 729 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 SNRPN-207ENST00000554227 1763 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 AKNA-205ENST00000374079 2138 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 ARHGAP8-201ENST00000336963 1487 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 KRT8P32-201ENST00000512863 1461 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 MRM3-201ENST00000304478 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 EXOSC3-201ENST00000327304 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 INF2-204ENST00000398337 1689 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
COL6A1P12109 CACNG7-201ENST00000222212 1016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.4 ms