Protein–RNA interactions for Protein: Q8N205

SYNE4, Nesprin-4, humanhuman

Predictions only

Length 404 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE4Q8N205 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
SYNE4Q8N205 GRK2-201ENST00000308595 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SYNE4Q8N205 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
SYNE4Q8N205 NRL-206ENST00000561028 2103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 ALG9-214ENST00000614444 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 MMP28-204ENST00000615136 2033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 SLC26A11-212ENST00000572725 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 MTMR9LP-203ENST00000426597 1545 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 NEK2-205ENST00000540251 1318 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 GBX2-203ENST00000551105 1307 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 KLK12-201ENST00000250351 882 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 TMEM150B-201ENST00000326652 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 DUSP15-203ENST00000375966 1077 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 AL022342.1-201ENST00000400363 863 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 AC113382.1-201ENST00000500267 1253 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 AC091304.2-201ENST00000564639 760 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 OCSTAMP-201ENST00000279028 2043 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 MGAT5B-209ENST00000569840 4492 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 ASL-205ENST00000395332 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 GCOM1-201ENST00000380568 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 LINC00960-201ENST00000463183 1333 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 AC004975.2-201ENST00000442017 565 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 AC099805.1-202ENST00000519927 1057 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 KLK12-205ENST00000529888 735 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 LINC01582-202ENST00000561215 452 ntTSL 4 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 MIR2117HG-201ENST00000588060 506 ntTSL 4 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 LINC00454-206ENST00000609861 841 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 DEF8-228ENST00000610455 816 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 RPRD1A-201ENST00000357384 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 LYPD3-201ENST00000244333 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 IL34-201ENST00000288098 1607 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 LRRC23-209ENST00000443597 1628 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 TSR2-201ENST00000375151 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 C15orf56-202ENST00000623360 2129 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 KRT8P50-201ENST00000562022 1438 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 RGMB-AS1-201ENST00000498871 1903 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 TRIM36-202ENST00000379617 1322 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 INSM1-201ENST00000310227 2829 ntAPPRIS P1 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 TNNI3-201ENST00000344887 840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 CORT-201ENST00000377049 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 PTX4-202ENST00000440447 1117 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 FOSL1P1-201ENST00000511041 816 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 VEGFA-222ENST00000520948 1199 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 CALM1-205ENST00000553542 877 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 AC092338.2-202ENST00000567158 611 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 TK1-205ENST00000590862 642 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 AL121772.3-201ENST00000610840 674 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 C10orf142-202ENST00000623589 1010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 AL161938.1-201ENST00000569833 2180 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 FHL1-219ENST00000618438 2178 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 HEIH-201ENST00000623091 1652 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 NR1H2-201ENST00000253727 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 SEMA6C-210ENST00000621728 1918 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 CDO1-201ENST00000250535 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 TCEAL2-202ENST00000372780 1100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 TRAF3IP2-AS1-208ENST00000525151 609 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 BRICD5-203ENST00000566018 555 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 GNAS-AS1-203ENST00000598163 548 ntTSL 4 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 C1orf43-210ENST00000640799 1287 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 CAMK2B-203ENST00000347193 1577 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 CACTIN-202ENST00000248420 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 P2RX5-202ENST00000345901 2031 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 LINC02381-201ENST00000508564 1369 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 SEPT9-211ENST00000585930 1387 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 GPR146-201ENST00000397095 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 FBLN1-201ENST00000262722 2251 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 CD177-203ENST00000618265 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 CWH43-201ENST00000226432 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 CARHSP1-201ENST00000311052 746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 NDUFA12-201ENST00000327772 635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 PHPT1-202ENST00000371661 985 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 AL645608.6-201ENST00000418300 402 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 AKR7L-201ENST00000420396 1240 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 LBX1-AS1-204ENST00000456391 421 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 AC091607.1-201ENST00000490318 1060 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 LAT-211ENST00000566177 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 TEN1-204ENST00000588202 862 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 PLAUR-214ENST00000601723 1205 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 CHMP4A-211ENST00000609024 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 CLN3-259ENST00000637551 1083 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 GOSR2-226ENST00000639287 2367 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 ATF5-201ENST00000423777 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 FADS2-209ENST00000521849 1703 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 MRPS7-204ENST00000579761 1717 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 MLF2-201ENST00000203630 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 STN1-201ENST00000224950 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 JMJD7-201ENST00000397299 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 AD000671.2-201ENST00000589807 1925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 PRR14-203ENST00000542965 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 SLC16A3-221ENST00000617373 2048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 SLC16A3-222ENST00000619321 2015 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SYNE4Q8N205 TMEM191A-208ENST00000450925 1961 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.6 ms