Protein–RNA interactions for Protein: Q3V6T2

CCDC88A, Girdin, humanhuman

Predictions only

Length 1,871 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88AQ3V6T2 SCD5-201ENST00000273908 1995 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 MPZ-206ENST00000533357 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 SEPT4-201ENST00000317256 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 HSPB1-201ENST00000248553 909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 SMIM29-201ENST00000335352 1160 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 BEX4-201ENST00000372691 1066 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 AP001625.2-201ENST00000442605 575 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 AC008825.1-201ENST00000504398 452 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 CNOT8-225ENST00000524105 904 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 AC026471.3-201ENST00000565137 578 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 FGF11-204ENST00000575235 928 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 TWSG1-202ENST00000581641 1119 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 IFNLR1-205ENST00000374421 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 NDUFA10-203ENST00000404554 1557 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 FBXL16-203ENST00000562563 2257 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 CFC1B-203ENST00000620207 1444 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 ZHX3-212ENST00000558993 1528 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 DUT-202ENST00000455976 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 RNF135-205ENST00000535306 2098 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 DEDD2-204ENST00000595337 1894 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 KATNBL1P6-202ENST00000562413 1466 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 HBA2-201ENST00000251595 605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 MCRIP2-201ENST00000307650 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 NPFFR2-202ENST00000344413 1234 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 FCGRT-210ENST00000596975 1054 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 AL355385.1-201ENST00000606123 409 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 WDR34-201ENST00000372715 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 ZNF843-203ENST00000618063 1765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 RPRM-201ENST00000325926 1471 ntAPPRIS P1 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 PDLIM2-206ENST00000409141 1463 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 ATG2A-203ENST00000421419 1481 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 LINC01586-201ENST00000506090 1840 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 DGUOK-201ENST00000264093 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 NECTIN1-202ENST00000340882 1059 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 DGUOK-202ENST00000348222 880 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 PRSS38-201ENST00000366757 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 RPL8-202ENST00000394920 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 TP53TG1-202ENST00000416560 710 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 DCTPP1-203ENST00000567983 801 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 PRSS8-206ENST00000568261 1214 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 AC104971.2-201ENST00000588144 1209 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 AC005336.2-201ENST00000593183 939 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 DGUOK-208ENST00000629438 1029 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 RELB-207ENST00000625761 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 ENTPD8-204ENST00000472938 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 TFCP2-205ENST00000549867 1727 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 LCAT-201ENST00000264005 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 IGFALS-201ENST00000215539 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 DARS-AS1-202ENST00000419808 772 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 AFG3L1P-210ENST00000431757 569 ntTSL 4 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 AL807752.7-201ENST00000471521 989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 GUSBP12-201ENST00000513727 720 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 AC021739.5-201ENST00000558637 494 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 AC027796.4-201ENST00000575741 874 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 AC010632.1-201ENST00000590376 572 ntTSL 4 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 JMJD7-201ENST00000397299 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 CDH5-204ENST00000563425 1932 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 MYBL2-202ENST00000396863 2704 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 ANGPTL4-201ENST00000301455 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 PDE9A-206ENST00000380328 1875 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 SCUBE1-201ENST00000290460 2258 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 DHRS7-201ENST00000216500 2322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 S100A16-204ENST00000368706 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 DYNLL1-203ENST00000392509 814 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 TEX264-216ENST00000614067 1174 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 HOTTIP_1.1-201ENST00000620415 57 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 PRRT1-202ENST00000375150 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 PVR-204ENST00000406449 1344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 WRB-201ENST00000333781 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 RELB-202ENST00000505236 2219 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 CCK-202ENST00000396169 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 MRAS-204ENST00000464896 1534 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 TSSC4-201ENST00000333256 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 SLC6A18-201ENST00000324642 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 ASCL4-201ENST00000342331 2260 ntAPPRIS P1 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 HEXDC-201ENST00000327949 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 RPL36-201ENST00000347512 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 PTTG1-202ENST00000393964 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 FAM53A-202ENST00000461064 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 TXNRD2-212ENST00000485358 850 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 CTDNEP1-207ENST00000572043 857 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 PIN1-206ENST00000587625 878 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 PLEKHG2-202ENST00000409797 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 PRSS33-201ENST00000293851 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 MMP11-201ENST00000215743 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 TNNC1-201ENST00000232975 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 TSTD1-203ENST00000368024 457 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 DRAP1-202ENST00000376991 819 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 HFE-210ENST00000470149 1123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 AC139749.1-201ENST00000534584 1094 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 PPOX-214ENST00000535223 664 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.7 ms