Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 EFEMP2-210ENST00000528176 1504 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 AC007952.6-201ENST00000573168 2673 ntBASIC24.7■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 AC003957.1-201ENST00000625108 2673 ntBASIC24.7■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 BUB3-201ENST00000368858 1361 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
HOXC9P31274 SYT17-207ENST00000568115 1721 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 TMEM14A-201ENST00000211314 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 CD1E-203ENST00000368156 861 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 CXorf40A-202ENST00000393985 1148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 GUSBP12-201ENST00000513727 720 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 FOXP3-205ENST00000518685 1213 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 TRPC2-202ENST00000526541 1189 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 EFCAB11-211ENST00000556609 568 ntTSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 SPINT1-AS1-202ENST00000564302 643 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 C6orf48-210ENST00000614363 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 AL162497.1-201ENST00000615635 518 ntTSL 4 BASIC24.7■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 TMEM191A-208ENST00000450925 1961 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 ANTXR1-203ENST00000409829 2221 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 PGAM5-203ENST00000498926 2834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 C15orf56-202ENST00000623360 2129 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 TWIST2-202ENST00000612363 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 NLRP6-201ENST00000312165 2679 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 ATP5J-201ENST00000284971 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 AKR1C7P-201ENST00000305623 895 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 HMGN1-203ENST00000380748 829 ntTSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 DUSP15-204ENST00000398083 1212 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 CRELD2-202ENST00000403427 1242 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 DMKN-215ENST00000451297 1111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 KRT16P4-201ENST00000453883 522 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 AP003555.3-201ENST00000534086 432 ntTSL 4 BASIC24.69■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 AC007220.1-201ENST00000572466 1055 ntTSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 PPP1R12C-202ENST00000435544 2363 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 STARD10-218ENST00000543304 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 ZNF667-AS1-201ENST00000585445 1521 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 ACD-215ENST00000620761 1483 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 ELMOD1-202ENST00000443271 1990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 GJB3-202ENST00000373366 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 TINAGL1-201ENST00000271064 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 SLC34A3-201ENST00000361134 2124 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 SPIN2B-202ENST00000333933 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 EEF1E1-202ENST00000429723 562 ntTSL 3 BASIC24.68■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 LINC01237-203ENST00000430555 843 ntTSL 4 BASIC24.68■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 AL611929.1-201ENST00000457340 449 ntTSL 3 BASIC24.68■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 AC080075.1-201ENST00000469747 427 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 AP002469.2-201ENST00000531724 424 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 AC009065.1-201ENST00000564055 1225 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 NDUFA6-204ENST00000617763 1183 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 ISG15-203ENST00000624697 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.68■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 AC011944.1-201ENST00000316148 1900 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 ST6GALNAC4-201ENST00000335791 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 SLC2A14-214ENST00000542505 1650 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 FAM53A-202ENST00000461064 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 NSUN5P1-202ENST00000421140 1535 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 NSUN5P2-203ENST00000457352 1529 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 SEMA6C-210ENST00000621728 1918 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 ABCC6-209ENST00000640696 1893 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 PDLIM2-206ENST00000409141 1463 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 CD81-AS1-201ENST00000413483 1460 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 CD320-201ENST00000301458 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 DFFB-203ENST00000341385 572 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 ELK1-202ENST00000343894 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 NPFFR2-202ENST00000344413 1234 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 SFTPD-201ENST00000372292 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 HES2-202ENST00000377836 507 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 RNF144A-AS1-205ENST00000439208 757 ntTSL 3 BASIC24.67■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 POLR2M-203ENST00000464277 910 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 VEGFA-222ENST00000520948 1199 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 ABR-204ENST00000543210 1049 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 FICD-205ENST00000552758 603 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 MRPL52-210ENST00000555345 895 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 AC099518.3-201ENST00000564808 809 ntAPPRIS P5 TSL 4 BASIC24.67■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 AC092118.1-202ENST00000568697 718 ntTSL 3 BASIC24.67■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 ANAPC11-204ENST00000571024 668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 ANAPC11-218ENST00000582222 523 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 SLC25A6P4-201ENST00000586535 553 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 H3F3B-206ENST00000587560 551 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 AL353801.3-201ENST00000609898 542 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 NEK3-208ENST00000618534 2414 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 SORBS3-221ENST00000523965 2028 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 RIPK2-201ENST00000220751 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 CD209-210ENST00000601951 1439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 LAD1-202ENST00000391967 2906 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 NR1H2-201ENST00000253727 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 WDR34-201ENST00000372715 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 TSNAXIP1-202ENST00000415766 2338 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 TMEM128-201ENST00000254742 1737 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 MAGEA6-201ENST00000329342 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 MAGEA3-201ENST00000370278 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
HOXC9P31274 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.2 ms