Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 AC139887.3-201ENST00000568585 713 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 TM2D1-212ENST00000606498 969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 SCN5A-214ENST00000612060 714 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 TSPY4-205ENST00000640033 663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 ANKRD20A8P-203ENST00000641373 517 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 GUCA1A-201ENST00000053469 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 CLDN6-202ENST00000396925 1739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 WDR1-205ENST00000502702 1691 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 HMOX2-208ENST00000570646 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 CASTOR1-202ENST00000407689 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 CCND3-204ENST00000414200 1724 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 SULT2B1-201ENST00000201586 1295 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 MRPL52-202ENST00000355151 1118 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 OTOS-202ENST00000391989 645 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 MRPL52-203ENST00000397496 1111 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 RNPS1P1-201ENST00000507437 918 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 LITAF-211ENST00000572255 516 ntTSL 4 BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 LITAF-215ENST00000574763 717 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 RTBDN-213ENST00000592204 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 AC064862.7-201ENST00000604520 867 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 AC064853.6-201ENST00000642029 303 ntAPPRIS P1 BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 AC008393.1-201ENST00000499601 1454 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 TEX264-215ENST00000611400 1488 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 NARF-204ENST00000390006 1766 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 UPP1-201ENST00000331803 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 BYSL-201ENST00000230340 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 MSC-201ENST00000325509 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 MRPS34-201ENST00000177742 1040 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 PRSS27-201ENST00000302641 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 PTRHD1-201ENST00000328379 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 POLD2P1-201ENST00000511220 997 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 HEXA-210ENST00000567213 1000 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 GZMM-202ENST00000592501 941 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 HTD2-206ENST00000481972 1378 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 UROS-202ENST00000368778 1556 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 SNX19-209ENST00000530356 1562 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 SMIM29-201ENST00000335352 1160 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 YWHAZ-204ENST00000395953 994 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 POM121L3P-201ENST00000419331 1163 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 AC073648.2-201ENST00000510116 352 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 AC097372.2-201ENST00000510996 732 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 IGHV3-22-201ENST00000520721 359 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 AL138831.2-201ENST00000606564 490 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 AC006001.3-204ENST00000638711 2103 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 IQSEC2-210ENST00000639161 936 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 ALKBH5-203ENST00000541285 1605 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 TAF15-215ENST00000605844 2191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 CEP85L-205ENST00000419517 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 STX5-202ENST00000377897 1785 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 SPACA1-201ENST00000237201 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 TMEM44-203ENST00000381975 2197 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
COL5A3P25940 METTL21A-205ENST00000426075 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 NCBP2-AS1-201ENST00000447775 562 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 PGAM5P1-201ENST00000518923 814 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 PVR-204ENST00000406449 1344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 ARPC1B-201ENST00000252725 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 ARHGAP8-201ENST00000336963 1487 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 OCSTAMP-201ENST00000279028 2043 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 POLI-202ENST00000406285 2030 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 TRA2B-202ENST00000342294 288 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 DRAP1-202ENST00000376991 819 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 AC107896.1-201ENST00000593212 548 ntTSL 4 BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 DUT-202ENST00000455976 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 ARFRP1-210ENST00000614942 2554 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 RGS3-202ENST00000342620 1714 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 YAP1-208ENST00000531439 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 PHYKPL-201ENST00000308158 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 PSMD11-202ENST00000457654 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 CAPZB-202ENST00000264203 2068 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 PCDHB11-202ENST00000624887 1973 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 PRR29-203ENST00000425164 1266 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 SEC23A-206ENST00000553970 574 ntTSL 4 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 RLN3-202ENST00000585987 541 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 AC016590.1-204ENST00000586442 813 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 CIRBP-235ENST00000591935 746 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 AP001269.4-201ENST00000609611 512 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 AC243547.2-201ENST00000616257 234 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 AL355877.3-201ENST00000622820 899 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 GPR142-201ENST00000335666 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 VGLL4-210ENST00000426568 1428 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 KCNK7-204ENST00000394217 1372 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 PMPCB-202ENST00000428154 1714 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 VPS26B-202ENST00000525095 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 ABHD11-205ENST00000437775 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
COL5A3P25940 SPCS1-201ENST00000233025 1082 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.8 ms