Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 WRB-201ENST00000333781 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 PTN-201ENST00000348225 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 SEMA3D-202ENST00000444867 1605 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 JPH2-201ENST00000342272 1923 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 MCTP1-218ENST00000515393 5396 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 MRAS-204ENST00000464896 1534 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 ZBED3-AS1-208ENST00000512001 1668 ntTSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 TICAM1-202ENST00000621756 1650 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 P2RX5-203ENST00000547178 1998 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 BRAF-201ENST00000288602 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 AGO3-202ENST00000324350 1726 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 PLPP5-202ENST00000422581 853 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 KRT18P38-201ENST00000449496 1282 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 RBPMS-AS1-202ENST00000519753 1031 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 ZNF444P1-201ENST00000559497 298 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 LINC01311-201ENST00000565162 1445 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 HYMAI.1-201ENST00000620949 238 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 PGS1-201ENST00000262764 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 CPQ-201ENST00000220763 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 CTNNBL1-201ENST00000361383 1925 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 C16orf59-210ENST00000569496 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 TEKT5-201ENST00000283025 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 ZFC3H1-211ENST00000552037 1484 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 GOLGA2P10-204ENST00000618004 1349 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 LYPD3-201ENST00000244333 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 TYMS-203ENST00000323274 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 CWH43-201ENST00000226432 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 NKX2-1-202ENST00000498187 2338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 LINC00634-201ENST00000381348 1510 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 SCAND1-203ENST00000615116 1371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 PHF12-202ENST00000332830 4759 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 MON1A-202ENST00000417270 2527 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 RNF135-201ENST00000324689 1905 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 TNNC1-201ENST00000232975 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 IGLL1-201ENST00000249053 716 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 HBZP1-201ENST00000354915 429 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 ICAM4-202ENST00000380770 1211 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 MADCAM1-203ENST00000382683 603 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 SPDYE15P-201ENST00000424157 909 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 GRP-204ENST00000529320 824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 FXYD6-211ENST00000539526 2132 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 PAX1-205ENST00000613128 5352 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 CENPT-215ENST00000564817 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 REEP2-202ENST00000378339 2170 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 MFSD1-219ENST00000622669 2361 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 AC012615.6-201ENST00000593201 1697 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 SAAL1-201ENST00000300013 1518 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 CPZ-201ENST00000315782 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 HLA-G-205ENST00000428701 1578 ntAPPRIS P2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 ANKRD16-203ENST00000380094 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 ZNF655-202ENST00000320583 1601 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 AC129492.1-201ENST00000399413 1804 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 EZH2-201ENST00000320356 2639 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 YTHDC2-207ENST00000515883 2629 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 UXT-201ENST00000333119 574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 PVRIG2P-201ENST00000435460 978 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 SGO1-208ENST00000437051 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 RPL26L1-205ENST00000519974 695 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 EEF1D-243ENST00000532400 419 ntTSL 3 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 NAT14-202ENST00000587400 416 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 CD177-202ENST00000607855 536 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 CADM1-222ENST00000616271 1246 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 SMIM29-209ENST00000636500 1186 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 ZIC1-201ENST00000282928 5241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 FBXO24-201ENST00000241071 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 TRIM47-201ENST00000254816 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 MXD3-202ENST00000427908 2269 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 FAM83H-201ENST00000388913 5654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 PRDM5-201ENST00000264808 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 PCSK7-201ENST00000320934 4649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 OGFOD2-201ENST00000228922 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 ARAP1-AS2-201ENST00000500163 1824 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 UBE2Z-201ENST00000360943 3122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 CBLN2-201ENST00000269503 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 AIRE-201ENST00000291582 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 AUTS2-201ENST00000342771 6173 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 NYX-202ENST00000378220 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 CAB39-202ENST00000409788 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 AL049812.1-201ENST00000432563 2267 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 ZMAT3-203ENST00000432729 2944 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 PFDN6-206ENST00000463584 1915 ntTSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 CCDC47-202ENST00000403162 2195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 SYCE1L-201ENST00000378644 858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 ISCU-202ENST00000392807 1069 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 ISCU-203ENST00000431221 799 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 IFI27L1-206ENST00000554562 571 ntTSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 RNASET2-213ENST00000611959 1124 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
CHMP4AQ9BY43 MYH14-206ENST00000596571 5988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.7 ms