Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 CFC1B-203ENST00000620207 1444 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 TP73-202ENST00000354437 2140 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 RHOV-201ENST00000220507 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 CACNG7-201ENST00000222212 1016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 ZNF7-201ENST00000325217 592 ntTSL 4 BASIC25.3■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 AL355385.1-201ENST00000606123 409 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 GABARAPL3-202ENST00000624044 1851 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 ACY1-201ENST00000404366 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 AC062028.1-203ENST00000447433 1472 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 SEPT4-201ENST00000317256 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 ST3GAL3-219ENST00000372374 2170 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 GRB7-202ENST00000394204 1667 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 TH-206ENST00000381178 1910 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 ALKBH6-201ENST00000252984 955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 C18orf32-201ENST00000318240 1128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 ZAR1L-201ENST00000345108 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 DDT-203ENST00000403754 569 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 DDT-206ENST00000430101 573 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 AC002116.1-201ENST00000473572 1130 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 KLRG2-201ENST00000340940 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 SMPD1-203ENST00000527275 2188 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 EGFR-202ENST00000342916 2239 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 CD209-210ENST00000601951 1439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 LCAT-201ENST00000264005 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 ALKBH5-203ENST00000541285 1605 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 ABHD5-205ENST00000458276 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 FENDRR-203ENST00000595886 3095 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 RPS2P28-201ENST00000314255 741 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 IGHV3-22-201ENST00000520721 359 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 LINC01607-201ENST00000607172 621 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 AC027601.4-201ENST00000611259 610 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 ARAP1-AS2-201ENST00000500163 1824 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 TCF3P1-201ENST00000423021 1937 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 FBXL16-203ENST00000562563 2257 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 TBC1D10A-204ENST00000403477 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 JAM2-202ENST00000400532 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 SETMAR-206ENST00000430981 1671 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 STAP2-201ENST00000594605 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 PAN3-AS1-201ENST00000563843 1351 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 DHDH-201ENST00000221403 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 KLK12-202ENST00000319590 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 UPF3AP3-201ENST00000420996 769 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 PMS2P2-201ENST00000425039 1128 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 AP000355.1-201ENST00000432032 480 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 CD63-204ENST00000546939 779 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 RLN3-202ENST00000585987 541 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 AC007193.2-201ENST00000596807 472 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 AC004130.1-202ENST00000603156 666 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 AC140113.2-201ENST00000604370 208 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 AL139424.1-201ENST00000607572 797 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 FAM197Y3-203ENST00000618346 717 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 PSMA6-216ENST00000627895 484 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 DOK7-206ENST00000515886 2263 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.64
NPHP3Q7Z494 MCIDAS-201ENST00000513312 1736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 KRT18-207ENST00000550600 1696 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 AGER-205ENST00000375069 1538 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 RCN1P2-201ENST00000398357 915 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 CLDN14-205ENST00000399139 1231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 AC093585.1-201ENST00000425183 428 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 AC098831.1-202ENST00000438821 336 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 TSPY3-202ENST00000440483 414 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 TSPAN4-214ENST00000525201 834 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 UBE2Q2P1-205ENST00000559871 534 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 BEAN1-203ENST00000561796 1078 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 AC064853.6-201ENST00000642029 303 ntAPPRIS P1 BASIC25.26■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 IKBKG-207ENST00000611071 2103 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 C6orf141-206ENST00000529246 1450 ntAPPRIS P1 BASIC25.25■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 ESYT3-201ENST00000289135 1356 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 PPP5C-202ENST00000391919 1929 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 SUMO3-204ENST00000411651 1921 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 FOXP3-201ENST00000376197 1326 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 CSF3-203ENST00000394148 622 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 SPCS2-202ENST00000526361 772 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 AP005233.2-201ENST00000561588 372 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 RTBDN-213ENST00000592204 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 MTDHP3-201ENST00000594186 672 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
NPHP3Q7Z494 PTAR1-205ENST00000472967 1689 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.8 ms