Protein–RNA interactions for Protein: Q3V6T2

CCDC88A, Girdin, humanhuman

Predictions only

Length 1,871 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88AQ3V6T2 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 CYP2F1-201ENST00000331105 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 MCIDAS-201ENST00000513312 1736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 TH-202ENST00000333684 1535 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 ROMO1-204ENST00000374078 498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 OTOS-202ENST00000391989 645 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 RPL13AP23-201ENST00000480739 586 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 AP003733.1-201ENST00000491725 852 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 MOK-208ENST00000519058 917 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 AC104390.1-201ENST00000555663 520 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 AC011455.1-201ENST00000593830 504 ntTSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 MELTF-202ENST00000296351 1650 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 HOXB1-202ENST00000577092 1414 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 PDZD7-201ENST00000370215 2032 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 FAM83E-201ENST00000263266 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 PMS2P7-201ENST00000506558 1336 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 B3GNT3-202ENST00000595387 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 CHMP3-203ENST00000409225 1099 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 MYCNOS-201ENST00000419083 770 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 AC009065.1-201ENST00000564055 1225 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 AC087289.1-201ENST00000586808 890 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 BNIP3P18-201ENST00000593976 575 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 AC064862.7-201ENST00000604520 867 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 CFAP77-203ENST00000393216 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 CFP-203ENST00000396992 1592 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 TM2D3-201ENST00000333202 1381 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 MRPL3-202ENST00000425847 1457 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 PTRHD1-201ENST00000328379 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 EMD-201ENST00000369835 966 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 AC005104.2-201ENST00000427818 678 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 C11orf74-203ENST00000446510 1062 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 ADORA1-208ENST00000618295 862 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 CCDC63-202ENST00000545036 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 AL158211.5-201ENST00000623583 2518 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 AC062028.1-203ENST00000447433 1472 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 TCP11-204ENST00000373979 1882 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 PARP2-202ENST00000429687 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 CDC14B-208ENST00000463569 1734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC88AQ3V6T2 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 KHDC1-202ENST00000370384 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 MARC2-202ENST00000366913 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 CD1E-211ENST00000368166 1271 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 CCDC74A-202ENST00000409856 1298 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 NMU-202ENST00000505262 693 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 NT5C3B-215ENST00000521789 993 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 LITAF-211ENST00000572255 516 ntTSL 4 BASIC22.83■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 LITAF-215ENST00000574763 717 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 TCP11-209ENST00000444780 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 MRPS5-201ENST00000272418 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 KLC1-219ENST00000555836 2467 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 EEF1A2-201ENST00000217182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 ETV2-204ENST00000403402 1335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 NEK2-205ENST00000540251 1318 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 AC020661.1-201ENST00000503052 1584 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 TYMS-202ENST00000323250 693 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 FIBP-212ENST00000533045 1173 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 LDHAL6A-203ENST00000615355 1042 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 GJA4-201ENST00000342280 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 GPR3-201ENST00000374024 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 SIGIRR-220ENST00000531205 1649 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 PAQR9-201ENST00000340634 2452 ntAPPRIS P1 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 IDH3G-201ENST00000217901 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 SERPINB6-207ENST00000612421 1570 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 WDR45-205ENST00000376358 1432 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 BID-204ENST00000399767 2129 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 CALHM2-201ENST00000260743 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 GNMT-201ENST00000372808 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 LINC01615-202ENST00000449466 603 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 TSTD3-201ENST00000452647 962 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 AF186996.4-201ENST00000467186 377 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 AC073111.4-202ENST00000486297 585 ntTSL 4 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 IGHV3-22-201ENST00000520721 359 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 SPCS2-202ENST00000526361 772 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 PNMA8A-203ENST00000602246 572 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 IQSEC2-210ENST00000639161 936 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 TPD52-211ENST00000519303 1594 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 TMEM129-201ENST00000303277 2678 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC88AQ3V6T2 FOXP3-201ENST00000376197 1326 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26 ms