Protein–RNA interactions for Protein: P49639

HOXA1, Homeobox protein Hox-A1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 335 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA1P49639 FN3KRP-201ENST00000269373 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 RAVER2-202ENST00000371072 4362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 NEUROD2-201ENST00000302584 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 PSPC1-206ENST00000619300 2013 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 FOXD4L4-201ENST00000377413 2230 ntAPPRIS P1 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 PTPRU-202ENST00000373779 5579 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 RNF139-201ENST00000303545 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 RAB34-203ENST00000395243 1597 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 ACSL4-201ENST00000340800 5333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 TMEM191A-208ENST00000450925 1961 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 KCNQ2-205ENST00000360480 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 CCND3-204ENST00000414200 1724 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 ALDH7A1-215ENST00000553117 1935 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 C15orf56-202ENST00000623360 2129 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 LAD1-201ENST00000367313 2336 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 JKAMP-215ENST00000616435 2338 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 PGM5-202ENST00000396396 3338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 SIK3-205ENST00000446921 3858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 SCAMP4-201ENST00000316097 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 KLHL23-201ENST00000272797 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 SNAI3-AS1-205ENST00000568633 2096 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 AC105285.1-202ENST00000499322 1866 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 RER1-204ENST00000378518 522 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 TSC22D1-AS1-201ENST00000616360 2845 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 OGFR-201ENST00000290291 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 CSK-210ENST00000567571 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 FERMT2-203ENST00000395631 3369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 RAB43-201ENST00000315150 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 LHX8-201ENST00000294638 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 ACVR1B-205ENST00000541224 1791 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 WDR41-208ENST00000507029 1553 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 FAM53A-201ENST00000308132 2802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 OTUB1-202ENST00000422031 2297 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 FRS3-201ENST00000259748 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 AC006333.2-201ENST00000607957 2099 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 ACTL6B-201ENST00000160382 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 PAOX-201ENST00000278060 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 TFDP2-202ENST00000467072 1853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 SYBU-209ENST00000446070 2919 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 AGAP4-201ENST00000311652 2715 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 FBXO18-201ENST00000362091 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 MRM3-201ENST00000304478 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 MRGPRG-AS1-201ENST00000420873 1818 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 BZW1-209ENST00000452790 1473 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 DKK3-202ENST00000396505 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 SLC47A1-202ENST00000395585 1998 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 DLC1-203ENST00000358919 4392 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 AC012414.5-201ENST00000564214 1602 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 GNB5-211ENST00000560116 918 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 SERF2-203ENST00000381359 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 C11orf80-214ENST00000532565 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 RRAGD-202ENST00000369415 4900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 SGCE-207ENST00000447873 1597 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 CROCCP3-201ENST00000263511 5368 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 NFATC4-220ENST00000555393 2235 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 ABCC6-209ENST00000640696 1893 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 ACAP1-201ENST00000158762 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 GOLGA2P9-203ENST00000600260 2033 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 BAP1-202ENST00000460680 3937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 RTN3-205ENST00000356000 2645 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 ZMYM3-203ENST00000373981 1841 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 RGP1-201ENST00000378078 7018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 MBD1-204ENST00000347968 3091 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 SARDH-201ENST00000298628 1484 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 MON2-203ENST00000546600 6130 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 ZDHHC8-202ENST00000334554 5046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 C2orf81-201ENST00000290390 2227 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 TBX5-203ENST00000405440 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 STX17-205ENST00000525640 2523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 ADARB1-202ENST00000360697 6604 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 GPAT3-202ENST00000395226 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 AC008060.1-201ENST00000401499 1551 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 TMEM8B-204ENST00000439587 2150 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
HOXA1P49639 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.7 ms