Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 GPR35-201ENST00000319838 2249 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 RNF113B-201ENST00000267291 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 ECE1-205ENST00000436918 2328 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 WNK2-204ENST00000427277 6108 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 RBFA-202ENST00000306735 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 BTNL9-210ENST00000515271 1444 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 NDUFA10-203ENST00000404554 1557 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 C21orf58-205ENST00000397683 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 TEX21P-204ENST00000641479 1693 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 CSPG5-202ENST00000383738 4161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 KANSL1-218ENST00000638275 5352 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 CYP2E1-205ENST00000463117 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 ILDR2-203ENST00000469934 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 ADCY5-202ENST00000462833 7311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 AUTS2-201ENST00000342771 6173 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 ALDOA-212ENST00000564546 2104 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 SGO1-209ENST00000442720 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 SREBF2-209ENST00000612482 5365 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 FGFR1-203ENST00000341462 6054 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 CYB561D2-201ENST00000232508 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 TMEM88-201ENST00000301599 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 BOLA2B-201ENST00000305321 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 BOLA2-201ENST00000330978 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 HBZP1-201ENST00000354915 429 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 UBE2J2-205ENST00000400930 1021 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 PLPP5-202ENST00000422581 853 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 AC003075.1-204ENST00000433005 540 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 TFF3-204ENST00000518498 1109 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 GPX4-210ENST00000611653 793 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 L3HYPDH-201ENST00000247194 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 NCF1B-201ENST00000423083 1516 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 TPD52-211ENST00000519303 1594 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 GAMT-202ENST00000447102 1769 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 MED15P9-202ENST00000427638 1841 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 ZSWIM8-220ENST00000604524 5465 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 PDZD3-203ENST00000525131 1882 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 ITGB7-209ENST00000550743 2138 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 VSTM2A-203ENST00000404951 2521 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 TSPAN17-202ENST00000310032 2550 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 ZNF582-207ENST00000619584 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 STARD10-213ENST00000538536 1678 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 FCER2-201ENST00000346664 1596 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 FCER2-205ENST00000597921 1560 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 MMAB-204ENST00000537236 1342 ntTSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 C20orf196-201ENST00000303142 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 TNFRSF10C-202ENST00000397703 1242 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 CRELD2-204ENST00000407217 1230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 GRAMD4P1-201ENST00000435181 1110 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 SPDYE13P-201ENST00000445314 798 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 MIR1302-2HG-202ENST00000473358 712 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 AP003396.1-201ENST00000501918 507 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 AC106771.1-201ENST00000502209 372 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 AC140725.1-202ENST00000561145 712 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 DNAJB6-218ENST00000634080 1005 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 NDUFAB1-201ENST00000007516 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 CACNA1A-246ENST00000637736 8340 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 SLC4A4-201ENST00000264485 5852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 CASKIN1-201ENST00000343516 5759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 FOXD2-201ENST00000334793 4675 ntAPPRIS P1 BASIC18.1■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 IP6K1-204ENST00000468463 1815 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 PDLIM3-202ENST00000284770 1766 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 PTPRK-218ENST00000525459 1722 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 AC007192.1-201ENST00000593731 5142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 C1QTNF1-209ENST00000581774 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 FBXO31-201ENST00000311635 5934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 ZACN-201ENST00000334586 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 FUOM-201ENST00000278025 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 FAM187B-201ENST00000324675 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 CTBP2-202ENST00000334808 2130 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 TBC1D7-202ENST00000356436 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 MED4-202ENST00000378586 931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 TBC1D7-204ENST00000379300 1276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 HELT-202ENST00000505610 846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 CSRP1-214ENST00000531916 890 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 LINC00092-202ENST00000580908 580 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 ZNF534-205ENST00000617900 1085 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 AC092902.2-222ENST00000626312 568 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 SET-201ENST00000322030 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 PDZD7-201ENST00000370215 2032 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 CORO1B-201ENST00000341356 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 UPF1-201ENST00000262803 5348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 PKD2-201ENST00000237596 5056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 TSSC4-201ENST00000333256 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 PITX2-201ENST00000306732 2320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 MBIP-203ENST00000416007 1648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 C16orf70-201ENST00000219139 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 SNX19-209ENST00000530356 1562 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 GCOM1-201ENST00000380568 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 PLPP4-202ENST00000398250 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 BDKRB1-202ENST00000553356 1526 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 MYBL2-202ENST00000396863 2704 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 FAR2P2-204ENST00000424873 2070 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 NUDT17-201ENST00000334513 1473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.49
USP53Q70EK8 RFXANK-205ENST00000456252 1325 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.8 ms