Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 SLC22A18-202ENST00000347936 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 AGAP2-AS1-201ENST00000542466 1500 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 BST1-201ENST00000265016 1480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 CHID1-203ENST00000436108 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 AURKAIP1-202ENST00000338338 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 HSD11B1L-205ENST00000422535 730 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 TP53I11-223ENST00000627720 195 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 PCDHA4-201ENST00000378125 2328 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 ADORA2A-215ENST00000618076 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 ADGRD2-201ENST00000334810 3244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 YDJC-201ENST00000292778 1351 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 JAKMIP1-208ENST00000637373 1362 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 TMEM88-201ENST00000301599 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 DMKN-208ENST00000424570 1293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 AQP12A-202ENST00000429564 1110 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 AL162457.2-201ENST00000447909 937 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 MTHFS-202ENST00000559722 948 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 AC064834.1-201ENST00000606986 503 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 IRF5-214ENST00000613821 595 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 CDK17-203ENST00000543119 2442 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 ANKRD17-211ENST00000639793 3486 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 PTOV1-AS1-201ENST00000596521 2155 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 BLACE-201ENST00000378120 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 NAT6-204ENST00000443094 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 MORF4L1-215ENST00000559345 1468 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 SLC27A3-214ENST00000624995 2413 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 MCTP2-205ENST00000543482 1422 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 FGFR1-214ENST00000447712 5900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 REEP2-202ENST00000378339 2170 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 HLA-F-217ENST00000334668 1283 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 HLA-F-220ENST00000434407 884 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 AC087623.2-201ENST00000528407 534 ntTSL 4 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 AC125616.1-201ENST00000540369 1015 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 ZSCAN1-203ENST00000601162 813 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 AC011247.3-202ENST00000605062 570 ntTSL 4 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 GPAT2P1-201ENST00000444924 1672 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 PTH2R-204ENST00000617735 2472 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 CDCA7L-203ENST00000406877 3066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 TCERG1L-201ENST00000368642 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 PDP1-208ENST00000520728 2554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 UVSSA-207ENST00000511216 2927 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 SYT8-202ENST00000381968 1424 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 ASCL5-202ENST00000458416 1420 ntAPPRIS P1 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 NAPRT-202ENST00000426292 1654 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 NDUFA10-202ENST00000307300 1313 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 NTMT1-211ENST00000617943 1346 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 GPC5-201ENST00000377067 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 ZNF623-203ENST00000526926 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 SYCE1L-201ENST00000378644 858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 AC005056.1-201ENST00000435932 532 ntTSL 4 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 AC079385.1-201ENST00000551505 570 ntTSL 4 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 AC004771.4-201ENST00000576752 474 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 NPAP1P7-201ENST00000613027 823 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 BCL10-202ENST00000620248 774 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 DIP2A-203ENST00000435722 2760 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 UBE2E1-201ENST00000306627 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 GOLGA6L5P-202ENST00000515341 1828 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 TMEM53-202ENST00000372237 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 CELF6-202ENST00000395258 1741 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 QSOX2-201ENST00000358701 4530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 P2RY6-210ENST00000542092 1674 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 KCNH1-214ENST00000640566 1365 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 THNSL2-205ENST00000449349 1616 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 KCNK12-201ENST00000327876 6227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 CACNA1B-203ENST00000371355 9647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 CNNM3-202ENST00000377060 3308 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 TSPAN14-202ENST00000341863 1037 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 PP7080-204ENST00000510714 601 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 NTF4-201ENST00000593537 932 ntAPPRIS P1 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 C16orf74-203ENST00000602675 744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 C16orf74-206ENST00000602766 832 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 KCNE1B-204ENST00000623803 811 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 KIF22-203ENST00000561482 2505 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 PAIP1-201ENST00000306846 2782 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 NECAB3-202ENST00000375238 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 AC093503.3-201ENST00000624917 2352 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 PLK5-201ENST00000334770 2106 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 PTGES2-AS1-201ENST00000443493 2100 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 IKBKG-207ENST00000611071 2103 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 CAB39-202ENST00000409788 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 DTNBP1-203ENST00000355917 1359 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 ABCC5-204ENST00000392579 1848 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 PRDX3-201ENST00000298510 1591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 RABEPK-202ENST00000373538 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 PLPP4-202ENST00000398250 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 AL390860.1-201ENST00000449298 1541 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 CXCL12-204ENST00000395793 665 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 C1QTNF1-205ENST00000578229 1294 ntTSL 4 BASIC16.04■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 AKIRIN2-201ENST00000257787 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 AC020763.4-201ENST00000623414 4170 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
USF3Q68DE3 AC069544.2-201ENST00000640019 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.8 ms