Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 NECTIN3-AS1-204ENST00000476301 568 ntTSL 4 BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 AL162171.1-201ENST00000556328 718 ntTSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 MIEN1-205ENST00000577810 806 ntTSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 ABBA01031661.1-201ENST00000634362 1253 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 MRPS7-204ENST00000579761 1717 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 ZNF276-208ENST00000568064 2203 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 CHRNB4-202ENST00000412074 1355 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 PIF1-202ENST00000333425 2278 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 S100A3-201ENST00000368712 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 OTOS-202ENST00000391989 645 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 IGF2-206ENST00000418738 934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 NCAM1-AS1-202ENST00000533638 618 ntTSL 4 BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 REXO2-206ENST00000539275 710 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 AC021739.5-201ENST00000558637 494 ntTSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 AC092725.1-201ENST00000565783 499 ntTSL 4 BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 MAGEA6-201ENST00000329342 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 MAGEA3-201ENST00000370278 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 NPNT-214ENST00000514622 2362 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 CDK2AP2-201ENST00000301488 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 GTPBP8-203ENST00000383678 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 MYC-205ENST00000524013 2150 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 LINC00466-207ENST00000634725 1736 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 CORO1B-201ENST00000341356 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 HEIH-201ENST00000623091 1652 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 MED22-202ENST00000371999 987 ntTSL 3 BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 C2orf82-202ENST00000409230 663 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 AL031284.1-201ENST00000419297 478 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 RNF144A-AS1-205ENST00000439208 757 ntTSL 3 BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 FAM197Y8-203ENST00000450145 560 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 LINC00882-201ENST00000473636 710 ntTSL 3 BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 NYAP1-202ENST00000454988 2777 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 STAP2-201ENST00000594605 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 ENTPD8-204ENST00000472938 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 HCK-206ENST00000518730 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 PODXL2-201ENST00000342480 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 MAP7D2-203ENST00000443379 2476 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 SATB1-AS1-201ENST00000414198 737 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 FGF11-204ENST00000575235 928 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 COPS7A-222ENST00000626119 1768 ntTSL 3 BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 RHOV-201ENST00000220507 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 TM2D3-201ENST00000333202 1381 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 MSANTD2-202ENST00000374979 2349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 MPZ-206ENST00000533357 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 ITGB7-209ENST00000550743 2138 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 PRR23B-201ENST00000329447 1896 ntAPPRIS P1 BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 PDIA2-202ENST00000404312 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 NDUFB2-209ENST00000472695 503 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 AC136604.3-201ENST00000508188 429 ntTSL 3 BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 RPL18-208ENST00000549920 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 RPL18-209ENST00000550645 463 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 RPL18-214ENST00000552588 559 ntTSL 3 BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 BABAM1-206ENST00000595632 966 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 LDHAL6A-203ENST00000615355 1042 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 SLC2A14-214ENST00000542505 1650 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 TICAM1-202ENST00000621756 1650 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 ZNF420-201ENST00000304239 1945 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 FYTTD1-205ENST00000424384 1758 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 MYCNOS-201ENST00000419083 770 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 AC011455.1-201ENST00000593830 504 ntTSL 3 BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 RMND5B-201ENST00000313386 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 LINC01521-201ENST00000504184 1943 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 NOL3-201ENST00000268605 1394 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 VWA8-AS1-201ENST00000611103 2079 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 TM9SF1-203ENST00000524835 1938 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 ASB16-201ENST00000293414 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 KLK12-202ENST00000319590 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 SUSD4-203ENST00000344029 1056 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 FOXD3-AS1-201ENST00000418244 941 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 AC113404.2-201ENST00000507884 177 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 AC096582.2-201ENST00000510860 516 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 ADAP1-217ENST00000611167 2118 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 C16orf89-202ENST00000472572 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 LCAT-201ENST00000264005 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 EGFL7-204ENST00000406555 1529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 NGEF-202ENST00000373552 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 KRT18P58-201ENST00000527480 1120 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 AC116021.1-201ENST00000530049 653 ntTSL 3 BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 RPL27-206ENST00000589913 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 AL049840.3-201ENST00000602669 611 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 ACTR5-201ENST00000243903 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 WDR1-205ENST00000502702 1691 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 IRF7-201ENST00000330243 1992 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 SIX5-203ENST00000560168 1975 ntTSL 4 BASIC24.64■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.1 ms