Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 MRPS5-201ENST00000272418 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
CCDC87Q9NVE4 TOM1L1-202ENST00000445275 2228 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 RBPMS-203ENST00000339877 1341 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 SMPD1-203ENST00000527275 2188 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 SNRPA1-201ENST00000254193 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 MRPL43-203ENST00000318364 1010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 MRPL43-204ENST00000342071 894 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 BET1L-206ENST00000486280 665 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 PENK-208ENST00000523051 772 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 HMOX2-208ENST00000570646 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 AC036176.1-201ENST00000589905 785 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 AC024563.2-201ENST00000603282 481 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 Metazoa_SRP.104-201ENST00000622099 280 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 RAB5A-201ENST00000273047 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 EGFR-202ENST00000342916 2239 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 CYP51A1P1-201ENST00000492267 1507 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 AC002310.5-201ENST00000569360 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 TRIM13-206ENST00000457662 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 DLG3-201ENST00000194900 6112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 KLC1-219ENST00000555836 2467 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 ANGPTL4-201ENST00000301455 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 HLA-A-201ENST00000376802 1334 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 ESAM-201ENST00000278927 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 LINC01586-201ENST00000506090 1840 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 TMEM14A-201ENST00000211314 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 AKR1C7P-201ENST00000305623 895 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 CDC26-201ENST00000374206 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 SATB1-AS1-201ENST00000414198 737 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 MOBP-204ENST00000420739 940 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 ABR-204ENST00000543210 1049 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 AC007220.1-201ENST00000572466 1055 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 AL449423.1-201ENST00000578935 435 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 MALAT1-215ENST00000619449 794 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 AC124864.1-201ENST00000623408 392 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 SETMAR-206ENST00000430981 1671 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 WFIKKN1-201ENST00000319070 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 FAM217A-208ENST00000639338 1929 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 SAE1-203ENST00000413379 2313 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 PCED1A-201ENST00000356872 1706 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 CELA2A-201ENST00000359621 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 CD1E-209ENST00000368164 869 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 MPIG6B-202ENST00000375805 668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 RAB24-204ENST00000393611 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 FICD-205ENST00000552758 603 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 SYNGR4-204ENST00000601610 859 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 LRRC23-209ENST00000443597 1628 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 TUBA3C-201ENST00000400113 1551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 GUCA1A-205ENST00000541991 1921 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 MMP28-201ENST00000605424 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 INTS11-250ENST00000620829 1862 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 ASB16-201ENST00000293414 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 NYAP1-202ENST00000454988 2777 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 RPL3-201ENST00000216146 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 HCK-206ENST00000518730 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 EEF1A2-201ENST00000217182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 CELF6-204ENST00000543764 1676 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 SRSF2-202ENST00000359995 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 AC125437.2-201ENST00000625180 2167 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 SUMF2-201ENST00000275607 1894 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 MIR202HG-201ENST00000300167 384 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 EXOSC4-201ENST00000316052 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 NPFFR2-202ENST00000344413 1234 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 HDAC1-201ENST00000373548 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 CDKN1C-201ENST00000380725 1220 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 IGF2-202ENST00000381392 1005 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 CXorf40A-202ENST00000393985 1148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 AL590627.1-203ENST00000421194 1026 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 GUSBP12-201ENST00000513727 720 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 AP005901.3-202ENST00000581653 237 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 VPS51-217ENST00000639871 243 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 MUTYH-203ENST00000372098 1839 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 MUTYH-204ENST00000372104 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 MUTYH-205ENST00000372110 1809 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 TMEM237-213ENST00000621467 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 NFE2-204ENST00000553070 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 WFDC1-203ENST00000568638 1319 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 TRIP4-201ENST00000261884 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 NSUN5P1-202ENST00000421140 1535 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 NSUN5P2-203ENST00000457352 1529 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 BOLA1-201ENST00000369150 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 HYI-201ENST00000372425 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 RPL8-202ENST00000394920 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 KRT18P13-201ENST00000400056 1290 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 POLR2M-203ENST00000464277 910 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 RPP14-206ENST00000466547 805 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
CCDC87Q9NVE4 AC080013.1-203ENST00000468242 720 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.5 ms