Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 IRX1P1-201ENST00000438849 1838 ntBASIC14.91□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 NRM-203ENST00000376421 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 ARHGAP22-203ENST00000374172 2380 ntTSL 2 BASIC14.91□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 SLC2A10-201ENST00000359271 4389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 CDK16-223ENST00000622098 2968 ntTSL 2 BASIC14.91□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 ETNK2-203ENST00000367202 2434 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 ARRB1-201ENST00000360025 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 POMT1-208ENST00000423007 3320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 SELENOF-201ENST00000331835 1781 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 TCIRG1-201ENST00000265686 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 NBPF11-205ENST00000615281 5494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 STRA6-209ENST00000563965 2565 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 FERMT2-203ENST00000395631 3369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 RTN4-204ENST00000357732 2390 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 AHRR-209ENST00000512529 1912 ntTSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC14.9□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC14.9□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 FAM222A-201ENST00000358906 2731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 NAA30-204ENST00000556492 7644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 ARHGEF4-205ENST00000409359 5489 ntTSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 INTS11-209ENST00000450926 1839 ntTSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 PRKAR2A-206ENST00000454963 1849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 TMEM91-209ENST00000539627 1843 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 RNF112-201ENST00000461366 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 MAEA-201ENST00000264750 2058 ntTSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 BFSP1-201ENST00000377868 2063 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 ADRA1A-205ENST00000380582 2089 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 MIPEP-201ENST00000382172 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC14.9□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC14.9□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC14.9□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 FBXL17-201ENST00000359660 4510 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 WDR45-207ENST00000376372 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 PHGDH-210ENST00000641115 1638 ntBASIC14.9□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 SPAG1-201ENST00000251809 3748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 ZNF22-201ENST00000298299 2551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 EEF1D-205ENST00000442189 2207 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 FFAR2-202ENST00000599180 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 GPR142-201ENST00000335666 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 TNFRSF25-203ENST00000351959 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC14.9□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 LTBP2-205ENST00000556690 5614 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 UNC5D-202ENST00000404895 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
RPUSD4Q96CM3 ADSL-202ENST00000342312 1808 ntTSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 GCH1-204ENST00000491895 2943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 AC008764.6-201ENST00000595909 2069 ntBASIC14.89□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 PTPN18-201ENST00000175756 3669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 AC133785.1-201ENST00000429282 2824 ntTSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 C6orf106-202ENST00000374023 4418 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 DTX2-202ENST00000413936 2472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 USP13-201ENST00000263966 8323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 UTP18-201ENST00000225298 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 SAMD11-210ENST00000616016 2391 ntTSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 GNAL-202ENST00000334049 6535 ntTSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 AC013275.1-201ENST00000413602 2019 ntTSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 RUNX1-201ENST00000300305 6222 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 MXD4-201ENST00000337190 4056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 IFFO1-201ENST00000336604 2686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC14.89□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC14.89□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
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RPUSD4Q96CM3 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 RHOBTB1-201ENST00000337910 4473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 DMRT3-201ENST00000190165 2183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 FARP2-202ENST00000373287 2580 ntTSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 AP3D1-202ENST00000355272 5034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 ISYNA1-206ENST00000578963 1691 ntTSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 PRRT2-212ENST00000636619 2065 ntTSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 MYBL2-202ENST00000396863 2704 ntTSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 C6orf47-202ENST00000375911 2475 ntAPPRIS P1 BASIC14.89□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 ANKRD13D-201ENST00000308440 2219 ntTSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 ETV2-202ENST00000379026 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 SETD7-202ENST00000404104 1590 ntTSL 2 BASIC14.89□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 PTPN6-204ENST00000456013 2389 ntTSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 KCNQ2-218ENST00000629676 2399 ntTSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 LRRC56-201ENST00000270115 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 SNAI3-201ENST00000332281 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 ARFIP2-201ENST00000254584 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 RELL2-201ENST00000297164 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 NFATC4-231ENST00000557451 5613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 ESPNP-201ENST00000270691 2015 ntBASIC14.88□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 SH3RF1-201ENST00000284637 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 AATK-201ENST00000326724 5257 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.88□□□□□ -0.03
RPUSD4Q96CM3 HGFAC-201ENST00000382774 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.88□□□□□ -0.03
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