Protein–RNA interactions for Protein: Q92994

BRF1, Transcription factor IIIB 90 kDa subunit, humanhuman

Predictions only

Length 677 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRF1Q92994 INTS10-201ENST00000397977 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRF1Q92994 EFHC1-206ENST00000635760 2030 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRF1Q92994 ULK2-201ENST00000361658 3908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRF1Q92994 LZTS2-202ENST00000370223 2883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
BRF1Q92994 TMPRSS5-205ENST00000538955 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
BRF1Q92994 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
BRF1Q92994 SLC35B2-207ENST00000619636 2063 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
BRF1Q92994 PHKA1-204ENST00000373545 6173 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
BRF1Q92994 CD2AP-201ENST00000359314 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
BRF1Q92994 WDR90-201ENST00000293879 5488 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
BRF1Q92994 STRN4-202ENST00000391910 3628 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
BRF1Q92994 DLG3-202ENST00000374355 5074 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
BRF1Q92994 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
BRF1Q92994 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
BRF1Q92994 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
BRF1Q92994 CT47A1-201ENST00000433030 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
BRF1Q92994 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
BRF1Q92994 AP005263.1-201ENST00000579126 914 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
BRF1Q92994 ZNF655-202ENST00000320583 1601 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
BRF1Q92994 KIF26A-202ENST00000423312 5649 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 PNPLA2-201ENST00000336615 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 ZNF74-203ENST00000403682 2789 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 KRT13-208ENST00000587544 1456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 AL357033.4-201ENST00000617703 1807 ntBASIC22.08■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 ATRIP-202ENST00000346691 2509 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 APLP2-210ENST00000528499 2530 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 NEUROD2-201ENST00000302584 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 KLHL40-201ENST00000287777 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 CAMK4-210ENST00000512453 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 LYNX1-204ENST00000614491 4708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 BUB3-202ENST00000368859 667 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 AC018755.2-202ENST00000429354 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 AC004890.2-202ENST00000463462 1494 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 VOPP1-201ENST00000285279 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 FAM90A1-201ENST00000307435 2342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 TMEM104-202ENST00000417024 1781 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 AC114490.1-202ENST00000311990 1887 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 SAMD11-216ENST00000620200 1874 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 TEX13A-202ENST00000609007 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 KHDC1-202ENST00000370384 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 PTN-201ENST00000348225 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 RUBCN-206ENST00000449205 1603 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 APBB1-210ENST00000530885 1626 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 P2RY6-201ENST00000349767 1700 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 CHTOP-207ENST00000614256 1840 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 AC008556.1-201ENST00000610908 2040 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 AC126763.1-201ENST00000552015 2118 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 ADAM33-202ENST00000356518 3677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 TIMM17B-201ENST00000376582 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 AC008763.3-201ENST00000597959 777 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.06■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 GPAT2P1-201ENST00000444924 1672 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 KMT2B-201ENST00000420124 8469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 MTERF2-202ENST00000392830 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 CYR61-201ENST00000451137 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 SYTL1-208ENST00000543823 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 EML6-201ENST00000356458 8320 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 SLC2A11-204ENST00000398356 2388 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 OSM-201ENST00000215781 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 ASIC3-202ENST00000349064 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 LURAP1-201ENST00000371980 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 AC116565.2-201ENST00000637674 1854 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 DISP3-202ENST00000304391 1495 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 ADAMTS8-201ENST00000257359 4010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 CA15P1-201ENST00000481698 905 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 FITM1-202ENST00000559294 800 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 CNIH3-201ENST00000272133 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 TP53BP2-202ENST00000391878 4741 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 MICU3-201ENST00000318063 3992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 SLC35A2-217ENST00000635589 1424 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 SETMAR-206ENST00000430981 1671 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 AC138028.1-201ENST00000333666 2137 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 C16orf58-202ENST00000430477 2471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 CCNJ-202ENST00000403870 2830 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 NECTIN3-206ENST00000485303 3664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 HOXA9-201ENST00000343483 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 KLC1-217ENST00000554280 2426 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 AL023284.2-201ENST00000405850 579 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 AP1AR-202ENST00000309703 2337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 COPS7A-215ENST00000543155 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 TRIM63-201ENST00000374272 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
BRF1Q92994 FLT1-209ENST00000639477 6337 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.9 ms