Protein–RNA interactions for Protein: Q06945

SOX4, Transcription factor SOX-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 474 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX4Q06945 HDAC11-221ENST00000522202 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 TULP1-208ENST00000614066 2084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 TBX21-201ENST00000177694 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 REEP2-202ENST00000378339 2170 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 TINCR-201ENST00000448587 3733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 PXMP4-201ENST00000217398 979 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 MFGE8-203ENST00000542878 1172 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 AC010240.3-201ENST00000607688 395 ntBASIC20.04■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 THNSL2-205ENST00000449349 1616 ntTSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 FAM129C-201ENST00000332386 2222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 TUBA3FP-202ENST00000422086 1974 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 AP3S1-201ENST00000316788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 C7orf49-202ENST00000424142 1738 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 ZDHHC3-205ENST00000424952 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 FBXO24-201ENST00000241071 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 STMN3-201ENST00000370053 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 EDNRA-206ENST00000511804 1569 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 AD000671.2-201ENST00000589807 1925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 SET-201ENST00000322030 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 Z98044.1-201ENST00000632503 1764 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 GATA5-201ENST00000252997 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 KRT8P7-201ENST00000533003 1432 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 MAP3K15-201ENST00000338883 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 STEAP1B-201ENST00000404369 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 PDCD10-201ENST00000392750 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 AIRE-201ENST00000291582 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 TBC1D7-201ENST00000343141 1027 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 CD1E-211ENST00000368166 1271 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 CNP-204ENST00000472031 1019 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 FAM53C-211ENST00000513056 923 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 AC087623.2-201ENST00000528407 534 ntTSL 4 BASIC20.03■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 RAB6A-207ENST00000541588 758 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 NAT14-202ENST00000587400 416 ntTSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 NDUFV2-AS1-203ENST00000608008 779 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 ARAP1-AS2-201ENST00000500163 1824 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 C1QTNF1-209ENST00000581774 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 EEF1AKMT2-201ENST00000368836 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 SAMD11-211ENST00000616125 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 AL512380.2-201ENST00000637901 1780 ntTSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 VSTM2A-203ENST00000404951 2521 ntTSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 TCTA-201ENST00000273590 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 GPR35-201ENST00000319838 2249 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 ERCC2-203ENST00000391944 2334 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 HOPX-201ENST00000317745 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 NDUFA12-201ENST00000327772 635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 MYD88-206ENST00000443433 914 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 KLHL21-204ENST00000467612 1056 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 AC106791.1-202ENST00000508281 1148 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 ANKRD36-207ENST00000639293 1168 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 BST1-201ENST00000265016 1480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 TUBA3C-201ENST00000400113 1551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 ACBD4-207ENST00000586346 1579 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 SLC25A20-201ENST00000319017 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
SOX4Q06945 CHRNA10-201ENST00000250699 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
SOX4Q06945 RNF135-201ENST00000324689 1905 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
SOX4Q06945 C11orf80-214ENST00000532565 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.79
SOX4Q06945 C16orf59-210ENST00000569496 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.79
SOX4Q06945 EDC3-214ENST00000568176 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
SOX4Q06945 AGO3-202ENST00000324350 1726 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.79
SOX4Q06945 MTSS1-203ENST00000431961 1711 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
SOX4Q06945 AL365232.1-201ENST00000423730 1636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.79
SOX4Q06945 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
SOX4Q06945 PPP1R3F-201ENST00000055335 3421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
SOX4Q06945 PCGF6-201ENST00000337211 1950 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
SOX4Q06945 LYPD3-201ENST00000244333 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
SOX4Q06945 CLINT1-207ENST00000523908 2346 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
SOX4Q06945 ANKRD13D-201ENST00000308440 2219 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
SOX4Q06945 COL13A1-205ENST00000398978 3093 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
SOX4Q06945 HLA-F-217ENST00000334668 1283 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
SOX4Q06945 RNF216P1-205ENST00000406089 807 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
SOX4Q06945 HLA-F-220ENST00000434407 884 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
SOX4Q06945 AC027682.5-201ENST00000567122 530 ntTSL 3 BASIC20.01■□□□□ 0.79
SOX4Q06945 ASMTL-201ENST00000381317 2027 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
SOX4Q06945 USP39-202ENST00000409025 1946 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
SOX4Q06945 GCOM1-202ENST00000380569 1846 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
SOX4Q06945 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
SOX4Q06945 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
SOX4Q06945 MEPCE-202ENST00000414441 2261 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
SOX4Q06945 AL360181.3-201ENST00000468317 1605 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
SOX4Q06945 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
SOX4Q06945 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
SOX4Q06945 CD72-201ENST00000259633 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
SOX4Q06945 ACSF3-202ENST00000378345 1541 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
SOX4Q06945 PTGER3-202ENST00000351052 1404 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
SOX4Q06945 P2RX5-203ENST00000547178 1998 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
SOX4Q06945 SHF-201ENST00000290894 2500 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
SOX4Q06945 AP5S1-202ENST00000379567 1791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.5 ms