Protein–RNA interactions for Protein: P31431

SDC4, Syndecan-4, humanhuman

Predictions only

Length 198 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC4P31431 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
SDC4P31431 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
SDC4P31431 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
SDC4P31431 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
SDC4P31431 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
SDC4P31431 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
SDC4P31431 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
SDC4P31431 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
SDC4P31431 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
SDC4P31431 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC26.37■■□□□ 1.81
SDC4P31431 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC26.37■■□□□ 1.81
SDC4P31431 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
SDC4P31431 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
SDC4P31431 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
SDC4P31431 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
SDC4P31431 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
SDC4P31431 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
SDC4P31431 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
SDC4P31431 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
SDC4P31431 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
SDC4P31431 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
SDC4P31431 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
SDC4P31431 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
SDC4P31431 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
SDC4P31431 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
SDC4P31431 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC26.33■■□□□ 1.81
SDC4P31431 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
SDC4P31431 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.8
SDC4P31431 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
SDC4P31431 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
SDC4P31431 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
SDC4P31431 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
SDC4P31431 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
SDC4P31431 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
SDC4P31431 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC26.31■■□□□ 1.8
SDC4P31431 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
SDC4P31431 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC26.31■■□□□ 1.8
SDC4P31431 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
SDC4P31431 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
SDC4P31431 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
SDC4P31431 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC26.3■■□□□ 1.8
SDC4P31431 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
SDC4P31431 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
SDC4P31431 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
SDC4P31431 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
SDC4P31431 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC26.29■■□□□ 1.8
SDC4P31431 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
SDC4P31431 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
SDC4P31431 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SDC4P31431 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SDC4P31431 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
SDC4P31431 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
SDC4P31431 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC26.27■■□□□ 1.8
SDC4P31431 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC26.27■■□□□ 1.8
SDC4P31431 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
SDC4P31431 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
SDC4P31431 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC26.26■■□□□ 1.79
SDC4P31431 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SDC4P31431 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SDC4P31431 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SDC4P31431 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
SDC4P31431 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SDC4P31431 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
SDC4P31431 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
SDC4P31431 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
SDC4P31431 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
SDC4P31431 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
SDC4P31431 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
SDC4P31431 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
SDC4P31431 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
SDC4P31431 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
SDC4P31431 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
SDC4P31431 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
SDC4P31431 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
SDC4P31431 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC26.21■■□□□ 1.79
SDC4P31431 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
SDC4P31431 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
SDC4P31431 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC26.2■■□□□ 1.79
SDC4P31431 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
SDC4P31431 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
SDC4P31431 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC26.2■■□□□ 1.78
SDC4P31431 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
SDC4P31431 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
SDC4P31431 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
SDC4P31431 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
SDC4P31431 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
SDC4P31431 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
SDC4P31431 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
SDC4P31431 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
SDC4P31431 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
SDC4P31431 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
SDC4P31431 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
SDC4P31431 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
SDC4P31431 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
SDC4P31431 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
SDC4P31431 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
SDC4P31431 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
SDC4P31431 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
SDC4P31431 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
SDC4P31431 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.2 ms