Protein–RNA interactions for Protein: O60902

SHOX2, Short stature homeobox protein 2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 331 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHOX2O60902 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
SHOX2O60902 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SHOX2O60902 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SHOX2O60902 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SHOX2O60902 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SHOX2O60902 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SHOX2O60902 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SHOX2O60902 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SHOX2O60902 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SHOX2O60902 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SHOX2O60902 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SHOX2O60902 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SHOX2O60902 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SHOX2O60902 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SHOX2O60902 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SHOX2O60902 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SHOX2O60902 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
SHOX2O60902 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SHOX2O60902 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SHOX2O60902 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SHOX2O60902 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SHOX2O60902 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SHOX2O60902 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SHOX2O60902 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SHOX2O60902 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SHOX2O60902 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SHOX2O60902 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SHOX2O60902 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SHOX2O60902 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
SHOX2O60902 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SHOX2O60902 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SHOX2O60902 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SHOX2O60902 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SHOX2O60902 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SHOX2O60902 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC25.33■■□□□ 1.64
SHOX2O60902 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.64
SHOX2O60902 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SHOX2O60902 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SHOX2O60902 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SHOX2O60902 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SHOX2O60902 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SHOX2O60902 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SHOX2O60902 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SHOX2O60902 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SHOX2O60902 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SHOX2O60902 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SHOX2O60902 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SHOX2O60902 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SHOX2O60902 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SHOX2O60902 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SHOX2O60902 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SHOX2O60902 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SHOX2O60902 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SHOX2O60902 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SHOX2O60902 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SHOX2O60902 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SHOX2O60902 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SHOX2O60902 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SHOX2O60902 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SHOX2O60902 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
SHOX2O60902 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SHOX2O60902 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SHOX2O60902 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SHOX2O60902 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
SHOX2O60902 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
SHOX2O60902 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SHOX2O60902 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SHOX2O60902 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SHOX2O60902 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SHOX2O60902 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SHOX2O60902 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SHOX2O60902 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SHOX2O60902 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SHOX2O60902 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SHOX2O60902 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
SHOX2O60902 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SHOX2O60902 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
SHOX2O60902 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SHOX2O60902 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SHOX2O60902 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SHOX2O60902 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SHOX2O60902 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SHOX2O60902 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SHOX2O60902 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SHOX2O60902 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SHOX2O60902 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
SHOX2O60902 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SHOX2O60902 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SHOX2O60902 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
SHOX2O60902 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SHOX2O60902 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SHOX2O60902 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SHOX2O60902 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SHOX2O60902 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SHOX2O60902 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SHOX2O60902 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SHOX2O60902 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SHOX2O60902 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SHOX2O60902 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SHOX2O60902 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.8 ms