RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000428064.5

LIMS1-208, Transcript of LIM zinc finger domain containing 1, humanhuman

TSL 2

Gene LIMS1, Length 637 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1-208ENST00000428064 TRIM55Q9BYV6 548 aa20.34■□□□□ 0.85
LIMS1-208ENST00000428064 FRMD8P1Q9BZ68 369 aaPredicted RBP20.34■□□□□ 0.85
LIMS1-208ENST00000428064 CHRNA10Q9GZZ6 450 aa20.34■□□□□ 0.85
LIMS1-208ENST00000428064 PCMTD2Q9NV79 361 aa20.34■□□□□ 0.85
LIMS1-208ENST00000428064 RIMKLBQ9ULI2 386 aa20.34■□□□□ 0.85
LIMS1-208ENST00000428064 PTPN13Q12923 2485 aa20.34■□□□□ 0.85
LIMS1-208ENST00000428064 TMEM150CB9EJG8 249 aa20.33■□□□□ 0.85
LIMS1-208ENST00000428064 DNAJB5O75953 348 aa20.33■□□□□ 0.85
LIMS1-208ENST00000428064 FTCDO95954 541 aa20.33■□□□□ 0.85
LIMS1-208ENST00000428064 CYP2A7P20853 494 aa20.33■□□□□ 0.85
LIMS1-208ENST00000428064 STIP1P31948 543 aaKnown RBP20.33■□□□□ 0.85
LIMS1-208ENST00000428064 FOXN2P32314 431 aa20.33■□□□□ 0.85
LIMS1-208ENST00000428064 SHMT2P34897 504 aa20.33■□□□□ 0.85
LIMS1-208ENST00000428064 PLOD1Q02809 727 aaPredicted RBP20.33■□□□□ 0.85
LIMS1-208ENST00000428064 CDH17Q12864 832 aa20.33■□□□□ 0.85
LIMS1-208ENST00000428064 SPESP1Q6UW49 350 aa20.33■□□□□ 0.85
LIMS1-208ENST00000428064 PHC3Q8NDX5 983 aa20.33■□□□□ 0.85
LIMS1-208ENST00000428064 UBE2Q2Q8WVN8 375 aa20.33■□□□□ 0.85
LIMS1-208ENST00000428064 CLIP3Q96DZ5 547 aa20.33■□□□□ 0.85
LIMS1-208ENST00000428064 ACTR5Q9H9F9 607 aaPredicted RBP20.33■□□□□ 0.85
LIMS1-208ENST00000428064 ACTR10Q9NZ32 417 aa20.33■□□□□ 0.85
LIMS1-208ENST00000428064 SMARCAL1Q9NZC9 954 aa20.33■□□□□ 0.85
LIMS1-208ENST00000428064 POLG2Q9UHN1 485 aa20.33■□□□□ 0.85
LIMS1-208ENST00000428064 SERTAD3Q9UJW9 196 aa20.33■□□□□ 0.85
LIMS1-208ENST00000428064 TCFL5Q9UL49 500 aa20.33■□□□□ 0.85
LIMS1-208ENST00000428064 ICKQ9UPZ9 632 aa20.33■□□□□ 0.85
LIMS1-208ENST00000428064 TCRBV7S2A1N4TA0A589 114 aa20.32■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 SUN1O94901 812 aa20.32■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 PDGFAP04085 211 aa20.32■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 CAPN1P07384 714 aa20.32■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 HBQ1P09105 142 aa20.32■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 ACADLP28330 430 aa20.32■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 ITGA1P56199 1179 aa20.32■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 UBAP2LQ14157 1087 aaKnown RBP20.32■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 OASLQ15646 514 aaKnown RBP20.32■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 PRAMEF17Q5VTA0 474 aa20.32■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 LYPLAL1Q5VWZ2 237 aa20.32■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 FAM198BQ6UWH4 519 aa20.32■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 MICALCLQ6ZW33 695 aa20.32■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 SYTL1Q8IYJ3 562 aa20.32■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 TBC1D21Q8IYX1 336 aa20.32■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 ENDOVQ8N8Q3 282 aaKnown RBP20.32■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 TBRG4Q969Z0 631 aaKnown RBP eCLIP20.32■□□□□ 0.842e-7■■■■■ 53.8
LIMS1-208ENST00000428064 ING2Q9H160 280 aa20.32■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 ACSS2Q9NR19 701 aa20.32■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 SNX7Q9UNH6 387 aa20.32■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 PCDHGB7Q9Y5F8 929 aa20.32■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 PRSS21Q9Y6M0 314 aa20.32■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 SLC5A10A0PJK1 596 aa20.31■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 HEATR9A2RTY3 570 aa20.31■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 E7EQ34 232 aa20.31■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 CEACAM4O75871 244 aa20.31■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 LMAN1P49257 510 aa20.31■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 PGDP52209 483 aa20.31■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 ACVR1Q04771 509 aa20.31■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 ZNF385CQ66K41 422 aaPredicted RBP20.31■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 CPZQ66K79 652 aa20.31■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 LCN10Q6JVE6 187 aa20.31■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 CDHR3Q6ZTQ4 885 aa20.31■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 RNF10Q8N5U6 811 aaKnown RBP20.31■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 OR5AR1Q8NGP9 310 aa20.31■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 OR13J1Q8NGT2 312 aa20.31■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 OR5K2Q8NHB8 316 aa20.31■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 ELMO1Q92556 727 aa20.31■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 PEX13Q92968 403 aa20.31■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 SGSM3Q96HU1 749 aa20.31■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 RANBP9Q96S59 729 aa20.31■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 DHRS4Q9BTZ2 278 aa20.31■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 SLC25A23Q9BV35 468 aa20.31■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 PIH1D1Q9NWS0 290 aaKnown RBP20.31■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 OR6C2Q9NZP2 312 aa20.31■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 IMPACTQ9P2X3 320 aa20.31■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 CAPN6Q9Y6Q1 641 aa20.31■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 CCDC162PA2VCL2 907 aa20.3■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 ARGFXA6NJG6 315 aa20.3■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 F8W8V4 182 aa20.3■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 H3BMH7 237 aa20.3■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 GAS8O95995 478 aa20.3■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 OR56A5P0C7T3 313 aa20.3■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 FDFT1P37268 417 aa20.3■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 SRSF1Q07955 248 aaKnown RBP eCLIP20.3■□□□□ 0.842e-9■■■■□ 21.2
LIMS1-208ENST00000428064 PRKG2Q13237 762 aa20.3■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 NCF4Q15080 339 aa20.3■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 AFTPHQ6ULP2 937 aa20.3■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 ATCAYQ86WG3 371 aa20.3■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 C19orf47Q8N9M1 422 aaKnown RBP20.3■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 DNAAF3Q8N9W5 541 aa20.3■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 OR52K1Q8NGK4 314 aa20.3■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 TCTN2Q96GX1 697 aa20.3■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 TTC1Q99614 292 aa20.3■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 NRTNQ99748 197 aa20.3■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 C17orf62Q9BQA9 187 aa20.3■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 XKR8Q9H6D3 395 aa20.3■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 ANKMY1Q9P2S6 941 aa20.3■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 PLAAQ9Y263 795 aa20.3■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 ASF1AQ9Y294 204 aa20.3■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 A0A0U1RQJ8 604 aa20.29■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 OR51F1A6NGY5 319 aa20.29■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 CYSRT1A8MQ03 144 aa20.29■□□□□ 0.84
LIMS1-208ENST00000428064 LIASO43766 372 aa20.29■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 28.1 ms