RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000333496.14

CLN3-201, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5 BASIC

Gene CLN3, Length 1,608 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-201ENST00000333496 STAMBPL1Q96FJ0 436 aa15.38■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 PPM1MQ96MI6 270 aa15.38■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 PWWP2AQ96N64 755 aa15.38■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 TSSK1BQ9BXA7 367 aa15.38■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 PRORYQ9H606 182 aa15.38■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 GNPTGQ9UJJ9 305 aa15.38■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 ASF1AQ9Y294 204 aa15.38■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 CRYL1Q9Y2S2 319 aa15.38■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 ATMQ13315 3056 aa15.38■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 PCM1Q15154 2024 aa15.37■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 IQCJ-SCHIP1C9J366 451 aaPredicted RBP15.37■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 BTN3A3O00478 584 aa15.37■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 SLCO2B1O94956 709 aa15.37■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 S1PR4O95977 384 aa15.37■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 LIPCP11150 499 aa15.37■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 H2AFXP16104 143 aaPredicted RBP15.37■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 POLR2CP19387 275 aaPredicted RBP15.37■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 FMO4P31512 558 aa15.37■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 KPNA2P52292 529 aaKnown RBP15.37■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 ADARP55265 1226 aaKnown RBP15.37■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 RAB15P59190 212 aa15.37■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 MRPS25P82663 173 aaKnown RBP15.37■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 SRSF6Q13247 344 aaKnown RBP15.37■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 CTBP1Q13363 440 aa15.37■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 MORF4L2Q15014 288 aa15.37■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 WHAMMP3Q1A5X7 153 aa15.37■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 DCAF12Q5T6F0 453 aa15.37■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 HIBCHQ6NVY1 386 aaPredicted RBP15.37■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 FBXO38Q6PIJ6 1188 aa15.37■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 IGDCC3Q8IVU1 814 aa15.37■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 DENND6AQ8IWF6 608 aa15.37■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 TBC1D21Q8IYX1 336 aa15.37■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 SPATA4Q8NEY3 305 aa15.37■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 OR5K2Q8NHB8 316 aa15.37■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 UBXN4Q92575 508 aa15.37■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 PANX3Q96QZ0 392 aa15.37■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 SPRY4Q9C004 299 aa15.37■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 SRMSQ9H3Y6 488 aa15.37■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 XKR8Q9H6D3 395 aa15.37■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 ICKQ9UPZ9 632 aa15.37■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 FAM169AQ9Y6X4 670 aa15.37■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 CHD6Q8TD26 2715 aa15.36■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 TLCD2A6NGC4 264 aa15.36■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 BTN3A1O00481 513 aa15.36■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 NIPSNAP2O75323 286 aa15.36■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 SEC31AO94979 1220 aaKnown RBP15.36■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 APOA4P06727 396 aa15.36■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 NELFEP18615 380 aaKnown RBP15.36■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 CD82P27701 267 aa15.36■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 ITGA8P53708 1063 aa15.36■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 CBX1P83916 185 aa15.36■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 LONRF1Q17RB8 773 aa15.36■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 RNF187Q5TA31 235 aaPredicted RBP15.36■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 ZNF470Q6ECI4 717 aa15.36■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 SLC41A2Q96JW4 573 aa15.36■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 CD180Q99467 661 aa15.36■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 ASPSCR1Q9BZE9 553 aa15.36■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 TRIM31Q9BZY9 425 aa15.36■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 TRIT1Q9H3H1 467 aaKnown RBP15.36■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 PLAC1Q9HBJ0 212 aa15.36■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 CPNE5Q9HCH3 593 aa15.36■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 GALPQ9UBC7 116 aa15.36■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 NOL12Q9UGY1 213 aaKnown RBP eCLIP15.36■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 V9GYY5 206 aaPredicted RBP15.36■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 POLR1CO15160 346 aaPredicted RBP15.35■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 EFSO43281 561 aa15.35■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 ESR1P03372 595 aa15.35■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 PGAM1P18669 254 aa15.35■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 SLC1A2P43004 574 aa15.35■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 RPL21P46778 160 aaKnown RBP15.35■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 CRYMQ14894 314 aa15.35■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 CEACAM20Q6UY09 585 aa15.35■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 AMIGO1Q86WK6 493 aa15.35■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 ADGRF3Q8IZF5 1079 aa15.35■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 SERBP1Q8NC51 408 aaKnown RBP eCLIP15.35■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 SNF8Q96H20 258 aa15.35■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 OR6C1Q96RD1 312 aa15.35■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 EBNA1BP2Q99848 306 aaKnown RBP15.35■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 WDR83Q9BRX9 315 aaKnown RBP15.35■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 C20orf96Q9NUD7 363 aaPredicted RBP15.35■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 INTS10Q9NVR2 710 aaKnown RBP15.35■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 POMT2Q9UKY4 750 aa15.35■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 STMND1H3BQB6 276 aa15.35■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 PRDX3P30048 256 aaKnown RBP15.35■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 FOXM1Q08050 763 aa15.35■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 C2orf54Q08AI8 447 aa15.35■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 ABRQ12979 859 aa15.35■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 THOC5Q13769 683 aaKnown RBP15.35■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 GBX1Q14549 363 aa15.35■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 KCNAB1Q14722 419 aa15.35■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 ERCC6LQ2NKX8 1250 aa15.35■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 BBS9Q3SYG4 887 aa15.35■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 HSP90AA5PQ58FG0 334 aa15.35■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 DNAJC21Q5F1R6 531 aaKnown RBP15.35■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 ARMC6Q6NXE6 501 aa15.35■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 UNC5AQ6ZN44 842 aa15.35■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 OTOAQ7RTW8 1153 aa15.35■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 NKD1Q969G9 470 aa15.35■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 FAM136AQ96C01 138 aa15.35■□□□□ 0.05
CLN3-201ENST00000333496 TEFMQ96QE5 360 aaKnown RBP15.35■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 67.2 ms