RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	ESPL1	Q14674	2120 aa		8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	RP1L1	Q8IWN7	2480 aa	Predicted RBP	8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520		A0A0J9YYE9	177 aa		8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	C1orf232	A0A0U1RR37	186 aa		8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	MAGEB16	A2A368	324 aa		8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520		B4DGG1	531 aa		8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	TOR1B	O14657	336 aa		8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	FANCG	O15287	622 aa		8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	FZD6	O60353	706 aa		8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	HEXIM1	O94992	359 aa	Known RBP	8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	TRBC1	P01850	177 aa		8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	PRKCG	P05129	697 aa		8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	CCL4	P13236	92 aa		8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	GLB1	P16278	677 aa		8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	HTR1B	P28222	390 aa		8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	LIG3	P49916	1009 aa		8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	CAV1	Q03135	178 aa		8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	ZFP36L1	Q07352	338 aa	Known RBP	8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	SEMA5A	Q13591	1074 aa		8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	PTK6	Q13882	451 aa		8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	C16orf72	Q14CZ0	275 aa		8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	AMZ1	Q400G9	498 aa		8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	MAP9	Q49MG5	647 aa		8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	TMEM52B	Q4KMG9	183 aa		8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	SIRPB2	Q5JXA9	342 aa		8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	KDELC1	Q6UW63	502 aa		8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	RANBP10	Q6VN20	620 aa		8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	ZNF572	Q7Z3I7	529 aa	Predicted RBP	8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	SPRED1	Q7Z699	444 aa		8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	DTX1	Q86Y01	620 aa		8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	MMGT1	Q8N4V1	131 aa		8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	PLA2G15	Q8NCC3	412 aa		8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	RCBTB1	Q8NDN9	531 aa		8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	OR6C4	Q8NGE1	309 aa		8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	CCL4L1	Q8NHW4	92 aa		8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	BLOC1S5	Q8TDH9	187 aa		8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	OR1E3	Q8WZA6	343 aa		8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	SNF8	Q96H20	258 aa		8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	OXNAD1	Q96HP4	312 aa	Predicted RBP	8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	WDR92	Q96MX6	357 aa		8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	CMKLR1	Q99788	373 aa		8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	APOL2	Q9BQE5	337 aa		8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	ERP44	Q9BS26	406 aa		8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	FRMD8	Q9BZ67	464 aa	Predicted RBP	8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	EPN3	Q9H201	632 aa		8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	DPEP2	Q9H4A9	486 aa		8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	SUDS3	Q9H7L9	328 aa	Predicted RBP	8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	ZFYVE1	Q9HBF4	777 aa		8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	GEMIN8	Q9NWZ8	242 aa	Known RBP	8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	IGF2BP1	Q9NZI8	577 aa	Known RBP eCLIP	8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	PKD2L2	Q9NZM6	624 aa		8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	SAMD15	Q9P1V8	674 aa		8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	LRIT1	Q9P2V4	623 aa		8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	PPIL1	Q9Y3C6	166 aa		8.63	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	MDC1	Q14676	2089 aa	Known RBP	8.62	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	TSPAN11	A1L157	253 aa		8.62	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	RGSL1	A5PLK6	1076 aa		8.62	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	TMEM202	A6NGA9	273 aa		8.62	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	PSMD11	O00231	422 aa		8.62	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	DNALI1	O14645	258 aa	Predicted RBP	8.62	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	STX7	O15400	261 aa	Known RBP	8.62	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	RAD51C	O43502	376 aa		8.62	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	CLDN7	O95471	211 aa		8.62	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	PRL	P01236	227 aa		8.62	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	PDGFA	P04085	211 aa		8.62	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	TPH1	P17752	444 aa		8.62	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	TPSB2	P20231	275 aa		8.62	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	OR1D5	P58170	312 aa		8.62	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	SEPT6	Q14141	434 aa		8.62	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	TPSAB1	Q15661	275 aa		8.62	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	C14orf28	Q4W4Y0	310 aa		8.62	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	CERCAM	Q5T4B2	595 aa		8.62	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	IZUMO3	Q5VZ72	239 aa		8.62	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	ZDHHC20	Q5W0Z9	365 aa		8.62	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	CASC4	Q6P4E1	433 aa		8.62	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	BORA	Q6PGQ7	559 aa		8.62	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	DPPA4	Q7L190	304 aa		8.62	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	NLRP9	Q7RTR0	991 aa		8.62	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	GLT6D1	Q7Z4J2	308 aa		8.62	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	ZNF438	Q7Z4V0	828 aa		8.62	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	SLITRK4	Q8IW52	837 aa		8.62	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	NRSN1	Q8IZ57	195 aa		8.62	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	IL22RA1	Q8N6P7	574 aa		8.62	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	GLIS1	Q8NBF1	620 aa		8.62	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	OR52K1	Q8NGK4	314 aa		8.62	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	BRSK1	Q8TDC3	778 aa		8.62	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	PMEPA1	Q969W9	287 aa		8.62	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	TADA1	Q96BN2	335 aa		8.62	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	LRRC1	Q9BTT6	524 aa		8.62	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	SLC12A9	Q9BXP2	914 aa		8.62	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	TMEM168	Q9H0V1	697 aa		8.62	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	DPH5	Q9H2P9	285 aa		8.62	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	EIF2B3	Q9NR50	452 aa	Known RBP	8.62	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	FAM114A2	Q9NRY5	505 aa		8.62	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	B4GALT6	Q9UBX8	382 aa		8.62	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	APPL1	Q9UKG1	709 aa		8.62	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	SHOC2	Q9UQ13	582 aa		8.62	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	SNX24	Q9Y343	169 aa		8.62	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	USP9X	Q93008	2570 aa	Predicted RBP	8.62	□□□□□ -1.03
USP4-213	ENST00000488520	SHANK1	Q9Y566	2161 aa		8.61	□□□□□ -1.03

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