RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000557005.1

SYNE2-223, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 2, human

TSL 2

Gene SYNE2, Length 5,804 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE2-223	ENST00000557005	ZNF224	Q9NZL3	707 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	TRPC4	Q9UBN4	977 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	CD84	Q9UIB8	345 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	SSR3	Q9UNL2	185 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	DERA	Q9Y315	318 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	COL18A1	P39060	1754 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	COL4A1	P02462	1669 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	SH3PXD2B	A1X283	911 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	LRRC14B	A6NHZ5	514 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	ENPP3	O14638	875 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	MATN3	O15232	486 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	SLC22A1	O15245	554 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	SUV39H1	O43463	412 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	IL1B	P01584	269 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	EDN1	P05305	212 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	TGFB3	P10600	412 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	PSKH1	P11801	424 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	ZNF7	P17097	686 aa	Predicted RBP	4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	AXL	P30530	894 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	CDH5	P33151	784 aa	Predicted RBP	4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	CPOX	P36551	454 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	HSPA7	P48741	367 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	PSEN2	P49810	448 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	AGTR2	P50052	363 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	ALDH3A2	P51648	485 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	DGKQ	P52824	942 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	TAS2R39	P59534	338 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	LCP2	Q13094	533 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	GRM2	Q14416	872 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	C18orf21	Q32NC0	220 aa	Predicted RBP	4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	HSDL1	Q3SXM5	330 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	AKIRIN2	Q53H80	203 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	TPRG1L	Q5T0D9	272 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	DDX59	Q5T1V6	619 aa	Known RBP eCLIP	4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	MFSD14C	Q5VZR4	134 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	PDE12	Q6L8Q7	609 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	DCLRE1A	Q6PJP8	1040 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	TP53INP2	Q8IXH6	220 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	SMG8	Q8ND04	991 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	MAPK15	Q8TD08	544 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	PIK3R3	Q92569	461 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	TBATA	Q96M53	351 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	IGSF5	Q9NSI5	407 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	PIGV	Q9NUD9	493 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	MKS1	Q9NXB0	559 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	NUDT4	Q9NZJ9	180 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	GMIP	Q9P107	970 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	RAPGEFL1	Q9UHV5	662 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	CDC14A	Q9UNH5	594 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	MAP4K5	Q9Y4K4	846 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	TNPO3	Q9Y5L0	923 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	TNRC6C	Q9HCJ0	1690 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	ADAMTS7	Q9UKP4	1686 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	C11orf97	A0A1B0GVM6	126 aa	Predicted RBP	4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	KLRG2	A4D1S0	409 aa	Predicted RBP	4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	SOWAHB	A6NEL2	793 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	BHMG1	C9JSJ3	638 aa	Predicted RBP	4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	DIRAS1	O95057	198 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	MMP3	P08254	477 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	GNAO1	P09471	354 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	OXTR	P30559	389 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	CD97	P48960	835 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	CCT3	P49368	545 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	CLCNKB	P51801	687 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	IST1	P53990	364 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	TMBIM6	P55061	237 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	CDKN2D	P55273	166 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	ILF2	Q12905	390 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	ABR	Q12979	859 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	PLD1	Q13393	1074 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	RFTN1	Q14699	578 aa	Predicted RBP	4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	PTPRCAP	Q14761	206 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	TST	Q16762	297 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	POM121L1P	Q3SYA9	428 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	ATAD3B	Q5T9A4	648 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	KANK2	Q63ZY3	851 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	SDE2	Q6IQ49	451 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	DOK6	Q6PKX4	331 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	CYP20A1	Q6UW02	462 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	ANKRD13B	Q86YJ7	626 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	ZDHHC21	Q8IVQ6	265 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	PHACTR4	Q8IZ21	702 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	TMEM86A	Q8N2M4	240 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	OR13C4	Q8NGS5	318 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	MRI	Q9BWK5	157 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	MINDY3	Q9H8M7	445 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	CCNB1IP1	Q9NPC3	277 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	UCKL1	Q9NWZ5	548 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	PSME2	Q9UL46	239 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	ZFP37	Q9Y6Q3	630 aa	Predicted RBP	4.93	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	SAGE2P	A6NJ88	616 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	PDHX	O00330	501 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	SDHD	O14521	159 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	PRRG1	O14668	218 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	TPST2	O60704	377 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	TBL1X	O60907	577 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	PIGR	P01833	764 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	OR56A5	P0C7T3	313 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	WARS	P23381	471 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
SYNE2-223	ENST00000557005	PTGS2	P35354	604 aa		4.92	□□□□□ -1.62

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