RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000557654.5

GPHN-215, Transcript of gephyrin, human

TSL 4

Gene GPHN, Length 503 nt, Biotype nonsense mediated decay.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
GPHN-215	ENST00000557654	AGXT2	Q9BYV1	514 aa		4.93	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	CSTL1	Q9H114	145 aa		4.93	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	PPP1R3E	Q9H7J1	279 aa		4.93	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	SDF2L1	Q9HCN8	221 aa		4.93	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	TCF7L2	Q9NQB0	619 aa		4.93	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	GJD2	Q9UKL4	321 aa		4.93	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	VDAC3	Q9Y277	283 aa		4.93	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	PDS5A	Q29RF7	1337 aa	Known RBP	4.93	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	KDM5B	Q9UGL1	1544 aa		4.92	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	UACA	Q9BZF9	1416 aa		4.92	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	TAF4	O00268	1085 aa		4.92	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	KRT36	O76013	467 aa		4.92	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	AGR2	O95994	175 aa		4.92	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	UMOD	P07911	640 aa		4.92	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	XBP1	P17861	261 aa		4.92	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	MAOA	P21397	527 aa		4.92	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	DGKA	P23743	735 aa		4.92	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	HARS2	P49590	506 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	FUT6	P51993	359 aa		4.92	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	ZNF132	P52740	706 aa		4.92	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	POU3F1	Q03052	451 aa	Predicted RBP	4.92	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	REL	Q04864	619 aa	Predicted RBP	4.92	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	FGFBP1	Q14512	234 aa		4.92	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	KRTAP24-1	Q3LI83	254 aa		4.92	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	RGMB	Q6NW40	437 aa		4.92	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	C9orf139	Q6ZV77	190 aa		4.92	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	SMIM29	Q86T20	159 aa		4.92	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	SFR1	Q86XK3	245 aa		4.92	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	CNTROB	Q8N137	903 aa		4.92	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	CD101	Q93033	1021 aa		4.92	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	PCYT2	Q99447	389 aa		4.92	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	EVA1A	Q9H8M9	152 aa		4.92	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	UBTD1	Q9HAC8	227 aa		4.92	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	EBF2	Q9HAK2	575 aa		4.92	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	MMP25	Q9NPA2	562 aa		4.92	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	HINT3	Q9NQE9	182 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	SLC6A13	Q9NSD5	602 aa		4.92	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	MKLN1	Q9UL63	735 aa		4.92	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	TONSL	Q96HA7	1378 aa		4.91	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	SMG6	Q86US8	1419 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	CNTLN	Q9NXG0	1405 aa		4.91	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654		A6NLC8	198 aa		4.91	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	BMPR1B	O00238	502 aa		4.91	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	FTCD	O95954	541 aa		4.91	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	HLA-DOB	P13765	273 aa		4.91	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	AMD1	P17707	334 aa		4.91	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	ANP32A	P39687	249 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	CTCF	P49711	727 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	METAP2	P50579	478 aa	Known RBP eCLIP	4.91	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	ECT2L	Q008S8	904 aa		4.91	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	MEX3B	Q6ZN04	569 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	CCDC13	Q8IYE1	715 aa		4.91	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	EXOC8	Q8IYI6	725 aa		4.91	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	ZNF34	Q8IZ26	560 aa		4.91	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	SPATA3	Q8NHX4	192 aa		4.91	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	NFKBID	Q8NI38	313 aa		4.91	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	BBS10	Q8TAM1	723 aa		4.91	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	HMGCLL1	Q8TB92	370 aa		4.91	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	SLC20A1	Q8WUM9	679 aa		4.91	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	ZUFSP	Q96AP4	578 aa		4.91	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	CMKLR1	Q99788	373 aa		4.91	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	MDFIC	Q9P1T7	246 aa		4.91	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	PDP2	Q9P2J9	529 aa		4.91	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	ZNF711	Q9Y462	761 aa		4.91	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	CEPT1	Q9Y6K0	416 aa		4.91	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	CAPN7	Q9Y6W3	813 aa		4.91	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	4.91	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		4.91	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	HFM1	A2PYH4	1435 aa		4.9	□□□□□ -1.62
GPHN-215	ENST00000557654	CCDC196	A0A1B0GTZ2	297 aa		4.9	□□□□□ -1.63
GPHN-215	ENST00000557654	TIPRL	O75663	272 aa		4.9	□□□□□ -1.63
GPHN-215	ENST00000557654	EPHA8	P29322	1005 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
GPHN-215	ENST00000557654	HNRNPH2	P55795	449 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
GPHN-215	ENST00000557654	SEC61B	P60468	96 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
GPHN-215	ENST00000557654	ACSM2A	Q08AH3	577 aa		4.9	□□□□□ -1.63
GPHN-215	ENST00000557654	SLC9B2	Q86UD5	537 aa		4.9	□□□□□ -1.63
GPHN-215	ENST00000557654	EXOC3L1	Q86VI1	746 aa		4.9	□□□□□ -1.63
GPHN-215	ENST00000557654	SLC41A2	Q96JW4	573 aa		4.9	□□□□□ -1.63
GPHN-215	ENST00000557654	TTC14	Q96N46	770 aa		4.9	□□□□□ -1.63
GPHN-215	ENST00000557654	NR1H4	Q96RI1	486 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
GPHN-215	ENST00000557654	FAM110A	Q9BQ89	295 aa		4.9	□□□□□ -1.63
GPHN-215	ENST00000557654	VPS33B	Q9H267	617 aa		4.9	□□□□□ -1.63
GPHN-215	ENST00000557654	KIF9	Q9HAQ2	790 aa		4.9	□□□□□ -1.63
GPHN-215	ENST00000557654	SLC13A4	Q9UKG4	626 aa		4.9	□□□□□ -1.63
GPHN-215	ENST00000557654	INTS6	Q9UL03	887 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
GPHN-215	ENST00000557654	ERVK-11	Q9UQG0	969 aa		4.9	□□□□□ -1.63
GPHN-215	ENST00000557654	CGNL1	Q0VF96	1302 aa		4.9	□□□□□ -1.63
GPHN-215	ENST00000557654	CUX1	P39880	1505 aa		4.89	□□□□□ -1.63
GPHN-215	ENST00000557654	USP17L23	D6RBM5	183 aa		4.89	□□□□□ -1.63
GPHN-215	ENST00000557654	VCY	O14598	125 aa		4.89	□□□□□ -1.63
GPHN-215	ENST00000557654	LMX1B	O60663	402 aa		4.89	□□□□□ -1.63
GPHN-215	ENST00000557654	ATP1A3	P13637	1013 aa		4.89	□□□□□ -1.63
GPHN-215	ENST00000557654	IL7R	P16871	459 aa		4.89	□□□□□ -1.63
GPHN-215	ENST00000557654	ITGA2	P17301	1181 aa		4.89	□□□□□ -1.63
GPHN-215	ENST00000557654	BDKRB2	P30411	391 aa		4.89	□□□□□ -1.63
GPHN-215	ENST00000557654	CDA	P32320	146 aa		4.89	□□□□□ -1.63
GPHN-215	ENST00000557654	ICAM3	P32942	547 aa		4.89	□□□□□ -1.63
GPHN-215	ENST00000557654	CPOX	P36551	454 aa		4.89	□□□□□ -1.63
GPHN-215	ENST00000557654	TMPO	P42166	694 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
GPHN-215	ENST00000557654	GABRB2	P47870	512 aa		4.89	□□□□□ -1.63

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