RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558285.5

USP3-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 3, human

TSL 1 (best) BASIC

Gene USP3, Length 1,742 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP3-208	ENST00000558285	USP31	Q70CQ4	1352 aa		11.97	□□□□□ -0.49
USP3-208	ENST00000558285	SPATA31A5	Q5VU36	1347 aa		11.97	□□□□□ -0.49
USP3-208	ENST00000558285	SPATA31A7	Q8IWB4	1347 aa		11.97	□□□□□ -0.49
USP3-208	ENST00000558285	AKAP12	Q02952	1782 aa		11.97	□□□□□ -0.49
USP3-208	ENST00000558285	CSB-PGBD3	P0DP91	1061 aa		11.97	□□□□□ -0.49
USP3-208	ENST00000558285	CHRNA2	Q15822	529 aa		11.97	□□□□□ -0.49
USP3-208	ENST00000558285	CDCA7	Q9BWT1	371 aa	Predicted RBP	11.97	□□□□□ -0.49
USP3-208	ENST00000558285	NRK	Q7Z2Y5	1582 aa		11.96	□□□□□ -0.49
USP3-208	ENST00000558285		A0A1W2PP64	1363 aa		11.96	□□□□□ -0.49
USP3-208	ENST00000558285	ONECUT3	O60422	494 aa	Predicted RBP	11.96	□□□□□ -0.49
USP3-208	ENST00000558285	KRT27	Q7Z3Y8	459 aa		11.96	□□□□□ -0.49
USP3-208	ENST00000558285	SLIT3	O75094	1523 aa		11.96	□□□□□ -0.5
USP3-208	ENST00000558285	TCP11L2	Q8N4U5	519 aa		11.95	□□□□□ -0.5
USP3-208	ENST00000558285	ABCC6	O95255	1503 aa		11.95	□□□□□ -0.5
USP3-208	ENST00000558285	MON2	Q7Z3U7	1717 aa		11.95	□□□□□ -0.5
USP3-208	ENST00000558285	CRYBG1	Q9Y4K1	1723 aa		11.95	□□□□□ -0.5
USP3-208	ENST00000558285	FAM98C	Q17RN3	349 aa	Known RBP	11.94	□□□□□ -0.5
USP3-208	ENST00000558285	BARGIN	Q6ZT62	677 aa		11.94	□□□□□ -0.5
USP3-208	ENST00000558285	TOM1L2	Q6ZVM7	507 aa		11.94	□□□□□ -0.5
USP3-208	ENST00000558285	UPF1	Q92900	1129 aa	Known RBP eCLIP	11.94	□□□□□ -0.5
USP3-208	ENST00000558285	SPATA31A1	Q5TZJ5	1347 aa		11.94	□□□□□ -0.5
USP3-208	ENST00000558285	SOX12	O15370	315 aa		11.94	□□□□□ -0.5
USP3-208	ENST00000558285	PDE3B	Q13370	1112 aa		11.94	□□□□□ -0.5
USP3-208	ENST00000558285	POLR3GL	Q9BT43	218 aa		11.94	□□□□□ -0.5
USP3-208	ENST00000558285	CRB1	P82279	1406 aa		11.93	□□□□□ -0.5
USP3-208	ENST00000558285	ARHGEF25	Q86VW2	580 aa		11.93	□□□□□ -0.5
USP3-208	ENST00000558285	NME9	Q86XW9	330 aa		11.93	□□□□□ -0.5
USP3-208	ENST00000558285	PIK3C2A	O00443	1686 aa		11.93	□□□□□ -0.5
USP3-208	ENST00000558285	USP35	Q9P2H5	1018 aa		11.92	□□□□□ -0.5
USP3-208	ENST00000558285	NRAP	Q86VF7	1730 aa		11.92	□□□□□ -0.5
USP3-208	ENST00000558285	CGNL1	Q0VF96	1302 aa		11.92	□□□□□ -0.5
USP3-208	ENST00000558285	GLI3	P10071	1580 aa		11.92	□□□□□ -0.5
USP3-208	ENST00000558285	WDR17	Q8IZU2	1322 aa		11.91	□□□□□ -0.5
USP3-208	ENST00000558285	CCDC7	Q96M83	1385 aa		11.91	□□□□□ -0.5
USP3-208	ENST00000558285	COL5A2	P05997	1499 aa	Predicted RBP	11.91	□□□□□ -0.5
USP3-208	ENST00000558285	CD163L1	Q9NR16	1453 aa		11.91	□□□□□ -0.5
USP3-208	ENST00000558285	HSPA5	P11021	654 aa	Known RBP	11.91	□□□□□ -0.5
USP3-208	ENST00000558285	FAM196A	Q6ZSG2	479 aa		11.91	□□□□□ -0.5
USP3-208	ENST00000558285	BLM	P54132	1417 aa	Predicted RBP	11.9	□□□□□ -0.5
USP3-208	ENST00000558285	AMPH	P49418	695 aa		11.9	□□□□□ -0.5
USP3-208	ENST00000558285	LARP1	Q6PKG0	1096 aa	Known RBP	11.9	□□□□□ -0.5
USP3-208	ENST00000558285	SMG6	Q86US8	1419 aa	Known RBP	11.89	□□□□□ -0.51
USP3-208	ENST00000558285	CAMTA1	Q9Y6Y1	1673 aa		11.89	□□□□□ -0.51
USP3-208	ENST00000558285	BAG6	P46379	1132 aa		11.89	□□□□□ -0.51
USP3-208	ENST00000558285	CARD10	Q9BWT7	1032 aa		11.89	□□□□□ -0.51
USP3-208	ENST00000558285	OVOS2	A0A0J9YW53	1432 aa		11.88	□□□□□ -0.51
USP3-208	ENST00000558285	OVOS2	Q6IE36	1432 aa		11.88	□□□□□ -0.51
USP3-208	ENST00000558285	USP54	Q70EL1	1684 aa		11.88	□□□□□ -0.51
USP3-208	ENST00000558285	ABCB7	O75027	752 aa		11.88	□□□□□ -0.51
USP3-208	ENST00000558285	RTL1	A6NKG5	1358 aa		11.88	□□□□□ -0.51
USP3-208	ENST00000558285	KIF24	Q5T7B8	1368 aa		11.88	□□□□□ -0.51
USP3-208	ENST00000558285	LMO7	Q8WWI1	1683 aa		11.88	□□□□□ -0.51
USP3-208	ENST00000558285	DDB1	Q16531	1140 aa		11.87	□□□□□ -0.51
USP3-208	ENST00000558285	NLRP2	Q9NX02	1062 aa		11.87	□□□□□ -0.51
USP3-208	ENST00000558285	NFAT5	O94916	1531 aa		11.86	□□□□□ -0.51
USP3-208	ENST00000558285	IP6K1	Q92551	441 aa		11.86	□□□□□ -0.51
USP3-208	ENST00000558285	NSD3	Q9BZ95	1437 aa		11.86	□□□□□ -0.51
USP3-208	ENST00000558285	NSD2	O96028	1365 aa		11.86	□□□□□ -0.51
USP3-208	ENST00000558285	FYB1	O15117	783 aa		11.86	□□□□□ -0.51
USP3-208	ENST00000558285	KNSTRN	Q9Y448	316 aa		11.86	□□□□□ -0.51
USP3-208	ENST00000558285	ERBB3	P21860	1342 aa		11.85	□□□□□ -0.51
USP3-208	ENST00000558285	EXOC5	O00471	708 aa		11.85	□□□□□ -0.51
USP3-208	ENST00000558285	ANKRD24	Q8TF21	1146 aa		11.85	□□□□□ -0.51
USP3-208	ENST00000558285	GGNBP2	Q9H3C7	697 aa		11.85	□□□□□ -0.51
USP3-208	ENST00000558285	ZRANB1	Q9UGI0	708 aa		11.85	□□□□□ -0.51
USP3-208	ENST00000558285	THSD7A	Q9UPZ6	1657 aa		11.84	□□□□□ -0.51
USP3-208	ENST00000558285	AXIN2	Q9Y2T1	843 aa		11.83	□□□□□ -0.52
USP3-208	ENST00000558285	IL2RB	P14784	551 aa		11.83	□□□□□ -0.52
USP3-208	ENST00000558285	OVOS2	A0A0G2JMS6	1433 aa		11.82	□□□□□ -0.52
USP3-208	ENST00000558285	FLT4	P35916	1363 aa		11.82	□□□□□ -0.52
USP3-208	ENST00000558285	MAP3K19	Q56UN5	1328 aa		11.82	□□□□□ -0.52
USP3-208	ENST00000558285	HMGB2	P26583	209 aa	Known RBP	11.82	□□□□□ -0.52
USP3-208	ENST00000558285	PARD3	Q8TEW0	1356 aa		11.82	□□□□□ -0.52
USP3-208	ENST00000558285	HOXC9	P31274	260 aa		11.81	□□□□□ -0.52
USP3-208	ENST00000558285	PANK3	Q9H999	370 aa		11.81	□□□□□ -0.52
USP3-208	ENST00000558285	FKBP8	Q14318	412 aa		11.8	□□□□□ -0.52
USP3-208	ENST00000558285	LTV1	Q96GA3	475 aa	Predicted RBP	11.8	□□□□□ -0.52
USP3-208	ENST00000558285	ZNF219	Q9P2Y4	722 aa	Predicted RBP	11.8	□□□□□ -0.52
USP3-208	ENST00000558285	FAM208A	Q9UK61	1670 aa	Known RBP	11.8	□□□□□ -0.52
USP3-208	ENST00000558285	KIF20B	Q96Q89	1820 aa		11.8	□□□□□ -0.52
USP3-208	ENST00000558285	COL18A1	P39060	1754 aa		11.8	□□□□□ -0.52
USP3-208	ENST00000558285	RAPGEF4	Q8WZA2	1011 aa		11.8	□□□□□ -0.52
USP3-208	ENST00000558285	CARD14	Q9BXL6	1004 aa		11.8	□□□□□ -0.52
USP3-208	ENST00000558285	LTN1	O94822	1766 aa		11.79	□□□□□ -0.52
USP3-208	ENST00000558285	PARP4	Q9UKK3	1724 aa	Known RBP	11.79	□□□□□ -0.52
USP3-208	ENST00000558285	PPM1G	O15355	546 aa	Predicted RBP	11.79	□□□□□ -0.52
USP3-208	ENST00000558285	MORC1	Q86VD1	984 aa		11.79	□□□□□ -0.52
USP3-208	ENST00000558285	INSR	P06213	1382 aa		11.79	□□□□□ -0.52
USP3-208	ENST00000558285	RGPD1	P0DJD0	1748 aa		11.78	□□□□□ -0.52
USP3-208	ENST00000558285	BRWD3	Q6RI45	1802 aa		11.78	□□□□□ -0.52
USP3-208	ENST00000558285	RRS1	Q15050	365 aa	Known RBP	11.78	□□□□□ -0.52
USP3-208	ENST00000558285	MYOM1	P52179	1685 aa		11.78	□□□□□ -0.52
USP3-208	ENST00000558285	TRIM37	O94972	964 aa		11.77	□□□□□ -0.52
USP3-208	ENST00000558285	APBA3	O96018	575 aa		11.77	□□□□□ -0.52
USP3-208	ENST00000558285	DISP2	A7MBM2	1401 aa		11.77	□□□□□ -0.53
USP3-208	ENST00000558285	TNS2	Q63HR2	1409 aa		11.77	□□□□□ -0.53
USP3-208	ENST00000558285	NBPF14	Q5TI25	921 aa		11.77	□□□□□ -0.53
USP3-208	ENST00000558285	BCL9	O00512	1426 aa		11.77	□□□□□ -0.53
USP3-208	ENST00000558285	KIF7	Q2M1P5	1343 aa		11.76	□□□□□ -0.53
USP3-208	ENST00000558285	TAT	P17735	454 aa	Predicted RBP	11.76	□□□□□ -0.53

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