RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000636839.1

CLN3-250, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 2,018 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-250ENST00000636839 POLR3GO15318 223 aaPredicted RBP20.35■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 PSMD3O43242 534 aa20.35■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 ZNF821O75541 412 aaPredicted RBP20.35■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 C1QAP02745 245 aa20.35■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 GKP32189 559 aa20.35■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 MLLT1Q03111 559 aaPredicted RBP20.35■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 GPS2Q13227 327 aa20.35■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 GAB4Q2WGN9 574 aa20.35■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 KRT222Q8N1A0 295 aa20.35■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 BBS5Q8N3I7 341 aa20.35■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 GOLGA6L1Q8N7Z2 621 aa20.35■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 MED4Q9NPJ6 270 aa20.35■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 SMYD2Q9NRG4 433 aa20.35■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 BFARQ9NZS9 450 aa20.35■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 TBK1Q9UHD2 729 aa20.35■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 SLCO3A1Q9UIG8 710 aa20.35■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 PCDHGC4Q9Y5F7 938 aa20.35■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 EXOC1LA0A1B0GW35 172 aa20.34■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 SERPINH1P50454 418 aaKnown RBP20.34■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 RHOAP61586 193 aa20.34■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 GALNT3Q14435 633 aa20.34■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 KBTBD12Q3ZCT8 623 aa20.34■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 INO80DQ53TQ3 878 aaPredicted RBP20.34■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 SIRPB2Q5JXA9 342 aa20.34■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 DGKKQ5KSL6 1271 aa20.34■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 RETSATQ6NUM9 610 aa20.34■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 LINC00523Q86TU6 105 aa20.34■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 ACDQ96AP0 544 aa20.34■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 MFSD3Q96ES6 412 aa20.34■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 SCUBE2Q9NQ36 999 aa20.34■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 VPS45Q9NRW7 570 aa20.34■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 SLC17A6Q9P2U8 582 aa20.34■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 PRKCGP05129 697 aa20.34■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 CISD3P0C7P0 127 aa20.34■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 ATXN1LP0C7T5 689 aaKnown RBP20.34■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 SLC1A5Q15758 541 aa20.34■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 SFTPA1Q8IWL2 248 aa20.34■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 TMEM109Q9BVC6 243 aa20.34■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 GTSE1Q9NYZ3 720 aa20.34■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 CHKBQ9Y259 395 aa20.34■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 BPTFQ12830 3046 aa20.34■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 LOC285095A0A1B0GVY8 99 aa20.33■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 PDHA1P08559 390 aa20.33■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 SERPINF2P08697 491 aa20.33■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 MSLNQ13421 630 aaPredicted RBP20.33■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 STAT4Q14765 748 aa20.33■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 COL19A1Q14993 1142 aa20.33■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 PTPRRQ15256 657 aa20.33■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 CCDC85BQ15834 202 aaPredicted RBP20.33■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 SMRP1Q8NCR6 262 aa20.33■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 CYB5D2Q8WUJ1 264 aa20.33■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 RIPOR3Q96MK2 946 aa20.33■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 ACSS3Q9H6R3 686 aa20.33■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 RPS6KL1Q9Y6S9 549 aa20.33■□□□□ 0.85
CLN3-250ENST00000636839 UGT1A9O60656 530 aa20.32■□□□□ 0.84
CLN3-250ENST00000636839 F7P08709 466 aaPredicted RBP20.32■□□□□ 0.84
CLN3-250ENST00000636839 PIRTP0C851 137 aa20.32■□□□□ 0.84
CLN3-250ENST00000636839 SRCP12931 536 aa20.32■□□□□ 0.84
CLN3-250ENST00000636839 NMBRP28336 390 aa20.32■□□□□ 0.84
CLN3-250ENST00000636839 PHBP35232 272 aa20.32■□□□□ 0.84
CLN3-250ENST00000636839 NPY2RP49146 381 aa20.32■□□□□ 0.84
CLN3-250ENST00000636839 CRYMQ14894 314 aa20.32■□□□□ 0.84
CLN3-250ENST00000636839 NUDCD1Q96RS6 583 aa20.32■□□□□ 0.84
CLN3-250ENST00000636839 ECT2Q9H8V3 914 aa20.32■□□□□ 0.84
CLN3-250ENST00000636839 UGT1A7Q9HAW7 530 aa20.32■□□□□ 0.84
CLN3-250ENST00000636839 UGT1A10Q9HAW8 530 aa20.32■□□□□ 0.84
CLN3-250ENST00000636839 UGT1A8Q9HAW9 530 aa20.32■□□□□ 0.84
CLN3-250ENST00000636839 FBXO10Q9UK96 956 aa20.32■□□□□ 0.84
CLN3-250ENST00000636839 NOVA2Q9UNW9 492 aaKnown RBP20.32■□□□□ 0.84
CLN3-250ENST00000636839 ANTXRLA6NF34 631 aa20.32■□□□□ 0.84
CLN3-250ENST00000636839 GOLGA6L10A6NI86 522 aa20.32■□□□□ 0.84
CLN3-250ENST00000636839 TULP3O75386 442 aa20.32■□□□□ 0.84
CLN3-250ENST00000636839 FAM155BO75949 473 aa20.32■□□□□ 0.84
CLN3-250ENST00000636839 ADH1CP00326 375 aa20.32■□□□□ 0.84
CLN3-250ENST00000636839 PRLP01236 227 aa20.32■□□□□ 0.84
CLN3-250ENST00000636839 PGAM1P18669 254 aa20.32■□□□□ 0.84
CLN3-250ENST00000636839 POU3F3P20264 500 aaPredicted RBP20.32■□□□□ 0.84
CLN3-250ENST00000636839 CDK18Q07002 472 aa20.32■□□□□ 0.84
CLN3-250ENST00000636839 SLC12A1Q13621 1099 aa20.32■□□□□ 0.84
CLN3-250ENST00000636839 STEAP4Q687X5 459 aa20.32■□□□□ 0.84
CLN3-250ENST00000636839 MBLAC2Q68D91 279 aa20.32■□□□□ 0.84
CLN3-250ENST00000636839 MFSD6LQ8IWD5 586 aa20.32■□□□□ 0.84
CLN3-250ENST00000636839 GSDMBQ8TAX9 411 aa20.32■□□□□ 0.84
CLN3-250ENST00000636839 ATP6V1G3Q96LB4 118 aa20.32■□□□□ 0.84
CLN3-250ENST00000636839 PPP1R2P1Q96PQ5 205 aa20.32■□□□□ 0.84
CLN3-250ENST00000636839 TRIB3Q96RU7 358 aa20.32■□□□□ 0.84
CLN3-250ENST00000636839 SAMD15Q9P1V8 674 aa20.32■□□□□ 0.84
CLN3-250ENST00000636839 USP15Q9Y4E8 981 aaPredicted RBP20.32■□□□□ 0.84
CLN3-250ENST00000636839 HOXC11O43248 304 aaPredicted RBP20.31■□□□□ 0.84
CLN3-250ENST00000636839 BNIP3LO60238 219 aa20.31■□□□□ 0.84
CLN3-250ENST00000636839 FCHO2Q0JRZ9 810 aa20.31■□□□□ 0.84
CLN3-250ENST00000636839 NCEH1Q6PIU2 408 aa20.31■□□□□ 0.84
CLN3-250ENST00000636839 KIAA0907Q7Z7F0 614 aaPredicted RBP20.31■□□□□ 0.84
CLN3-250ENST00000636839 ETFBKMTQ8IXQ9 262 aa20.31■□□□□ 0.84
CLN3-250ENST00000636839 ZNF669Q96BR6 464 aaPredicted RBP20.31■□□□□ 0.84
CLN3-250ENST00000636839 ROPN1BQ9BZX4 212 aaPredicted RBP20.31■□□□□ 0.84
CLN3-250ENST00000636839 IL22Q9GZX6 179 aa20.31■□□□□ 0.84
CLN3-250ENST00000636839 ROPN1Q9HAT0 212 aaPredicted RBP20.31■□□□□ 0.84
CLN3-250ENST00000636839 ARNT2Q9HBZ2 717 aa20.31■□□□□ 0.84
CLN3-250ENST00000636839 OBP2AQ9NY56 170 aa20.31■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 65.2 ms