RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000550358.5

PTPRB-208, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type B, humanhuman

TSL 2 BASIC

Gene PTPRB, Length 6,583 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Endoplasmic reticulum, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRB-208ENST00000550358 DPF3Q92784 378 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 RXFP1Q9HBX9 757 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 CNGB3Q9NQW8 809 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 ARHGAP20Q9P2F6 1191 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 TBC1D14Q9P2M4 693 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 RIPK2O43353 540 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 MLYCDO95822 493 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 ITGAVP06756 1048 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 GRK4P32298 578 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 CCT8P50990 548 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 IRX1P78414 480 aaPredicted RBP8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 TMEM259Q4ZIN3 620 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 SPPL2BQ8TCT7 592 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 MFSD14AQ96MC6 490 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 THUMPD3Q9BV44 507 aaKnown RBP8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 DPY30Q9C005 99 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 ZYG11BQ9C0D3 744 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 RPRD1BQ9NQG5 326 aaKnown RBP8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 CATSPERZQ9NTU4 200 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 CASTOR2A6NHX0 329 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 SLC28A1O00337 649 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 C2CD2LO14523 706 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 RASSF9O75901 435 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 DDNO94850 711 aaPredicted RBP8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 KELP23276 732 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 CLK3P49761 638 aaKnown RBP8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 ATP6V0D1P61421 351 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 ARID3BQ8IVW6 561 aaPredicted RBP8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 SCUBE1Q8IWY4 988 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 CYGBQ8WWM9 190 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 FAIM2Q9BWQ8 316 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 ATP13A3Q9H7F0 1226 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 MIEF1Q9NQG6 463 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 C8orf4Q9NR00 106 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 PCYOX1Q9UHG3 505 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 KLHL20Q9Y2M5 609 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 SLIT2O94813 1529 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 HPGDP15428 266 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 NUDT2P50583 147 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 SMIM11AP58511 58 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 C1DQ13901 141 aaKnown RBP8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 NCF4Q15080 339 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 FAM117BQ6P1L5 589 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 VSTM1Q6UX27 236 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 ULK2Q8IYT8 1036 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 DEFB106AQ8N104 65 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 FAM120BQ96EK7 910 aaKnown RBP8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 SERAC1Q96JX3 654 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 SLC25A23Q9BV35 468 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 ARHGAP28Q9P2N2 729 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 RAB21Q9UL25 225 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 SNX6Q9UNH7 406 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 PLEKP08567 350 aaPredicted RBP8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 USP17L7P0C7H9 530 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 KDELR1P24390 212 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 PAN2Q504Q3 1202 aaKnown RBP8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 FNDC3BQ53EP0 1204 aaKnown RBP8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 PLEKHM3Q6ZWE6 761 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 FAM131BQ86XD5 332 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 ACTL9Q8TC94 416 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 C10orf88Q9H8K7 445 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 ACTR8Q9H981 624 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 DDX4Q9NQI0 724 aaKnown RBP8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 LMO7Q8WWI1 1683 aa8.67□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 YBX3P16989 372 aaKnown RBP eCLIP8.66□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 PPIBP23284 216 aaKnown RBP8.66□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 GLRA2P23416 452 aa8.66□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 NTSP30990 170 aa8.66□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 PEX19P40855 299 aa8.66□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 TRIP4Q15650 581 aaPredicted RBP8.66□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 SLC39A12Q504Y0 691 aa8.66□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 PAGE2Q7Z2X7 111 aa8.66□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 FAM71AQ8IYT1 594 aa8.66□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 OLFM1Q99784 485 aa8.66□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 KCTD14Q9BQ13 255 aaPredicted RBP8.66□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 DCLRE1BQ9H816 532 aa8.66□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 TRIM10Q9UDY6 481 aa8.66□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 GGA2Q9UJY4 613 aa8.66□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 RPL26L1Q9UNX3 145 aaKnown RBP8.66□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 BIRC5O15392 142 aa8.66□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 ADH1CP00326 375 aa8.66□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 ANXA6P08133 673 aa8.66□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 FGFR1P11362 822 aa8.66□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 NQO1P15559 274 aaKnown RBP8.66□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 TLX1P31314 330 aaPredicted RBP8.66□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 PLCL1Q15111 1095 aa8.66□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 TRIP10Q15642 601 aa8.66□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 HLA-DQA1Q5Y7H0 255 aa8.66□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 ARCQ7LC44 396 aa8.66□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 TMPRSS6Q8IU80 811 aa8.66□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 ARHGEF19Q8IW93 802 aa8.66□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 MIER2Q8N344 545 aa8.66□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 KYQ8NBH2 561 aa8.66□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 SH2D3AQ9BRG2 576 aa8.66□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 KCNK4Q9NYG8 393 aa8.66□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 MARCH2Q9P0N8 246 aa8.66□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 PSME2Q9UL46 239 aa8.66□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 MYOM1P52179 1685 aa8.66□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 RECQL4O94761 1208 aa8.66□□□□□ -1.02
PTPRB-208ENST00000550358 IMPDH2P12268 514 aa8.66□□□□□ -1.02
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 17.5 ms