RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000466048.6

USP54-210, Transcript of ubiquitin specific peptidase 54, humanhuman

TSL 5

Gene USP54, Length 4,674 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54-210ENST00000466048 CCDC134Q9H6E4 229 aa7.89□□□□□ -1.15
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USP54-210ENST00000466048 APOBEC2Q9Y235 224 aaKnown RBP7.89□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 CASTOR2A6NHX0 329 aa7.89□□□□□ -1.15
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USP54-210ENST00000466048 BHMG1C9JSJ3 638 aaPredicted RBP7.89□□□□□ -1.15
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USP54-210ENST00000466048 RASA4O43374 803 aa7.89□□□□□ -1.15
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USP54-210ENST00000466048 LONP2Q86WA8 852 aa7.88□□□□□ -1.15
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USP54-210ENST00000466048 ALKBH8Q96BT7 664 aaKnown RBP7.88□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 HSFY1Q96LI6 401 aa7.88□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 ELAC1Q9H777 363 aaKnown RBP7.88□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 IL23AQ9NPF7 189 aa7.88□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 C15orf41Q9Y2V0 281 aa7.88□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 CFAP69A5D8W1 941 aa7.88□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 LIN7AO14910 233 aaPredicted RBP7.88□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 CPP00450 1065 aa7.88□□□□□ -1.15
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