RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000637578.1

CLN3-260, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 2

Gene CLN3, Length 1,577 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-260ENST00000637578 PIK3R2O00459 728 aa20.09■□□□□ 0.81
CLN3-260ENST00000637578 PES1O00541 588 aaKnown RBP20.09■□□□□ 0.81
CLN3-260ENST00000637578 KLF8O95600 359 aaPredicted RBP20.09■□□□□ 0.81
CLN3-260ENST00000637578 LTFP02788 710 aa20.09■□□□□ 0.81
CLN3-260ENST00000637578 FYNP06241 537 aa20.09■□□□□ 0.81
CLN3-260ENST00000637578 RETP07949 1114 aa20.09■□□□□ 0.81
CLN3-260ENST00000637578 HNRNPLP14866 589 aaKnown RBP eCLIP20.09■□□□□ 0.81
CLN3-260ENST00000637578 ACADSBP45954 432 aa20.09■□□□□ 0.81
CLN3-260ENST00000637578 LPAL2Q16609 132 aa20.09■□□□□ 0.81
CLN3-260ENST00000637578 ARHGAP44Q17R89 818 aa20.09■□□□□ 0.81
CLN3-260ENST00000637578 TMEM110Q86TL2 294 aa20.09■□□□□ 0.81
CLN3-260ENST00000637578 ANKRD20A12PQ8NF67 263 aa20.09■□□□□ 0.81
CLN3-260ENST00000637578 TSTD1Q8NFU3 115 aa20.09■□□□□ 0.81
CLN3-260ENST00000637578 VPS16Q9H269 839 aa20.09■□□□□ 0.81
CLN3-260ENST00000637578 CYTH4Q9UIA0 394 aa20.09■□□□□ 0.81
CLN3-260ENST00000637578 GMEB2Q9UKD1 530 aa20.09■□□□□ 0.81
CLN3-260ENST00000637578 IGLV3-27P01718 113 aa20.08■□□□□ 0.81
CLN3-260ENST00000637578 KCNMA1Q12791 1236 aa20.08■□□□□ 0.81
CLN3-260ENST00000637578 EOGTQ5NDL2 527 aa20.08■□□□□ 0.81
CLN3-260ENST00000637578 C10orf76Q5T2E6 689 aa20.08■□□□□ 0.81
CLN3-260ENST00000637578 TOGARAM2Q6ZUX3 1019 aa20.08■□□□□ 0.81
CLN3-260ENST00000637578 BEND5Q7L4P6 421 aa20.08■□□□□ 0.81
CLN3-260ENST00000637578 APTXQ7Z2E3 356 aaKnown RBP20.08■□□□□ 0.81
CLN3-260ENST00000637578 SCUBE3Q8IX30 993 aa20.08■□□□□ 0.81
CLN3-260ENST00000637578 FAM160A2Q8N612 972 aaPredicted RBP20.08■□□□□ 0.81
CLN3-260ENST00000637578 ZC3H10Q96K80 434 aaKnown RBP20.08■□□□□ 0.81
CLN3-260ENST00000637578 DNAJC12Q9UKB3 198 aa20.08■□□□□ 0.81
CLN3-260ENST00000637578 SLC27A6Q9Y2P4 619 aa20.08■□□□□ 0.81
CLN3-260ENST00000637578 PRRT4C9JH25 899 aa20.08■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 GOLGA6L19H0YKK7 550 aa20.08■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 SART1O43290 800 aaKnown RBP20.08■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 THAP12O43422 761 aa20.08■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 LATS1O95835 1130 aa20.08■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 HARS2P49590 506 aaKnown RBP20.08■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 DGKGP49619 791 aa20.08■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 COPB1P53618 953 aaKnown RBP20.08■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 CEP68Q76N32 757 aa20.08■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 CACNA2D4Q7Z3S7 1137 aa20.08■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 WDTC1Q8N5D0 677 aa20.08■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 ZNF513Q8N8E2 541 aaPredicted RBP20.08■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 RNF214Q8ND24 703 aa20.08■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 MIS12Q9H081 205 aa20.08■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 PLK2Q9NYY3 685 aa20.08■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 PCDHGC3Q9UN70 934 aa20.08■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 LRRC10BA6NIK2 292 aa20.07■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 FOXN3O00409 490 aaPredicted RBP20.07■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 MSI1O43347 362 aaKnown RBP20.07■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 LRP3O75074 770 aa20.07■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 TPM2P07951 284 aa20.07■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 CLCN1P35523 988 aa20.07■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 USP8P40818 1118 aa20.07■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 TPM4P67936 248 aa20.07■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 TRMT11Q7Z4G4 463 aaKnown RBP20.07■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 FAM71AQ8IYT1 594 aa20.07■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 LOXL4Q96JB6 756 aa20.07■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 LHX5Q9H2C1 402 aa20.07■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 PARD6AQ9NPB6 346 aa20.07■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 MYO18AQ92614 2054 aaKnown RBP20.06■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 PAPSS1O43252 624 aaPredicted RBP20.06■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 RING1Q06587 406 aa20.06■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 KLHDC7AQ5VTJ3 777 aa20.06■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 KBTBD6Q86V97 674 aa20.06■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 MDGA1Q8NFP4 955 aa20.06■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 OLIG1Q8TAK6 271 aa20.06■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 GOLGA1Q92805 767 aa20.06■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 BHMTQ93088 406 aa20.06■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 ZDHHC4Q9NPG8 344 aa20.06■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 ST7Q9NRC1 585 aa20.06■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 EML5Q05BV3 1969 aa20.06■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 DMXL1Q9Y485 3027 aa20.05■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 PTK2Q05397 1052 aa20.05■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 PDCLQ13371 301 aa20.05■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 NNTQ13423 1086 aa20.05■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 ADGRF1Q5T601 910 aa20.05■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 ARHGAP30Q7Z6I6 1101 aaPredicted RBP20.05■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 AZIN2Q96A70 460 aa20.05■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 PIWIL1Q96J94 861 aaKnown RBP20.05■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 NAA15Q9BXJ9 866 aaKnown RBP20.05■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 SLC2A11Q9BYW1 496 aa20.05■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 CD248Q9HCU0 757 aa20.05■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 POLMQ9NP87 494 aaPredicted RBP20.05■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 SPTBN4Q9H254 2564 aa20.05■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 LGALS16A8MUM7 142 aa20.04■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 E5RJQ4 531 aa20.04■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 CYBBP04839 570 aa20.04■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 NCAM1P13591 858 aa20.04■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 NTSR1P30989 418 aa20.04■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 PLK5Q496M5 336 aa20.04■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 MPPE1Q53F39 396 aa20.04■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 EGFLAMQ63HQ2 1017 aa20.04■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 ANO7Q6IWH7 933 aa20.04■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 GABRG3Q99928 467 aa20.04■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 IRX2Q9BZI1 471 aaPredicted RBP20.04■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 DUSP15Q9H1R2 295 aaPredicted RBP20.04■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 CLEC4EQ9ULY5 219 aa20.04■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 NAALADL1Q9UQQ1 740 aa20.04■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 DCHS1Q96JQ0 3298 aa20.04■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 A0A1W2PQF6 199 aa20.04■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 ALDH1A2O94788 518 aa20.04■□□□□ 0.8
CLN3-260ENST00000637578 SPEM2Q0P670 501 aa20.04■□□□□ 0.8
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 57.6 ms