RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568586.5

RAB40C-211, Transcript of RAB40C, member RAS oncogene family, human

TSL 2

Gene RAB40C, Length 648 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Nucleus, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
RAB40C-211	ENST00000568586	TWNK	Q96RR1	684 aa		31.19	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	LMAN1L	Q9HAT1	526 aa		31.19	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	RAB20	Q9NX57	234 aa		31.19	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	CHMP5	Q9NZZ3	219 aa		31.19	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	TRIM49B	A6NDI0	452 aa		31.18	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	LAMTOR5	O43504	91 aa		31.18	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	CILP	O75339	1184 aa		31.18	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	SLC7A9	P82251	487 aa		31.18	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	RUNX3	Q13761	415 aa		31.18	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	MORC3	Q14149	939 aa		31.18	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	MTF1	Q14872	753 aa		31.18	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	WDR44	Q5JSH3	913 aa		31.18	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	SNX30	Q5VWJ9	437 aa		31.18	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	C12orf29	Q8N999	325 aa		31.18	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	ZMIZ2	Q8NF64	920 aa		31.18	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	SLC2A14	Q8TDB8	520 aa		31.18	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	NELL1	Q92832	810 aa		31.18	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	SLITRK1	Q96PX8	696 aa		31.18	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	HNRNPAB	Q99729	332 aa	Known RBP	31.18	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	SMO	Q99835	787 aa		31.18	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	MED10	Q9BTT4	135 aa		31.18	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	NT5C1A	Q9BXI3	368 aa		31.18	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	SEMA4A	Q9H3S1	761 aa		31.18	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	MMRN2	Q9H8L6	949 aa		31.18	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	PRMT8	Q9NR22	394 aa	Predicted RBP	31.18	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	OTOL1	A6NHN0	477 aa	Predicted RBP	31.17	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	PPP1R3G	B7ZBB8	358 aa		31.17	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	OAS1	P00973	400 aa	Known RBP	31.17	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	YWHAQ	P27348	245 aa		31.17	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	MTAP	Q13126	283 aa		31.17	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	CC2D1A	Q6P1N0	951 aa	Predicted RBP	31.17	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	PDZD8	Q8NEN9	1154 aa		31.17	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	OSCP1	Q8WVF1	389 aa		31.17	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	UTP3	Q9NQZ2	479 aa	Known RBP eCLIP	31.17	■■■□□ 2.58	5e-7	■■■■■ 252.6
RAB40C-211	ENST00000568586	KRT82	Q9NSB4	513 aa		31.17	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	PRR23A	A6NEV1	266 aa		31.16	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	GFRA3	O60609	400 aa		31.16	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	AP1G2	O75843	785 aa		31.16	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	CCDC130	P13994	396 aa		31.16	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	ORC1	Q13415	861 aa		31.16	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	TTC39C	Q8N584	583 aa		31.16	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	NKD2	Q969F2	451 aa	Predicted RBP	31.16	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	SLC35C1	Q96A29	364 aa		31.16	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	CHFR	Q96EP1	664 aa		31.16	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	CEP63	Q96MT8	703 aa		31.16	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	RNF38	Q9H0F5	515 aa		31.16	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	ARMCX3	Q9UH62	379 aa	Predicted RBP	31.16	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	ZDHHC11B	P0C7U3	371 aa		31.15	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	TRIM21	P19474	475 aa	Known RBP	31.15	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	UBE2H	P62256	183 aa		31.15	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	ZXDB	P98169	803 aa		31.15	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	CBWD6	Q4V339	395 aa		31.15	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	CBWD3	Q5JTY5	395 aa		31.15	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	DGKK	Q5KSL6	1271 aa		31.15	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	CBWD5	Q5RIA9	395 aa		31.15	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	TRIM68	Q6AZZ1	485 aa		31.15	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	ISM2	Q6H9L7	571 aa		31.15	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	TTI2	Q6NXR4	508 aa		31.15	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	ASCL5	Q7RTU5	278 aa		31.15	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	FILIP1	Q7Z7B0	1213 aa		31.15	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	TTC8	Q8TAM2	541 aa		31.15	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	SH3RF2	Q8TEC5	729 aa		31.15	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	DUSP9	Q99956	384 aa	Known RBP	31.15	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	EBF3	Q9H4W6	596 aa		31.15	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	METTL14	Q9HCE5	456 aa	Known RBP	31.15	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	FANCM	Q8IYD8	2048 aa		31.15	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	FAM186A	A6NE01	2351 aa		31.15	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	PTPRZ1	P23471	2315 aa	Predicted RBP	31.14	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	BEST1	O76090	585 aa		31.14	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	SLC5A3	P53794	718 aa		31.14	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	CCIN	Q13939	588 aa		31.14	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	LRRC32	Q14392	662 aa		31.14	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	SYNPO	Q8N3V7	929 aa		31.14	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	SCAMP5	Q8TAC9	235 aa		31.14	■■■□□ 2.58
RAB40C-211	ENST00000568586	PMM2	O15305	246 aa		31.13	■■■□□ 2.57
RAB40C-211	ENST00000568586	ARSA	P15289	507 aa		31.13	■■■□□ 2.57
RAB40C-211	ENST00000568586	GAS6	Q14393	721 aa		31.13	■■■□□ 2.57
RAB40C-211	ENST00000568586	ZC3H14	Q6PJT7	736 aa	Known RBP	31.13	■■■□□ 2.57
RAB40C-211	ENST00000568586	FBXO32	Q969P5	355 aa		31.13	■■■□□ 2.57
RAB40C-211	ENST00000568586	CYFIP2	Q96F07	1278 aa		31.13	■■■□□ 2.57
RAB40C-211	ENST00000568586	FAM49B	Q9NUQ9	324 aa		31.13	■■■□□ 2.57
RAB40C-211	ENST00000568586	DUS2	Q9NX74	493 aa	Known RBP	31.13	■■■□□ 2.57
RAB40C-211	ENST00000568586	TRDMT1	O14717	391 aa	Known RBP	31.12	■■■□□ 2.57
RAB40C-211	ENST00000568586	TDGF1	P13385	188 aa		31.12	■■■□□ 2.57
RAB40C-211	ENST00000568586	TUB	P50607	506 aa		31.12	■■■□□ 2.57
RAB40C-211	ENST00000568586	EML3	Q32P44	896 aa		31.12	■■■□□ 2.57
RAB40C-211	ENST00000568586	DCAF17	Q5H9S7	520 aa	Predicted RBP	31.12	■■■□□ 2.57
RAB40C-211	ENST00000568586	TCERG1L	Q5VWI1	586 aa		31.12	■■■□□ 2.57
RAB40C-211	ENST00000568586	DNAI2	Q9GZS0	605 aa		31.12	■■■□□ 2.57
RAB40C-211	ENST00000568586	PNPLA8	Q9NP80	782 aa		31.12	■■■□□ 2.57
RAB40C-211	ENST00000568586	ZNF292	O60281	2723 aa		31.12	■■■□□ 2.57
RAB40C-211	ENST00000568586	GVINP1	Q7Z2Y8	2422 aa		31.12	■■■□□ 2.57
RAB40C-211	ENST00000568586	HHLA1	C9JL84	531 aa		31.11	■■■□□ 2.57
RAB40C-211	ENST00000568586	LEFTY2	O00292	366 aa		31.11	■■■□□ 2.57
RAB40C-211	ENST00000568586	FAM200B	P0CF97	657 aa		31.11	■■■□□ 2.57
RAB40C-211	ENST00000568586	CD58	P19256	250 aa		31.11	■■■□□ 2.57
RAB40C-211	ENST00000568586	AMPD2	Q01433	879 aa		31.11	■■■□□ 2.57
RAB40C-211	ENST00000568586	CSTF1	Q05048	431 aa	Known RBP	31.11	■■■□□ 2.57
RAB40C-211	ENST00000568586	PON2	Q15165	354 aa		31.11	■■■□□ 2.57
RAB40C-211	ENST00000568586	TMEM196	Q5HYL7	178 aa		31.11	■■■□□ 2.57

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