RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000296098.4

TRIM54-201, Transcript of tripartite motif containing 54, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene TRIM54, Length 2,027 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM54-201ENST00000296098 DDX20Q9UHI6 824 aaKnown RBP25.18■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 ABHD2P08910 425 aa25.17■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 CYP3A5P20815 502 aa25.17■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 DRD4P21917 467 aa25.17■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 OTUD4Q01804 1114 aaKnown RBP25.17■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 YTHDF3Q7Z739 585 aaKnown RBP25.17■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 CPLX4Q7Z7G2 160 aa25.17■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 ADAMTS10Q9H324 1103 aa25.17■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 PLEKHA5Q9HAU0 1116 aa25.17■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 ASNSD1Q9NWL6 643 aa25.17■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 PCSK1NQ9UHG2 260 aa25.17■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 TSPAN16Q9UKR8 245 aa25.17■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 DERAQ9Y315 318 aa25.17■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 ADCY6O43306 1168 aa25.17■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 CST8O60676 142 aa25.17■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 MIPP30301 263 aa25.17■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 STAT4Q14765 748 aa25.17■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 NPLOC4Q8TAT6 608 aa25.17■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 ACTL9Q8TC94 416 aa25.17■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 PPM1EQ8WY54 764 aa25.17■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 CCDC77Q9BR77 488 aa25.17■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 GCOM2Q9BZD3 368 aaPredicted RBP25.17■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 MIS12Q9H081 205 aa25.17■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 FAM49AQ9H0Q0 323 aaPredicted RBP25.17■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 CCDC134Q9H6E4 229 aa25.17■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 SAYSD1Q9NPB0 183 aa25.17■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 LGALS13Q9UHV8 139 aa25.17■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 SHOC2Q9UQ13 582 aa25.17■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 GINS2Q9Y248 185 aa25.17■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 PECAM1P16284 738 aaPredicted RBP25.16■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 STILQ15468 1287 aa25.16■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 SLC27A1Q6PCB7 646 aa25.16■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 TADA2BQ86TJ2 420 aa25.16■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 KCTD6Q8NC69 237 aa25.16■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 SNX27Q96L92 541 aa25.16■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 ZNF317Q96PQ6 595 aaPredicted RBP25.16■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 TRUB2O95900 331 aaKnown RBP25.15■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 IFNB1P01574 187 aa25.15■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 GPD1P21695 349 aa25.15■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 ZNF143P52747 638 aaPredicted RBP25.15■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 FKBP1BP68106 108 aa25.15■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 TMEM62Q0P6H9 643 aa25.15■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 RNASEH2BQ5TBB1 312 aaKnown RBP25.15■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 GKAP1Q5VSY0 366 aaPredicted RBP25.15■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 CYP4F22Q6NT55 531 aa25.15■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 CATSPER4Q7RTX7 472 aa25.15■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 OTUD6BQ8N6M0 293 aa25.15■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 CFAP57Q96MR6 1250 aa25.15■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 TTC25Q96NG3 672 aa25.15■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 USP18Q9UMW8 372 aa25.15■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 CDH16O75309 829 aa25.15■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 CD48P09326 243 aa25.15■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 PCK1P35558 622 aa25.15■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 PSMC4P43686 418 aa25.15■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 GOLGA7BQ2TAP0 167 aa25.15■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 CACNA2D3Q8IZS8 1091 aa25.15■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 HSPH1Q92598 858 aa25.15■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 SEC16BQ96JE7 1060 aa25.15■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 PRMT1Q99873 361 aaKnown RBP25.15■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 GBA2Q9HCG7 927 aaPredicted RBP25.15■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 SNTG2Q9NY99 539 aa25.15■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 SAE1Q9UBE0 346 aaPredicted RBP25.15■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 SLC15A5A6NIM6 579 aa25.14■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 E5RJQ4 531 aa25.14■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 HOXA11P31270 313 aaPredicted RBP25.14■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 OR6B2Q6IFH4 312 aa25.14■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 C6orf89Q6UWU4 347 aa25.14■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 FAM183BPQ6ZVS7 135 aa25.14■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 RFX6Q8HWS3 928 aa25.14■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 CMASQ8NFW8 434 aaPredicted RBP25.14■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 CNPY3Q9BT09 278 aa25.14■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 TRIP11Q15643 1979 aa25.14■■□□□ 1.62
TRIM54-201ENST00000296098 CDC42EP1Q00587 391 aa25.13■■□□□ 1.61
TRIM54-201ENST00000296098 IFT88Q13099 833 aa25.13■■□□□ 1.61
TRIM54-201ENST00000296098 CXCL16Q9H2A7 254 aa25.13■■□□□ 1.61
TRIM54-201ENST00000296098 SRCAPQ6ZRS2 3230 aa25.13■■□□□ 1.61
TRIM54-201ENST00000296098 C2CD4BA6NLJ0 364 aa25.13■■□□□ 1.61
TRIM54-201ENST00000296098 GPR32O75388 356 aa25.13■■□□□ 1.61
TRIM54-201ENST00000296098 PFKMP08237 780 aa25.13■■□□□ 1.61
TRIM54-201ENST00000296098 SMIM10L2AP0DMW4 78 aa25.13■■□□□ 1.61
TRIM54-201ENST00000296098 SMIM10L2BP0DMW5 78 aa25.13■■□□□ 1.61
TRIM54-201ENST00000296098 YARSP54577 528 aaKnown RBP25.13■■□□□ 1.61
TRIM54-201ENST00000296098 TAF5Q15542 800 aa25.13■■□□□ 1.61
TRIM54-201ENST00000296098 SPRYD7Q5W111 196 aa25.13■■□□□ 1.61
TRIM54-201ENST00000296098 NOTUMQ6P988 496 aa25.13■■□□□ 1.61
TRIM54-201ENST00000296098 C12orf29Q8N999 325 aa25.13■■□□□ 1.61
TRIM54-201ENST00000296098 PRCCQ92733 491 aaPredicted RBP25.13■■□□□ 1.61
TRIM54-201ENST00000296098 ZMAT2Q96NC0 199 aaKnown RBP25.13■■□□□ 1.61
TRIM54-201ENST00000296098 EIF2AQ9BY44 585 aaKnown RBP25.13■■□□□ 1.61
TRIM54-201ENST00000296098 SLC5A4Q9NY91 659 aa25.13■■□□□ 1.61
TRIM54-201ENST00000296098 SNX9Q9Y5X1 595 aa25.13■■□□□ 1.61
TRIM54-201ENST00000296098 TMEM120BA0PK00 339 aa25.12■■□□□ 1.61
TRIM54-201ENST00000296098 PIK3R2O00459 728 aa25.12■■□□□ 1.61
TRIM54-201ENST00000296098 LIG3P49916 1009 aa25.12■■□□□ 1.61
TRIM54-201ENST00000296098 PDE4CQ08493 712 aa25.12■■□□□ 1.61
TRIM54-201ENST00000296098 VSTM1Q6UX27 236 aa25.12■■□□□ 1.61
TRIM54-201ENST00000296098 PCGF5Q86SE9 256 aa25.12■■□□□ 1.61
TRIM54-201ENST00000296098 RIBC1Q8N443 379 aaPredicted RBP25.12■■□□□ 1.61
TRIM54-201ENST00000296098 PEBP4Q96S96 227 aa25.12■■□□□ 1.61
TRIM54-201ENST00000296098 MRPL45Q9BRJ2 306 aaKnown RBP25.12■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 31.3 ms