RNA–Protein interactions for RNA: YFR004W

RPN11, Transcript of Metalloprotease subunit of 19S regulatory particle, yeast

Gene RPN11, Length 921 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
RPN11	YFR004W	RPS23B	P0CX30	145 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	NOP1	P15646	327 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	YBR090C	P38253	122 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	OST3	P48439	350 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	YGR151C	P53287	111 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	TMA10	Q06177	86 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	RKI1	Q12189	258 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	SMT3	Q12306	101 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	YMR105W-A	Q8TGS8	64 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	POR1	P04840	283 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	RNA15	P25299	296 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	CTR2	P38865	189 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	ARR2	Q06597	130 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	SNA4	Q07549	140 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	FUN14	P18411	198 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	ATP10	P18496	279 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	MRPL44	P19956	98 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	SPS18	P32572	300 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	RAD23	P32628	398 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	YKL075C	P36083	450 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	PAM17	P36147	197 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	SRP14	P38985	146 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	YER121W	P40076	114 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	CYB5	P40312	120 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	HUA1	P40325	198 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	NDE2	Q07500	545 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	YOR105W	Q08504	108 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	PAA1	Q12447	191 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	HTB1	P02293	131 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	PIS1	P06197	220 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	TOM40	P23644	387 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	SUA7	P29055	345 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	ACP1	P32463	125 aa		4.87	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	YNL046W	P53956	172 aa		4.87	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	COA6	Q3E846	104 aa		4.87	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	YCL001W-B	Q96VH2	84 aa		4.87	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	CUP2	P15315	225 aa		4.86	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	SRP21	P32342	167 aa		4.86	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	SSU72	P53538	206 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	RAV2	Q03956	351 aa		4.86	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	SOD1	P00445	154 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	HSP12	P22943	109 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	VMA11	P32842	164 aa		4.85	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	CMC1	P36064	111 aa		4.85	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	YAR068W	P39564	161 aa		4.85	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	YJL118W	P47022	219 aa		4.85	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	TOM7	P53507	60 aa		4.85	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	PKR1	Q03880	122 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	MCH1	Q07376	486 aa		4.85	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	CSI2	Q08054	341 aa		4.85	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	FIT2	Q08906	153 aa		4.85	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	ILV5	P06168	395 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	SOR1	P35497	357 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	PMU1	P36069	295 aa		4.84	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	LSM2	P38203	95 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	RPB11	P38902	120 aa		4.84	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	BDH1	P39714	382 aa		4.84	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	YER134C	P40081	178 aa		4.84	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	SAS2	P40963	338 aa		4.84	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	LST8	P41318	303 aa		4.84	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	YGR018C	P53211	109 aa		4.84	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	CPD1	P53314	239 aa		4.84	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	YMR166C	Q03829	368 aa		4.84	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	SOR2	Q07786	357 aa		4.84	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	YDL009C	Q12210	107 aa		4.84	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	YCR024C-B	Q3E7Z8	88 aa		4.84	□□□□□ -1.63
RPN11	YFR004W	VMA16	P23968	213 aa		4.83	□□□□□ -1.64
RPN11	YFR004W	YCR022C	P25620	114 aa		4.83	□□□□□ -1.64
RPN11	YFR004W	QRI5	P32344	111 aa		4.83	□□□□□ -1.64
RPN11	YFR004W	TCA17	P32613	152 aa		4.83	□□□□□ -1.64
RPN11	YFR004W	ADH5	P38113	351 aa	Known RBP	4.83	□□□□□ -1.64
RPN11	YFR004W	YBL071C	P38185	102 aa		4.83	□□□□□ -1.64
RPN11	YFR004W	DOG2	P38773	246 aa		4.83	□□□□□ -1.64
RPN11	YFR004W	DOG1	P38774	246 aa		4.83	□□□□□ -1.64
RPN11	YFR004W	YHR173C	P38864	112 aa		4.83	□□□□□ -1.64
RPN11	YFR004W	CDC40	P40968	455 aa	Predicted RBP	4.83	□□□□□ -1.64
RPN11	YFR004W	IZH1	Q03419	316 aa		4.83	□□□□□ -1.64
RPN11	YFR004W	SEC4	P07560	215 aa	Known RBP	4.82	□□□□□ -1.64
RPN11	YFR004W	MIX23	P38162	196 aa		4.82	□□□□□ -1.64
RPN11	YFR004W	SFT2	P38166	215 aa		4.82	□□□□□ -1.64
RPN11	YFR004W	YNL234W	P53857	426 aa		4.82	□□□□□ -1.64
RPN11	YFR004W	EOS1	P53938	366 aa		4.82	□□□□□ -1.64
RPN11	YFR004W	STD1	Q02794	444 aa		4.82	□□□□□ -1.64
RPN11	YFR004W	MHR1	Q06630	226 aa		4.82	□□□□□ -1.64
RPN11	YFR004W	ATX2	Q12067	313 aa		4.82	□□□□□ -1.64
RPN11	YFR004W	POM33	Q12164	279 aa		4.82	□□□□□ -1.64
RPN11	YFR004W	YCL048W-A	Q2V2Q2	79 aa		4.82	□□□□□ -1.64
RPN11	YFR004W	FPR2	P32472	135 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RPN11	YFR004W	FZF1	P32805	299 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RPN11	YFR004W	YBR144C	P34215	104 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RPN11	YFR004W	YKR045C	P36138	183 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RPN11	YFR004W	ICS2	P38284	255 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RPN11	YFR004W	CSH1	P38287	376 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RPN11	YFR004W	AME1	P38313	324 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RPN11	YFR004W	UIP3	P39547	235 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RPN11	YFR004W	AIM24	P47127	394 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RPN11	YFR004W	TDA4	P47153	279 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RPN11	YFR004W	SDS23	P53172	527 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RPN11	YFR004W	YNR064C	P53750	290 aa		4.81	□□□□□ -1.64
RPN11	YFR004W	YMR317W	Q04893	1140 aa		4.81	□□□□□ -1.64

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